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GAGGAAAGUCCGGGCGCCGUCGAAACGCGGUGGUGGGUAACACCCACCGGCCGCGAGGCCAGGGAAAGUGCAACAGAAAGCAGACCGCCAUCGGGCCGGGGCAACCCAGCCUGAGGGUAAGGGUGAAACGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGCAGGCCGGGUAACCGGUCUGGCUAGGCAAACCCCACCGGGCGCAAGGCCAAGCAGGGAGCAUGGGUGGCGGCAGCGAAUCCGUUCGCCACCGGCCGCCCACGGAUUGUUUCGAGCCGUAACAGACUUCCGGGUAGGCUGCUCGAGACGCCGAGUAAUCGUCGUCCUAGAGAAAUGGCCACCGCCCGUCGUCGCCCUCCGGGGCUUCGACGGGAACAGAAUCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((.....)))).)((...(((((............((((((((((((((((....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((...((((((((((((((((....))))))))).)))))))((((...]]]]]]..))))......))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((((....))))))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................((....((((....))))..))....(((...............(((.(......).)))...................((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))....))).((((.....(((((...............................................(((.((...)).)))...))))).....))))......((((.(((....))).))))................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..(((((((..(((((((((((((...))))))).)))))).((((.((.....(((........))).....)).((((((.(((....))).)))))).((..(((((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((......))..((((((...(((((....((((((.((((((((((..(((((....)))))..))).)))))))(((..((((((((((.......................))))))))))))).......))..)))).......)))))..))))))...)))))))))..)))))))))))........)))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((............((((((((...))))))))...........................................................................................................................................))))).......................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..............)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............(((((...............................................................).))))...............((((((((....))))))))................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((..............)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))..((((......(((((...............................................................).)))).....))))......((((((((....))))))))................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(((((((((((((...))))))).))))))..............((........))...(((((.((((((.(((....))).)))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......................................((((((((((..(((((....)))))..))).)))))))..................................((((((((..((((.(((....))).))))...)))...)))))....(((((((..((((....))))..)))))))................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..................(((((((...)))))))((((....)))).........((.............(((((.((....................)).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))....................(.......................................................................................)........((((.(((....))).))))........................................................))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((.((((((.(((....))).)))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))..)))))))))))))...((((.....(((((...(((((((((..(((((....)))))..))).))))))((((...........))))......))))).....)))).(((.(((((.(((....))).))).)).)))............(((((((..((((....))))..))))))).......)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((....(((((((((((((...))))))).)))))).))).........(((........)))..(((((.((((((.(((....))).)))))).)))..))((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......)).(....))))))........((.....)).((((((((((..(((((....)))))..))).)))))))((((.((((.((...)).))))....))))(((.(((((((((.((((.(((....))).)))).).)))...)))))))).(((((((..((((....))))..)))))))........))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.(((..................))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................((...........................................((.............))..........))...............((((((((....))))))))............................................................).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)........................(((..((..(.(((....))).)..))..)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))))))))..((((......(((((.(.............................))......................).........).)).....))))......((((((((....))))))))....................................................(.......).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.[[[(((((......)))))(((((((...)))))))((((....))))..)))...(((........)))....]]].((((((.(((....))).)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).)))((((....((((..............((((((((..(((....))))))))))))))))))).(((((((((..[[[[[[.)))))...))))(((.((((.(((..((((.(((....))).))))...)))....))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........]]]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((.((((((......))))))((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((.((((((.(((....))).)))))).)))...))).....((((((.......))))))((((((((((....))))))).)))..((...(((.....(((.....))).....))).)).((((((((((..(((((....)))))..)).))))))))(((((((((.((...)).)))))...))))(((.((((((((..((((.(((....))).))))...)))...)))))))).(((((((..((((....))))..)))))))........))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((((((..........(((...(((((((...)))))))[[[[))).]]]]........(((........)))....(((.((((((.(((....))).)))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........................................((((((((..(((....)))))))))))....))))..))))).....((((((.............(((.((((((((..((((.(((....))).))))...)))...)))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(.((.((((((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........(((((((((.........(.(......))))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......))))........(((......((((..(........(.......((.((...........................((...))).))))))))....)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))...................................))))).))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((......((......((((((...)))))).((((....)))).........))................(((((((................)))))))...(((((....((((((.(...).))))))((((((((((....)))))))).))..........))))))))).....((.....(((((.(.(.....((((......................(....................)))))..))))))).(((......((((.((((((((....))))))))))))........((((......))))..)..)).))......)......)))))..))))..... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..(((((......)))))(((((((...)))))))((((....))))........(((........))).((((((.((((((.(((....))).)))))).)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)................(((.....)))..((.....)).((((((((((..(((((....)))))..)).))))))))((((((((..((...))..))))...))))(((.((((((((..((((.(((....))).))))...)))...)))))))).(((((((..((((....))))..)))))))........))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((((((..((((((((((((...)))))))((((....))))........(((........))).)))))..((((((..(((...))).)))))).....(((((((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))................((((((...(((((....((((...((((((((....((((((..)))))).....))))))))(((..((((((((((............[[[[.......)))))))))))))...........)))).......)))))..))))))...)))))))]]]]...))))))))........)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((......))))))(((((.....))))).((((....)))).(((....(((.............(((((.((((((.(((....))).)))))).)))