|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGAGCAGAACGCCGGGUAACACCCGGUGGGGGAAACCCCGAGGAAAGUGCCACAGAAAACAGACCGCCUUCGCCGCGCGAGCGGCGCGGGUAAGGGUGAAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCAGACGGUAACGGAUGCGGCACGGCAAACCCCGUUCGGAGCAAGGCCAUGUAUAGGAACGUUCGAGGGCUGCUCGCCCGAGUUCCAGGGUAGGCCGCUCGAGGCGCACGGUAACGGGCGUCCCAGAUGAAUGAUCGCCAAGUGUCCCCGGACACUCACAGAACCCGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((....)))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....(((((((((...((((.....((((((.....))))))..(((....)))..((....((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))..))..)))))))))..((((((.(((.((.(((((((...((((..(((((((((.((......))..))))).))))..))))..))))))).))..))).)))...))).((((((....))))))........))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((.....))))))((((....))))..((......))...........((((((..((((((....))))))..)))...))).....((((((.......)))))).((((..((....))..)))).......................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((......((....((((((((...)))))))).((((...((((......(((((...(((.....((((((((..((((((.....))))))...)))).....))))(((((....(((..(((((..............)))))...)))..))))).))).((((..((((.((....(((((......((((.....))))..)))))....))))))))))..))))).......))))..))))............))..((((((....))))))....)).)))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................((((((((...))))))))((((...))))................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((....))))))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((..((((((....))))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))..((((......((((((.....................)))))).....))))......((((((((....))))))))................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((....)))..(((((((((((...)))))))((((....)))).......(((((............((((((.((((((....)))))).))))..))......(((((((.......))))))).(((..((....))..))))))))..........)))).((((..((((.(((.(.(((((...(..((((.....))))).))))).).)))))))))))..(((((.((....)).)))))........................))))))).................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((...((............(((((((...)))))))((((....))))........................((((((.(..............).))))..)).......((((((.......)))))).((((..((....))..))))..................))(((..((((.......(((((......((((.....))))..)))))......)))))))...(((((.((....)).)))))..........................................)))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((............((((((.((((((....)))))).))))..)).......((((((.......))))))(((((..((....))..)))).)..)))..)))))))))))))...((((.......(((((......((((.....))))..)))))......))))......(((((.((....)).)))))...................(((((....)))))........)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((((((((....)))(.(((((((((((...)))))))((((....)))).......(((((............((((((.((((((....)))))).))))..))......(((((((.......))))))).(((..((....))..))))))))((......)))))).((((..((((.(((.(.(((((..((..((((.....))))))))))).).)))))))))))(.(((((.((....)).))))).)............).........))))))).))................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))...................((((..((..(((.......))))))))).................((((((((....))))))))...........................(........).........))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..............(((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............((((((..((((......))))..))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))((..((((.......(((((.(......((.....))...))))))......))))))....((((((((....))))))))...................((((......))))...............).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((....)))).....(((((((..(((((...((((....))))........[[[[..............((((.((((((....)))))).))))..)))))...(((((((.......)))))))((((............))))....]]]]...(((...........[[[[.......(((((......((((.....))))..))))).)))..]]]]......(((((..[[[.....)))))...(((.....)))]]].((((((....))))))......))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((....((((((((...))))))))((((...))))..((....((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))...)).))))))))...((((((.(((.((.(((((((...((((..(((((((((.((......))..))))).))))..))))..))))))).))..))).)))...))).((((((....)))))).......)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((................(((((((...)))))))((((....)))).......((([[............((((((.((((((....)))))).))))..))......(((((((.......)))))))((((..((....))..)))).)))]].............((((..((((.......(((((......((((.....))))..)))))......))))))))..(((((.((....)).)))))..................((((((....)))))).......)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((((.((......))).))))))..)).)......(((((.......)))))..((((.(((....))).))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((....((((((...)))))))))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................((((.......))).)................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........(((((((..(((........)))..))))..)).)....(((((((.(...).))))))).(((((((....))))))).....))))...)))))))))))).....(......((((((......(((((...)))..)))))))).(((...((.((((.((((((((....)))))))).).))).)).....(((.(((((((..))))))))))...))).)...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))).....((((((((...)))))))((((....)))).........(((.............(((((.((((((....)))))).))))...)......(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))).......)....((((..((((.......(((((......((((.....))))..)))))......))))))))..(((((.((....)).)))))..................((((((....)))))).......)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((((......(((((...((((((((...))))))))((((...))))..........................(((((((((((.[[[[[[[[))))....((((....(((((((.......)))))))((((............)))).........))))