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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAUCAACGGUGCCGGAUAACGUCCGGCGGGGGCAACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAAAAGUAAACCGCCACGGGCGCGUUGCGUUUAGCCUGCGGCAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUUUCCGGCAACGGAAGCGGCAGGGCAAACCCCACCGGGAGCAAAACCGAAUAGGAACGGCGCGCGUUUCCGCGCAAGCGGGAAAGCAGAUCGAUCCGGAUCAGCCGUUCGGGUAGGUCGCUUCAGGCACACAGCAAUCUGUGCCGCAGAGGAAUGGCCGUCACGUGCUGCGUUAUCGCGCAGCGCCAUACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.............(((((((((((............)))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((((((....)))))))))).((((]]]]]])))).))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((....))))))))).))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......((((((((.(((.........(((((((...))))))).(((....)))..(((....((((............((((((.(((((............))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))....))).....(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).)))))))((((.(((((((((.((((((........))))))...))))..))))).....(((((((((....)))))))))........))))..))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((.....))))))((((....))))........................((((((.(.(((............))).).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).......................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((..((((............))))..)))..)).((...(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).)).))))...))).))))))))....))).....(((((((..((..((((((....))))))..)).((((......)))).)))))))((((.(((((((((.((((((........))))))...))))..))))).....(((((((((....)))))))))........)))).)))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................(((((((((............)))))))))............................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((((............)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((............................................))))))...............((((((((....))))))))............................................................ |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((..............((((.(((((.....))))).((((....))))...........................(((((((((............)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))...(...((((......((((((............................(((........)))..)))))).....)))).)....((((((((....))))))))...................................................)))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.................(((((((...)))))))((((....))))...........................(((.(((((............))))).)))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....)))...............(......(((((((..((.(((((((....))))))).)).....(((....))).))))))).....)(((.((((.((((((..(....)))))))...))))...)))......(((((((((....))))))))).........)))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((.............(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((.((..................)).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))....)))((...(((......(((((((..........................................))))))).....))).))....((((((.(....).))))))...................(((((((........)))))))................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.............(((((.(((((............))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...............(((((..((.(((((((....))))))).)).((((.((((((((.....)))))))).)))).(((..((((((.(....).))))))...))).....))))).(.(((((((((....)))))))))..)......)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.((........(.(((((((...)))))))((((....)))).((.......)).............(((((.(((((.(.....)....))))).)))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...(((....)))..)))))))......(......(((((((..((.(((((((....))))))).)).....((((())))).))))))).....)((((((((.((((((..(....)))))))...))))..))))......(((((((((....))))))))).........)))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((......((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......................(((((((....................)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))(..((((......((((((.....((..(((......)))..))...................)))))).....)))))...(.((((((((....))))))))).......................((........)).....)))...........))).. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((...[[[.))))).......(((((((...)))))))((((....))))..]]]..(((((..............[[[....)))))...]]]....((((.......[[[[....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...))))..]]]]...(((........))).....(((((((.....(((((((....)))))))....((((......)))).)))))))((((.(((((((((.((((((........))))))...))))..))))).....(((((((((....)))))))))........))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((........((((.(((((...)))).))))).((((.(((......))).)))).(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))).....((.....)).(((((..((.(((((((....))))))).)).((((.((((((((.....)))))))).)))).((((.((((((........))))))...))))....)))))...(((((((((....))))))))).........)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...............(((.(((((............))))).)))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))............[[[[[[[..((.(((((((....))))))).)).[[[....))..]]].]]]]]]](((..((((.((((.((((((........))))))...))))...)))).....(((((((((....))))))))).........)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((............(((((((..(.................).))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....))))))))..).))).......)))))))))...(((...(..(((((((............................((.(...).).)..)))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).................(((...(....).........)).)................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(((((((((.........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((.....(((.............(((((((((..((.....)).....)))))))..))........(((((.(...).))))).(((((((((....)))))))).)..)))....))))))))))))...(((..((..(((((((..(((((.((((....))))).)))).((((......)))).)))))))..)).)))...(((.((((((((....)))))))).).))........(((((..............)))))))))))............).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((........(....(((((...)))).)...)....(.(((......))).)....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))).............(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).))))))).....((((.((((.((((((........))))))...))))...)))).....(((((((((....))))))))).........)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((..(((((.[[[[[[[...((((((((((.((((.(((..)))....)))).............)))))..))))))))))........((((((((...(((...(((((((.......)))))))(((.]]]]]]])))((((((((.......((((...(((........))).....((((((((((((....)))))...((((............)))).....)))))))))))..))))))))...))).(((....)))))))))))........))))...(((((((((....))))))))).........)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....))....(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....((((............((((((.(((((............))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..))))))))........(((......(((((((..((.(((((((....))))))).))................))))))).....))).......((((((........))))))...................(((((((((....))))))))).........)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((..