RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00079

RNA: ASE_00079
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))((((((((....))))))).)((...(((((............(((((((.((.....)))))))..)).......((((((.......))))))((((.(((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((..(((....)))((((((.]]]]))))))(((....)))...)))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((....)))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....(((((.........(((((...(((((.....)))))..((((((....))))))(((.......(((..((........)).(((((((....)))))))....))).....((((((.......)))))).))).(((((....))))))))))..(((........(((((.....((((.....((((((((((((....)))).(((((((.(.......).)).))))))))))))).....)))))))))...((((((....)))))).)))................((((....)))).......)))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............(((..((((((...))))))..((((((....))))))......(((((((..........((((.(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......)))))).((..(((((....)))))...)).......)))))...))))....((((.....((((((((((((....)))).(((((((...........))).)))))))))))).....)))).((...((((((((....))))))))..))..........)))))))))).............))))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((..........))))........................((((((((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).(((.(((((....)))))))).............))))))))).............((((((.........................................))))))................((((((((....))))))))...............................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((((.................((((((...))))))..((((((....))))))......(((((((...............(((((((....)))))))............((((((.......))))))..((.(((((....)))))))....................((....((((.....((((((((((((....)))).(((((((.(.......).)).))))))))))))).....))))....))((((((((....))))))))..............)))))))................))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.................(((((.....)))))..(..............)............................((((((......))))))............((((((.......)))))).((.((((((....)))))))).........................((((.................................................................))))....(.((((((((....)))))))))....................................)))))))...
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))..((((((....))))))...((...(((((............((.(((((((....)))))))...)).......((((((.......)))))).((((.((((....))))))))....)))..)))))))))))))...((((.....((((((((((((...(((((........)))))....)))......))))))))).....))))........((((((....))))))....................((((....)))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((........).......((((((...))))))..((((((....))))))......(((((((...............((((((((()))))))))...((((.....((((((.......)))))).(((.(((((....)))))))).........))))......((((..((((.....((((((((((((....)))).(((((((.(.......).)).))))))))))))).....))))..))))((((((((....))))))))..............)))))))(....)..........))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....(.((((.............(((((((((((...))))))....((((....)))).............................(((..(.(....).)..)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................((((((.....................(.((.......)).).....))))))................((((((((....))))))))...............)).......................)))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......((((.(((((((((((...))))))..((((((....)))))).........(((((..........(((.(((((((....)))))))....))).....((((((.......)))))).((((.((((....))))))))...))))).....))))).......((((.....((((((((((((....)))).(((((...((((...))))..))))))))))))).....))))))))...(((((((....))))))).(((.........)))...((((....)))).......))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((....((........)).((((((...))))))..((((((....))))))....(((.(((((...............(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.((((....))))))))((...))..))))).(((((.....((((.....((((((((((((....))))..((((...((((...))))..)))).)))))))).....)))))))))..(((((((....)))))))...............))))))))...............))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................(((((.....)))))..((((((....)))))).......((((((...............(((((((....)))))))............((((((.......)))))).(((.(((((....)))))))).........................((((.....((((((((((((....)))).(((((((...........)).))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..............))))))((....)).........))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((((((((.(((((...))))...)(.(((....).))...............).........(((...........(((((.(((((....))))).))..)).).....((((((.......)))))).(((..((((....)))).)))....)))...................(((......(((((..............((..((...))...............).)))))....)..))).....(.(((((.((....)).))))))........)))))))).......................)).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.................((((((...))))))..((((((....)))))).......((((((...............(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......))))))..((.(((((....)))))))(((...))).))))).(((((.....((((.....((((((((((((....))))..((((....(((...)))...)))).)))))))).....))))))))).((((((((....))))))))..............)))))).................))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............(((..((((((...))))))..(((((((..)))))))......(((((((...............((((((((..))))))))..(((((.....((((((.......))))))....((((((....)))))).(((...))).)))))