(((((...................)))))..))))))))))))))))).......((((..]]]]]]]].((((.........(((...)))...........)))).(((((((..)))))))......))))))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......))))))).(((..((....))..))))))))......)).)))))))))...((((.......(((((.((...((((.....)))))))))))......))))......(((((.((....)).)))))..................((((((....)))))).......)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............(((((.....))))).((((....))))..((.....(((...........((((((((................)))))...))).....((.(((.......))).))..((.((((....)))).)).....))).....))....))))...((((......((((.........................)))).....))))......((((((((....)))))))).........................................)))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..(((..........)))..)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(..((((((.....(((((.....))))).))))))..)..))))....(.((((((((....)))))))))...................................(.(....).)).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(.........((((((..(((..........)))..)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..................................(....)....... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.((..(((..........)))..))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...................................(.(....).)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))..))..)))))))))..((((((.(((.((.(((..((...((((..(((((((((.((......))..))))).))))..))))..))..))).))..))).)))...))).((((((....))))))........))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))..(((.(((((((...)))))))((((....))))........((((..............((((.((((((....)))))).))))..........(((((((.(....))))))))((((............))))....)))).......))).((((..((((...[[[.(((((......((((.....))))..)))))......))))))))..(((((..........)))))....]]]...........((((((....)))))).......)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((....)))).....(((((((..(((((..(((((....))))).........................((((.((((((....)))))).))))..)))))...(((((((.......))))))).............((((((...((((......))))...((((..((((.......(((((......((((.....))))..)))))......)))))))).................)))))).................((((((....))))))......))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...)))................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))......................................................((((.....((.(((.......))).)).((((..((....))..)))).........)))))))))))))...(((.......((((((.....................))))))......)))......((((((((....)))))))).........................................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))...)).)))))))))..((((((.(((.((.(((((((...((((..(((((((((.((......))..))))).))))..))))..))))))).))..))).)))...))).((((((....))))))........))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..........(((((............((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))....))....)))))..((((.......(((((......((((.....))))..)))))......)))).)).(((.((...(((....((((...((......))..)))).((((((....))))))......))))).))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....((((((.....))))))((((....))))..((....((((............((((((.((((((....)))))).))))..))(((...(((((((.......)))))))((((..((....))..)))).)))))))....)))))))))))..(((........((.(((..((...((((..(((((((((.((......))..))))).))))..))))..))..))).)).(((.....)))))).((((((....))))))........))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))...((((((((((((((((((((.(((((..)))))(((((...((.(......).))...).))))((((((...).)))..))...))))))))))(((((((((..)).))))))).(((.((((...(..).((.(((.((.(..((.(......)).)..))).)))).)....((((((((((((.(..(((((......)))))))))).))))).))).)))).(((.(((((((((..)).).)).)))))))))).))))).)))))....).)))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................(.((...(........)...................................(...)......((........(.........................)............)).....(.(...).)..............(...((((..((....))..))))..)......)).)........................((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....(((((((...)))))))((((....))))........((((..............((((.((((((....)))))).))))..........(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))......))))))))).................((..((....(((..((((((((...............)))).))))..)))...))..))....................((((((....))))))........))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....))))..((....((((...........(((((((.((((((....)))))).))))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))...))))))).((((..((((.......(((((......((((.....))))..)))))......))))))))..(((((.((....)).)))))..................((((((....))))))................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.....((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........((((((..((((((....))))))..)))...)))....(((((((.......)))))))((((..((....))..))))....))))...)).)))))))))..((((((.....((.(((..((...((((..(((((((((.((......))..))))).))))..))))..))..))).))......)))...))).((((((....))))))........))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....)))).....((((((.....))))))((((....)))).(((.......................)))..(((((....))))).))))....(((.....((((((.......)))))).((((............))))..((((......))))..(((((......((((......))))....((((.....))))..))))).((((..((((...........))))....((((((..........)).)))).((((((....))))))......)))).)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...((((.((((....)))).....((((((.....))))))((((....)))).(((...[[[[................)))..(((((....))))).))))...((((.....((((((.......)))))).((((............))))]]]].....)))).((((.{{{{..............))))......((((.}}}}))))....))).((((..((((...........))))....((((((..........)).)))).((((((....))))))......))))....... |