(((....))))).........((((.(((((.....))))).((((....))))...........................(((......................................((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))).......)))).((((..((((..((..((((((............................................))))))..)).))))......(((((.((....)).)))))......................................................)))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...((((((i.((([[(ddd...ddd((((((((...))))))))((((...))))..)))..cccc(........bbb..))ii(.((.((((((((((((fff(eeeeeeee.eee(....(((((((jjjj...))))))).gggggggg.))))<<<<<<<<...)E..)EEE..GGGGGGGG....DDD..EE....)))))))).(((((((aa..)))))))..{{{{{)).)))))))..(((((((hhhh..>>>>>>>>.)BBBC...AA.}}}}}EEEEEFFF..))))))II]]...(((((((((.DDD)))))))))..CCC...HHHHI))JJJJ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((..........(((((((((................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...........................(((((......))))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))............................................(.......)...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((((((................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((...........................(((((......))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..................................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((((((................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))..))))))))))))))..((((..((..((((((...........................(((((......))))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))............................................(.......)...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((..........(((((((((................)))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((...........................(((((......))))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..).........................................(.......).....) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((.((((((((...)))...))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))............(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).)))))))..(((((((.((((.((((((........))))))...))))...)))).....(((((((((....)))))))))..))).....))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((........(((.((((((...)))).))))).((((.(((......))).)))).(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))).............(((((((.....(((((((....)))))))....((((.[[[[.)))).)))))))]]]].(((((((((.((((((........))))))...))))..))))).....(((((((((....))))))))).........)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......)))))......((((((((...))))))))((((..((((.........((((........((((..((((...))))..))))...........)))).))))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))..........)))).(((((...............(((((((.....(((((((....)))))))....((((......)))).))))))).....(((((((((.((((((........))))))...))))..))))).....(((((((((....))))))))).........)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))...........................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))....................................................................................(((...((....))...)))............................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..((.....................(((((..((((............))))..)))..)).......(((((.((....))))))).((((((((....))))))))...........)))))))))))...((((..((..((((((............................................))))))..)).))))......((((((((....))))))))..................................................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((.(((((............))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))............(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).)))))))..(((((((.((((.((((((.(....).))))))...))))...)))).....(((((((((....)))))))))..))).....))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.........(((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((.(((((............))))).)))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))...(((..((..(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).)))))))..)).)))..))).((((...((....((((.....))))....))...((...(((((((((....)))))))))...))........)))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((.(((((............))))).)))..))((....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))))..))))...))).))))))))....))).....(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).)))))))((((.((((.((((.((((((.(....).))))))...))))...))))((...(((((((((....)))))))))...))...))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((..((((((.(((((((((((((((.(((((((.(((((...(((..))).((.((((.(((((((..))))((((..)).))..)))..(..(((((......).))))..)(((((((((..)).))))))).((((((((..)))))))))))).))...))))).))))........((((......)))).))).((((((.(((..)))))))).)....).))))))..)).))))).)((((.(((.(((((((((((........))))))).))))))).)))).)).))))(((((.(...))))))...((...))).)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................(.(....................(..).......).)........................................................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................(((...........(.(.........)..)(.(...)...).................................................((.(.....).))..............................................((.((...((((((.(....).))))))..))......)).(((.....................)))...............))).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...............(((.(((((............))))).)))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))............(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).))))))).....((((.((((.((((((.(....).))))))...))))...)))).....(((((((((....)))))))))..........))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((.(((((............))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))...(((......(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).))))))).....))).......((((((........))))))...................(((((((((....)))))))))..........))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((.........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((.(((((............))))).)))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))))...))).))))))))............(((((((..((.(((((((....))))))).)).((((......)))).)))))))..((((((((((((.((((((........))))))...))))..))))).....(((((((((....)))))))))..))).....))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......)))))...((((((((((.....))))))((((....))))........((((........((((...((.....))...)))).....((((.......)))).....((((((.......)))))).(((((((......)))))))....))))......)))).((((............(((((((....((((((.((....))))).))).((((......)))).)))))))((((.((((.((((.((((((........))))))...))))...)))).....(((((((((....)))))))))........)))).)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.......)))))...((((((((((.....))))))((((....))))........((((........(((.(((((.....))).))))).....((((.......)))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))......)))).((((............(((((((.....(((((((....)))))))....((((......)))).)))))))((((.((((.((((.((((((........))))))...))))...)))).....(((((((((....)))))))))........)))).)))).. |
