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GAGGAAAGUCCGGGCACCACAGGGCAGGAUGCCGCACGAGCUUCACCGCAAGUGCGGGCGUCGCGUUUCAAGGCGCGGCGACGGACAGUGUCACAGAGAAUAUACCGCCCUCCGUGGUUCGGCGAAAGCCGGGCUUCGAAGGGUAAGGGUGAAAAGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGCCGCCAGCAAUGGCGGCGGCACGAAAAACCCCUUCCGGUGCAAGGCAAAAUAGGUGACUGGGCGGCCCGUCCGAUAGUCACGGGUAUGCCGCAUCCGGCGCCGCUCGCGCAAGUGAGCGGCGCGGGACGAGGCCGCCGCGAGGCGGCCCGAGAGAAAUGACGACUGAAGCGCCGCAAGGCGUGGAACAGAACCCGGCUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.(((((((((((..((......))..))))))((((((((((....))))))))).)((...(((((............(((((((((((((((((((....)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((.]]]])))))...))))).....))))...(((((((....................)))))))...(((((((....))))))).................((((((((....))))))))......))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((((..((.((...)))).))))..(((((..((......))..)))))..(((((((((....))))))))).(((((..((.(((.(.(((......(((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).)))).))))).(((....(((....)))....))).))))).......(((((........(((.(((((((((((....))))))))))).)))...(((((((....)))))))...............(((..(((((....)))))....))).))))).))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((....(((......(((((................))))).((((..............)))).........)))...............((((............................))))...(((.(....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............).))))))))..((((......(((((((((((...)))))...)))))).....)))).........(((((((.(....).))))))).............................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((....((((((((........((((....)))).(((((((((....))))))))).((((..((((..........)))).((((((...((((((((....))))))))..)).))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..))))))))..))))......((.....((((((((((((........(((((.......)))))(((((((((((....))))))))))).))))).))))))).....)).))))..............(((..(((((....)))))....)))..)))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((................))))).((((..............))))........................(((((((((((....................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............(((((..................))))).................((((((((........))))))))............................................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((................))))).((((..............))))..........................(((((((((....................)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))..((((......((((((((((.....)))))...))))).....))))........((((((((........))))))))............................................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.................((((((..((......))..)))))).(((((((((....)))))))))........................(((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....................(((..((((......(((((((..(((.....))).))))))).....)))))))(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....)))))))))..................(((((....))))).........)))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................(((........)))............(((.............(((((((.(........................).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))))).................................................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((.(((((((..((......))..))))))((((((((........))))))).)((...((...............(((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).......))))).)))))))...((((......((((((((((.....)))))...))))).....))))...(((.(((((((((((....))))))))))).)))...(((((((....)))))))....................(((((....))))).........)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((..((...((........((((((..((......))..)))))).(((((((((....)))))))))........................(((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))..))(......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...........)))....))(((..((((......(((((((..(((.....))).))))))).....)))))))(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).............(((..(((((....)))))....)))..)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..........(..(.......(......)).(((................)))...................................................((....(((....................)))....))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...................................(((((..................................................).))))................(((((((....)))))))............................................))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((.(((((((((.....).))))))..))............(((((((((......)))))).........((((...(.....))))).(((.((......(..................))).)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).......)))..((((......((((((((((.....))))...)))))).....))))........((((((..((....))..))))))........)))).....................................(......).))...))..)))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.[[[[.....))))....]]]]......((((((((((....)))).((((((.......[[[[[.))))))....]]]]]..............(((((....((((((((....))))))))....)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))[[[[.....))))......]]]]............(((((((.[[[[[........)))))))......]]]]].(((.(((((((((((....))))))))))).)))...(((((((....)))))))................))))))(((....)))................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........)).))((((((..((......))..)))))).(((((((((....))))))))).....((((((((.........(((((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))((((...............))))..((((......(((((((((((...)))))...)))))).....))))...(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).......)))).))))..(((((....))))).........)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............((((((..((......))..)))))).(((((((((....)))))))))..........................(((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..................))))....((.....(([[[[))((((..{{{)))).....]]]]}}}...))....(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).............(((..(((((....)))))....)))..)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((((((((.((....((((.......)).........)).))(((...............(....)))).........(((...........(((((.((....................((....)))).))..)).)......(((((.......))))).(((((((((....)))))))).)..)))...................(((.......(((............................................(...)))....)..)))..........(.(((((........))))))........)))))))).............................))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((...)))...........(((((..................((((......))))...............................((((.((..(.((..........))...))).))))...(((((....((((((.(...).)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))...(((..((..((((((.((((...))))....))))))..)).)))....((...((((((..((....))..)))))).))................))))))).....................................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((........))...((((((..((......))..)))))).(((((((((....))))))))).....(...)((............(((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))...))((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))(...............).....((((......(((((((((((...)))))...)))))).....))))...(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....)))))))))........))...(((..(((((....)))))....)))..)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((((..((((...))))......(((((((((((..))))).((((((((((..)))))))))).(((.....(((((............(((..(((.((((((((....))))))))..((((((.....(((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))).......))))))))).....))).......)))))..((((((((((((........(((((..[[[[[)))))(((((((((((....))))))))))).))))).))))))).....]]]]])))..............))))))(((....))))))).......)))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((.((.(((((........)).))))).))...)))).((((....))))..((((((((....))))))))((((.....))))..............(((((.((..(((((((....)))))))..)).)))))(((((......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...........)))))