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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAAGGGCAAAGCGCCAGGUAACGCCUGGGGGACGUGAGUCCACGGAAAGUGCAACAGAAAGCAAACCGCCUAAGUUUUUCGCAAGAAAAGCCGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUCGGUGGUAACACUCGACGGCACGGUAAACCCCGCUCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGAACAAGUGGUCGUCUCUUCGGAGAUAGUCCGCACGCAUGGCCCAUGCAGGUUCCCGGGUAGGUCGCUUGAGGUCUGUGGUGACACAGAUCCCAGAGGAAUGAUUGUUCACGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...(((((((....))))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((.((((((((((((((....)))))).)))))..((((.]]]]))))))).)))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((...((((......(((((.....)))))..(((....)))...((....(((........)))..))(((...(((((((....))))))).)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))).((((((((((..((..((((((..((((.((((((....))))).).))))..(((((...)))))..))))))..)).)))).(((..((((((((....))))))))...)))......))))))......)).))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((.....))))).((((....))))........(((...............(((......((((....))))....)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...))).................................((((.....((....(((((...))))).))))))........................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((...(((((((..((((...(((((((((...))))))....)))..))))..)))...(((........)))....))))...)))))).......(((((((...((((.....((((((.......)))))).((((((.........)))))).........))))..((((.(((..((((......((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..)))))).....))))))))))).(((((.((((.(((..(((....))).....))))))).)))))..))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((...)))))).((((....))))................................(((((((....)))))))............................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.......((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((....((((((....))))))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..............................................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((............((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((....((((((....))))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).......((((......(((((((..............................((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))............................))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((................((((((...)))))).((((....)))).........((........))...........(((((((....)))))))...............((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...................((((..((((......((((((..((((.((((((....))))).).))))..(((((...)))))..)))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).).........................))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........((......((((((...)))))).((((....)))).........((.............(((((...((((..........)))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))..................(((..((((......((((((...............................(((((...)))))..)))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).)............))...........)))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((...(((((((....))))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))).)))).)...))..)))))))).))))...((((......((((((..((((.((((((....))))).).))))..((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((..((((......((((((...)))))).((((....))))..((....(((........)))..))(((...(((((((....))))))).)))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))).)))))...).....)))).))))))(((..((((......((((((..((((.((((((....))))).).)))).(((((((.)))))).))))))).....)))))))((.((((((((....)))))))).))...((((....)))).......).))))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((.......(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................((((((..(((............)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...............................((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))..]]]]......((((((...)))))).((((....)))).......((((............((((.....(((((((....)))))))))))..[[[[.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))).....]]]]......((((............((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..))))))((((..(((((((..((((((((....))))))))...)))((((....)))).))))...)))).)))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((..((((...(((((((((...))))))....)))..))))..)))...(((........))).((((((...(((((((....))))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...(((......)))((((.(((..((((......((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..)))))).....))))))))))).(((((.((((((((..(((....))).))..)).)))).))))).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((............((((((...)))))).((((....)))).........((........))......((...(((((((....))))))).))............((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..................)))))..((((......((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..)))))).....))))...((.((((((((....)))))))).)).........................))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.......(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((..(((((........)))))))))..)).)......(((((.......))))).(((((((((....))).))))).)..))).......)))))))))...(((......((((((....(((..........................(((...))))))).)))....)).))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((....((.....(((((((...)))))))((((....)))).........))................(((..((.((........)).)))))...(((((....((((((.(...).)))))).((((((((....)))).)))).............)))))))))..((.((......((((((............................(..(((((...)))))).)))))).(((.........(.((((((((....)))))))))...........(((((...))))).))).)))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..((((......((((((...)))))).((((....))))..((....(((........)))..))(((...(((((((....))))))).)))..(((......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..........))).)))))))))..((((......((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..)))))).....)))).(....((((((((....)))))))).....)........((((......))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........((((((((((...))))))(((.((((....))))....((((............((((.....(((((((....)))))))))))...........((((((.......)))))).((((((.........))))))))))......))))))).)))))..((((......((((((..((([[[[[.....((((.....)))))))(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..............((((]]]]].)))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...........(((.........(((..((((....)))).)))....(((........)))...(((((..(((((((....)))))))......)