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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGUAGAGCGCCAGGUAACGCCUGGGAGGCGUGAGCCUACGGAAAGUGCAACAGAGAGCAGACCGCCUACGUAACCUUCGGGUUGCCGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCACCUGGUAACAGUGUGUGGCAUGGUAAACCCCGCUCGGAGCAAGACCAAAUAGGCCCUCGAUGGUGUGACCCGCACUGAGGGCGGGUAGGUUGCUAGAGGUGUCCGGUGACGGGCAUCCCAGACGAAUGAUUGUCCACGACAGAAUCCG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))..........................(((......(((....)))....)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))..(((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))................................((((((....))))))...............((((((.......))))))......................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))............................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((...((((((....)))))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))))))...((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))))............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............((((((...)))))).((((....))))................................((((((....))))))...............((((((.......))))))(((((.(((....))))))))...................)))))...(((......(((((((...((((.....))))))))))).....))).......((((((((....))))))))...(((........))).............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).......(((((((....)))))))))).)))....(........).......))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..((.....((........))...))......((((((....)))))).......(.......((((((.......))))))(((((.(((....))))))))............).))))))))))..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))....(.((((((((....)))))))).).(((((....))))).............. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....(....(...)....).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................(((((....................)))))...............((((((((....))))))))............................)). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.........((..((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)........................(((....(((((....)))))..)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))))))))))(((..((((......((((((....((((.....)))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...............((...)).....))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...[[[[[[[)))....(((.....))).......]]]]]]]((((....))))........(((........))).((((..[[[((((((....))))))))))....]]]..(((((((.......)))).[[[[[[[)))........]]]]]]]..((((..[[[[.(((...)))...)))).....((((((...((((((...))))))))))))]]]]..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((...((((((....)))))).))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))))).)))......(((((...)))))..))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...))))))).((......))..........(((...........((((((((.(.(((......)))))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))..)..))).......)))))))))...(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).............................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.............((((((...)))))).((((....))))..........................(((((..(((((....))))))))))...((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))).)))).)...........)))).))))....(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).......((((((((....))))))))............(((((...)))))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....................((((.((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..))).....((((((....)))))).......(.......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........)..))))..((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).............((((...))))...))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((........(((((((((((.((((((...)))))).............((((............((((.....(((((((..)))))))))))...........((((((.......))))))))))))))))................(((..))).))))))))))...(((......((((((...((((((...)))))))))))).)))..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..)))).....))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.........((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...((((............((((((...((((((....)))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))......)).)))))))))...((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))..))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((.........((((((((((.....))))).((((....))))......................................................((((.....((((((.......)))))).((((.(((....)))..)))).........)))))))))..(((..(((...((..((((......................))))..))..)))))).)))(((((((....)))))))............................))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)............(.(...).) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)..............(....). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(.........((((((...((((........)))).)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)............(.(...).) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((...((((.......)))))))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))..................(.(...).) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((..........((.(((((.....))))).((((....)))).........))......((((..((((.....((((((....))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))......(((((...)))))..))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.....................(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..))).....((((((.[[[))))))]]]............((((((.......)))))).((((.(((....)))))))...............)))))..((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))..))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.((((.........)))).((((((...)))))).((((....)))).))))............((((..((((.....((((((....))))))))))..(((((....((((((.......))))))...)))))............................))))...................)))).........((((((.......))))))..((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((.((.........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((...((((((....)))))).)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))))))))..(((..(((...((..((((((..................))))))..))..))))))...((((((((....))))))))........................)).)))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((..........((.(((((.....))))).((((....)))).........))......((((..((((.....((((((....))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))......(((((...)))))..))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..........(((((.....((...((.((((((...)))))).((((....)))).......))...))...((((..((((.....((((((....))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))).)).((((((((((....))))))))...(((((....)))))..........)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((.(((((((..........((.(((((.....))))).((((....)))).........))......((((..((((.....((((((....))))))))))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).).......)))).)))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).)))......(((((...)))))..))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((..((..((((...)).))..).)..))))))))(((...).)).((..))..(((........)))...((((((((((((((..)))))))..)))..))))...(((((((((..)).)))))).)((((((((.......(((((((......).))(((..))).))))((((.((..(((((((((.............)).)))))))..))))))...)))))))).(....).(((((((.((......))))))))).((..))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................(((...............((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))).................((((....(.((((((...(((.......))..)))))))...).)))).((...((((((........))))))..))........................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...((((.((((.........)))).((((((...)))))).((((....)))).))))............((((...........((((((....))))))......((((.....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).).......)))).)))).................((((((...((((((...))))))))))))...............((((((((....))))))))...........................))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((...((((((....)))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....(......).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).............((((...))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((...(((((..........((.(((((.....))))).((((....)))).........))......((((..((((.....((((((....))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))))))))..))).......((((((...((((((...))))))))))))......((((.....((((((((....))))))))...(((((....)))))..))))....))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((.........)))).(((((.....))))).((((....)))).))))............((((..((((.....((((((....))))))))))..((((......((((.......)))).((((((((.((....))))))))))........)))).))))..(((((.((((.............))))...((((((.......))))))...)))))...((((((((....))))))))...(((((....))))).............. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((.........)))).(((((.....))))).((((....)))).))))....(((((...((((..((((.....((((((....))))))))))..((((...[[[((((.......)))).((((((((.((....))))))))))........)))).))))........((((.......]]]...))))...((((((.......))))))..)))))....((((((((....))))))))...(((((....))))).............. |