...........((((.....((((((((((((....)))((((((.....))))))....[[[[[.))))))))).....))))]]]]].((((((((....))))))))..............)))))))))).............))))).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((..........)))).)((...(((((.((.........(((((((((......)))))))..)).))....((((((.(...).))))))((((.(((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((............................((((....)))).))))))...)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((..........)))).)((...(((((.((.........(((((((((......)))))))..)).))....((((((.(...).))))))((((.(((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((............................((((....)))).))))))....).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).....................((.(....).)..).)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.....((..(((((...(((((.....)))))..((((((....))))))(((.......(((..((........)).(((((((....)))))))....))).....((((((.......)))))).)))..((((....)))).))))).((((........(((((.....((((.....((((((((((((....)))).(((((...(((.....)))..))))))))))))).....)))))))))...((((((....)))))).))))......)).......((((....)))).......))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((....((.((...)))).((((((...))))))..((((((....))))))....(.(((((((...............(((((((....)))))))..(((((.....((((((.(....)))))))..((.(((((....)))))))(((...))).))))).(((((.....((((.....((((((((((((....)))).(((((((..(((...))))).))))))))))))).....))))))))).((((((((....))))))))..............))))))))...............))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...........(((((.((((((...))))))..((((((....)))))).........(((((..............(((((((....)))))))............((((((.......))))))....((((((....)))))).....))))).......(((((.....((((.....(((((((((..........((((((.....))))))..........))))))))).....))))))))).((((((((....))))))))........))))).....((((....)))).......))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((..........))))................................................(((......((...............)).((.....((....))....))...........))).....)))..................................................................................(((...((....))...)))...............................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((.(((((........)).))).)))))))..((((..(..((((((....))))))..)....((((((...............(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.((((....)))))))).........))))).(((((.....((((.....((((((((.(((....)))..(((((((.(.......).)).))))))))))))).....)))))))))..(((((((....)))))))...............))))))((....)).........))))......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((.((..(((...((((....(((((.....)))))..((((((....))))))........))))................(((((((....))))))).....)))....((((((.......)))))).((((.((((....)))))))))).))).....))).(((((.....((((.....((((((((((((....)))).(((((...(((.....)))..))))))))))))).....)))))))))..(((((((....)))))))............((((((.((((....))))...........))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.....((..(((((...(((((.....)))))..((((((....))))))(((.......(((..((........)).(((((((....)))))))....))).....((((((.......)))))).))).(((((....)))))))))).((((........(((((.....((((.....((((((((((((....)))).(((((((.(.......).))).)))))))))))).....)))))))))..(((((((....)))))))))))......)).......((((....)))).......))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((((((.(.......)((((((...)))))).((((((((..)))))(((.((((((((((((....(.((((((..((((((((..))))))))))))))....((((((((((..)).))))))))((.(((((....))))))))...)))))).((((.(......))))).......))((((((((..))))))))..).))))))((.......)).)))))).)))((.......))(((...(((((((........)))))))(((.......)))....(((((..)))))).))...))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................(....(.(.))...)...............................((.......))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((...............................(..((((((....))))))..).........................(((((((....)))))))............((((((.......))))))..((.(((((....)))))))..........................((((.....((((((((.(((....)))...((((((...(.....).)).)))).)))))))).....)))).......(((((((....)))))))...................((((....)))).......))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.........(((((((.(((((.....)))))..((((((....))))))..........(((...............(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.((((....)))))))).........)))))..((((..(..((((......(((((((((((....)))).(((((...(((.....)))..))))))))))))......))))..)..))))(((((....))))).))).......)))))..)).((((....)))).......))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((..((((........)).))..)))(((....)))......))).((((....)))).........(((..........((((.(((((((....)))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((.((((....)))))))).........)))))...))))....((((.....)))).(((.(((....))).(((((.....))))).(((....))).)))..(((.(((.....)))....(((((((....)))))))...........))).))).((((....)))).................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((........(((((((((((((....))).....((((((....)))))).......)))))................(((((((....)))))))..<<<<<.....((((((...{{{.))))))..}}}.((((....)))).))))).((((..>>>>>............)))).....(((((((((((....)))).((((.....))))..(((....))).))))))).(((..(((([[[[[...((((((....))))))))))..........]]]]].((((....)))).......))).)))...

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