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))...........))))...((((......((((((..((((((((.....((((.....)))).....))))).)))....)))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.................(((....)))...((....(((.............((((((((................))))))..)).......((.(((.......))).))..((((..(....)...))))......)))...)))))).)))))....((................................................(((((..........))))).............((((((....))))))................................)).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........((((((....((((........))))..)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((..............................((((((...)))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((....((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((..............................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........((((((....((((........))))..)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((..............................((((((...)))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..(.......(........))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((....((((........))))..))....))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((..............................((((((...)))))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).......................(...).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...((((...((.(((((.....))))).((((....))))...................))..((((.....(((((((....)))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))).((((((((((..((..((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).)))........))))))......)).)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..((((......((((((...)))))).((((....))))........(((........)))....(((...(((((((....))))))).)))...(((.....((((((.(....)))))))(((((((((....))).))))).).......)))..)))))))))..((((......((((((..(((((.(((((....))))).).))))..(((((...)))))..)))))).....))))......(((((((([[[.)))))))).................]]]........))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((((..((((......((((((...)))))).((((....)))).......((((............((((((...(((((((....)))))))...............((((((.......)))))).....))))))...........))))..........)))))))))..((((......((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..............((((......))))..))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((.............(((((.....))))).((((....))))........................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))......................................................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((((....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))...............(((....((((........))))..)))..(((((....((.(((.......))).)).((((((((....))).))))).............))))))))))............((((((.(............................)((((.....))))..)))))))))............((((((((....))))))))))......................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...((((...((.(((((.....))))).((((....))))...................))..((((.....(((((((....)))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))).((((((((((..((..((((((..((((.((((((....))))).).))))..(((((...)))))..))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).)))........))))))......)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....(((((((.((..((((......(((((.....))))).((((....))))........(((........)))....))))..(((((((....))))))).))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))))))....((((..((..((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..))))))..)).)))).(((..((((((((....))))))))...)))......)).(((......)))......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((..((((......(((((.....))))).((((....))))..((...((((........((....(((((..(((((((....)))))))......)))))....((((((.......))))))))(((((((....))).)))).))))((....)))))))))))))(((.((......((((((..((((.((((((....))))).).))))..(((((...)))))..))))))((((..(((((((..((((((((....))))))))...)))((((....)))).))))...))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((..))...((((.((((((...)))))))).((...)((((..)))).((((........)))).....)...((((((((..)))))))).))...((((.....((((((((..)).))))))((((((((((..)))).))))).).......))))((((((((((((((((.((..((((((((.((((.(((((((..))))).)).)..)))(((((...))))).))))))))..))))))..(..)(((((((((..))))))).))((......)).)))))).))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................................(...)...........................................(....)..........((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................((.(..(..................).(.(...).)......(....(.(((...)))....(.)..((.........(...........(......)..).....(((((.(............).).))))........))..)....)...(..........................)...(.......(......))..).))......((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.............((((((...)))))).((((....))))................................(((((((....)))))))......((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))....(((((((.((((......((((((..((((.((((((....))))).).))))..(((((...)))))..)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))).)...).......))))).))...)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((..((((......((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((...(((((((....))))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..............)))))))))..((((......((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..)))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))........(((........))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...(((....((.(((((.....))))).((((....)))).......((((..............(((((..(((((((....)))))))......)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))).))....)))..(((((((((((((..((..((((((..((((..(((((....)))))...))))..(((((...)))))..))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).)))........)))))).)))..)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.........))))...((((((((.....))))).((((....))))........)))............((((........((((((.................)))))).((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))...((((....................)))).....((((..(((((....)))))...))))..((((.....))))......((((((..((((.....((((((((....))))))))......((((....)))).))))...)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((aaaaa....))))......(((((.....))))).((((....)))).......((((..............(((((....(((((....))))){{{{{{..)))))....((((((....<<<)))))).((((((((....))).)))))>>.>}}}...((((.}}}.......[[[[[....))))......]]]]].((((....))))......))))((((AAAAA))))......((((((..((((.....((((((((....))))))))......((((....)))).))))...)))))).... |