((((.....(((.......(((((((..(((.....))).)))))))......)))...(((.(((((((((((....))))))))))).))).(.(((((((....))))))))..............(((..(((((....)))))....)))...))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((...........((....))..((((...(((.....(((.........))).((((..))))..........................))).....................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))......))))..((((......(((((..................))))).....))))......((((..((...(....)...))..........................))))..........)))))..............(.....).)))))))))..... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((................)))))(((((..............)))).)((...((((..(.........(((((((((((......................))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..(((((((((((...))))))...)))))..)).)))).(..(.(.((((((((........))))))))).)).........(................................................(........)).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((................)))))(((((..............)))).)((...(((((.((.........(((((((((........................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((((((.....)))))...)))))...).)))))(....(.((((((((........)))))))))..).....).....................................................((.(....).)..) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((................)))))(((((..............)))).)((...(((((((.........(((((((((((......................))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..(((((((((((...))))))...)))))..)).)))).(..(.(.((((((((........))))))))).)).........(................................................(........)).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((....).(.((((((((((................)))))(((((..............)))).)((...((((..(.........(((((((((((......................))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......(((((((((((...))))))...))))).....)))).(....(.((((((((........)))))))))..)............................................................(........)... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((((.((((....(((.....)))......(((((((((...((.((..(((((((((....))))))))).)).)).(((((..........(((((((((.((..(((((((....)))))))..)).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).............)))))..))))......)))).)))))).[[[[[)))........]]]]]..((((..(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).............(((..(((((....)))))....)))....)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................((((((..............)))))).(((((((((....)))))))))........(((((.............(((((....((((((((....))))))))....)))))....(((....((((((.(....))))))).((((((((....)))))))).))).....................((((......(((((((((((...)))))...)))))).....))))...(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).......)))).)(((..(((((....)))))....)))..)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((.((((....((((...))))......((((..((((....)))).(((((((((....))))))))).((((.....................(((((....((((((((....))))))))....)))))..((((.........((((....))))....((((((((....)))))))).........))))..)))).....))))......)))).)))))).((((((.........))))))..((((......(((((((((((....))))))))))).......(((((((....)))))))....................(((((....)))))...........)))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((................))))).((((..............))))..................................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))............................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((((....(((......(((((................))))).((((..............))))..........................))).....................................(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))............((((((((((.....)))))...))))))))..............((((((((........))))))))))..............................................................(.......).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((.((..(((((....(((((((((...((.((..(((((((((....))))))))).)).)).(((((..........(((((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).............)))))..))))....(((....))).)))))))))))....((((..((....))...(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).......))))..(((..(((((....)))))....)))..)))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((.((((((((........)).))))...)).))))).((((....))))...(((((((((.....((((((.......(((((..........(((((((((.((..(((((((....)))))))..)).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).....((((((..(((.((..(((....(((....)))....))).)))))..))....)))).)))))).(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....)))))))))...)))))).))))).(((((((....)))..((........)).)))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((((..(((.....)))......((((((((((....))))..((((((((((.....(((((..(((((..((.(((.(.(((......(((((.((..(..((((....))))..)..)).)))))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).......)))).)))).))))).(((....(((....)))....))).)))))(((.(....).)))))))).(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....)))))))))...)))))).))))))))))(((....))))))).......)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.(((((((((...)))).).(..)(((((.((((((...((((((((.(((((((((((((((.....))))))))....(......)(((((((.((((((((((((..)))))))))))).)))))..)))))))))((((((((..)).))))))(((((((((....)))))))).).)))).).)))(..(((.(..........).)))((.(.((((.(((((.(((..))..)))))))).))))).(((.(((((((((((..)))))))))))))).)...(((((((...).))))))((..)).)))).).).)))))(((((..)))))))).).).).)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................(.(....................(.(......................))............................................).....)......................((.......)). |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................((.(((.(.(....)).).......(.....)...(.......(...(..)..)....(....).(....(.........................................)....).......).....(..........(.....((((.....))))........)...........)...(((.......)))..........))....))......................((.......)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.................((((((..((......))..)))))).((((((((......))))))))..........................(((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).......))))............(((....(((....)))....)))..........................(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).............(((..(((((....)))))....)))..))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((....(((.....)))............((((....)))).((((((((......))))))))......................(((((((((.((.((((((((....)))))))).)).)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..................)))))..((((......(((((((((((...)))))...)))))).....))))....((.(((((((((((....))))))))))).)).((.(((((((....)))))))))..................(((((....)))))..........))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((.((..(((((....(((((((((...((.((..((((((((......)))))))).)).)).(((((..........(((((((((.((..(..((((....))))..)..)).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))).............)))))..))))....(((....))).)))))))))))....((((..((....))...(((.(((((((((((....))))))))))).)))((.(((((((....))))))))).......))))..(((..(((((....)))))....)))..)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((........)).))))............((((....)))).((((((((......)))))))).))))).................(((((.....))))).((((....)))).(((......)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..((((((((............)).))))))..((((((.........))))))..((((....))))(((((((((....))))))))).((((....(((((((....)))))))....................(((((....))))).........)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((.<<<<<<...)))).>>.>>>>.......)))).((((....)))).(((((((((....))))))))).((((..(((((.....)).))).((((.....)))).(((((....)))))..))))..(((((((((......((((((.......)))))).((((((((....)))))))){{{{.......)))))...}}}}.................(((((..[[[)))))...((((.((((.......)))).(((((((((((....)))))))))))]]]....(((((((....))))))).........)))).......(((((....)))))........))))..... |