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....))))))).))...)))...)))...........(((.((((((......((((((((((..(((((....)))))..))).)))))))....))))))...))).........(((.(((..(((((((((......))))))...)))..))).)))............(((.......(((....))).......))).......)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....(((((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((..((((.....((.(((.......))).))..((..((((....))))..)).........)))).))).)))))..(((........((((................................................................)))).......)))......((((((((....))))))))...............................(.....)...........)))))))))....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..........((((((((....................))))))..))..)....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..(((((..............................................((((((...))))))..).))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..............................................(.(....).)....) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....(((((..............................................(((((.....)))))..).))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..........((((((((....................))))))..))..)....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..(((((..............................................((((((...))))))..).))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..............................................(.(....).)....) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(..........((((((((....................))))))..))..)....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((.....(.((((..............................................((((((...))))))..).)))).....))))....(.((((((((....))))))))).................................................(.(....).)....) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((.((.......((((((((((((.....))))))).))))).((((........(((........)))...((((.((((((.(((....))).)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).))))...))))......)).))..(((((((((..(((((....)))))..))).)))))).)))))).))))((((((.............(((.((((.(((..((((.(((....))).))))...)))....))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...........(((...(((((((...)))))))[[[[))).]]]]........(((........))).((((((.((((((.(((....))).)))))).)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)................(((.....)))............((((((((((..(((((....)))))..)).))))))))(((((((((.........)))))...))))(((.((((((((.(((((.(((....))).)))).).)))...)))))))).(((((((..((((....))))..))))))).......)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..(((((((..(((((((((((((...)))))))).))))).((((.................................))))..........(((((((((((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))...((((((...(((((....(((((..((((((((....(((((....))))).....))))))))((((....))))............)))))...((((.((((((......))))))........))))......)))))..)))))).....))))))..))))))))))))........)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))......................................................................................................(((...((....))...)))................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((............(((((((((((..............)))))))))..))((.....((.(((.......))).))..(((..(((....)))..)))))..))))...)))))))))))).............((((...............................................................).)))))))............((((((((....))))))))....................................................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((.((.......((((((((((((.....)))))).)))))).((((........(((........)))...((((.((((((.(((....))).)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).))))...))))......)).))..(((((((((..(((((....)))))..)).))))))).)))))).))))((((((.............(((.((((.(((..((((.(((....))).))))...)))....))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((.((.((.......((((((((((((.....)))))).)))))).((((........(((........)))...((((.((((((.(((....))).)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).))))...))))......)).))..(((((((((..(((((....)))))..)).))))))).)))))...))(((((.((.....(((....)))..)).)))))...((.(((....))).)))))).(((...(((......(((((((..((((....))))..)))))))........))).))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((..((((((....((.((((((((((.....))))))((((....))))........(((........))).)))(((.((((((.(((....))).)))))).)))..).))...))))))........((((.((..((((((((....))))))))(((.(((...(((....)))(....)))).))).)))))).((((((((((..(((((....)))))..))).))))))))))))).))))((((((.............(((.((((.(((..((((.(((....))).))))...)))....))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((.((((....)).))((((((((((...((((((((((((...).))).))).)))))(........)(((.(((((..(((..((((((((.(((((((((.((.(..((((.(((((((((((..))))...(((((((((((((..))))))))).)).)).......)))))))))))..))).).))))))(..((((((((((...(((......)))...))).)))))))))).))))))))((.(.......))).)))))).))))).(((..(((((((....)))))))...))).)))..))))))).((((((..(((((..)))))..))))))..((...))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................(((...........................................(..(.......(.........).)...........)......................(.........).............))).....................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................(...)((............................(......).......(..(.........((....(.....................)...)).)...(((.(.........).)))..................).....).)...(...(.(...................).)......).........((.(......)))...........(....(.............)...).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((.((.((.......(((((.(((((((...)))))))..))))).((((........(((........)))...((((.((((((.(((....))).)))))).(((..((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......)))).))).))))...))))......)).))..(((((((((..(((((....)))))..)).))))))).)))))).....((((((.............(((.((((.(((..((((.(((....))).))))...)))....))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.........(((.(((((((...)))))))((((....))))..((....(((........))).((((((.((((((.(((....))).)))))).)))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).........))..))))))))..((((.....(((((...(((((((((..((((......))))..)).))))))).(((...........))).......))))).....)))).(((..((((.(((....))).))))...)))............(((((((..((((....))))..)))))))................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((.((.......((((((((((((.....)))))).)))))).((((........(((........)))...((((.((((((.(((....))).)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).))))...))))......)).))..(((((((((..(((((....)))))..)).))))))).)))))).))))((((((.............(((.((((.(((..((((.(((....))).))))...)))....))))))).(((((((..((((....))))..))))))).........)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((......))))).(((((.....))))).((((....))))...................................)))))...((((.......))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..(((((.....(((((......((((..(((((((((..(((((....)))))..)).))))))).((((....)))).(((..................))).))))..((((.........))))............)))))....(((((((..((((....))))..))))))).......)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((..(((((......))))).(((((.....))))).((((....))))..............................{{{{{)))))...((((..}}}}}))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..(((((.....(((((......((((...(((((((...(((....))).))))))).(((((((.(((.[[[[[.....))).]]]]]......)))).))).))))..((((..((....))..)))).........)))))....(((((((..((((....))))..))))))).......)))))..... |
