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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGCGCAAGCCCACGACCAGUGCAACAGAGAGCAAACCGCCGAUGGCCCCCCCAAUAGAUUUCAGGUUGCAGCAAGGCAGCAAUCGCUUGAGUCCUCAGGAGCUUAGGUAACUAAGUGACUGGGGUGAAAGCGAGAAGCUAACGCAGCAGCGGCCUGAAAGAUGCAGGGGAUGUGGGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGUUCGUGGCACGGUAAACUCCACCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGUUCACCAGGUACGGUCCGUACUGAACCCGGGUAGGCUGCUUGAGCCAGUGAGCGAUUGCUGGCCUAGAUGAAUGACUGUCCACGACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((....))))))))))))))))))))))).)))))))).))))))))))))))))))))))))))....))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))..........................((((((.....................................................................................................................................))).)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))............................((((.....))))............................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.....(((((((((.((((((...)))))).((((....))))...))).((((.............(((((..((((((((((......(((((((((((.((..(((.....((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))...))....)))))))))))......))))....))).))))))..)).......((((((.......))))))))))(((((((((..(((((((((..(((.......)))..(((((..(((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..)))).)))))..)))))))))...........)))))).....))..)))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((..............................................................................................................................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((..((((..................................................................................................................................)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((((((((((((...)))))).((((....))))...(((.((((.............(((((.....(((((((..((..(((((((((((.((..(..(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))..)...)).)))))))))))..))..))))....)))....)))..)).......((((((.......)))))).....((((....)))).....)))))))......))))..((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............))))))......)).)))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(.....((((((....((((((...)))))).((((....)))).......((((.............(((((..((((((.(.........................................................................................................................).))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))))...............((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))))...........)))))).......).)))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..(((((.((((......(((((((((((.((..........((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...((....)).)).)))))))))))......)))).....)).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((((((((((((((...))))))(((((....)))).).(((.((((.((..........((((((((..(((((((..((..(((((((((((.((..(..(((..((((((..(.((((((..((((((....))))))..)))))))..))))))...)))..)...)).)))))))))))..))..))))....)))))).)))..)).......((((((.......))))))..(.(((((....)))))))).)))))))......))))..((((..((((..((..(((((((....((((((.)))))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))............))))))......)).)))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((..............((.((.......................................)........)................................((.((...............(............((..((((((....))))(((..........)).).......................(......(.........((....)).)....)........((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))).))))))..((((......(((((.....................))))).....))))......((((((((....))))))))............))................))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...............((((((.............(.(((((.(......).)...))))......).....................((.............(....(((....(...((((.........).)....).(..((........)).)................................((((.(((....................))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))))))((..((((......((((((...................)))))).....))))))....((((((((....)))))))).........)..)))))................))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]]..(((.((((((...)))))).((((....))))...))).((((............(((((((((..(((((((......(((((((((((........(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...))).........)))))))))))......))))....)))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))(((...((((.[[[))))....))).....]]]....(((.[[[[[)))..]]]]]........((((((((.....((((((((....))))))))............(((((...)))))....)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))...(((.((((..............((((..((((((((((..((..(((((((((((.((...(((((..((((((..(.((((((..((((((....))))))..)))))))..))))))...)))...)).)).)))))))))))..))..))))....))).)))......))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))..))))..)))))))(((((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))..)))).((((((((....))))))))............(((((...)))))..)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((((....(((((.....))))).((((....))))...........................((.....(((((((......(((((((((((.((.....(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))......)).)))))))))))......))))....)))....))............((((((.......)))))).....((((....))))........................((((..((((......(((((((...(([[[...))]]].))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............)))))).........)))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................(.......((((........((((((((...........(((...))..........................)...........)))).((......))..........(((.............(((.......................(((..((......)))))..)).).....((((((.......))))))((.((((((....)))).))))....))).......)))))))))...(((.......(((((....((((((...))))))).)))...)..))).....(.((((((((....))))))))).................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.............((.((((((...))))))................................))...))))....((.((...(...................((((((...)))))....)............((((....))))...................................((...................((......))))...(((((....((((((.(...).)))))).((((((((....))))).))).............))))))))....((((((....((((((....((((((...))))))))))))...))))))......((((((((....))))))))............((((.....))))..))........ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...((((..((((((((((...)))))).((((....))))........(((........)))...))))....))))((((..((..(((((((((((.((...(((((..((((((..(.((((((..((((((....))))))..)))))))..))))))...)))...)).)).)))))))))))..))..))))....))).........(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............(((((...)))))..)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...))))))...........(((((((((((((........)))..((((.....((((((((......(((((((((((.......[[[[[[[[[[[.....((((((..((((((....))))))..)))))).....(((.........)))....)))))))))))......))))................)))).....((((((.......))))))..))))))))).......)))))............)))))))))).((((.......(((((((....(((((...)))))))))))).....((((.....))))....]]]]]]]]]]]))))..........(((((...)))))...))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......(((..((((....(((.....((((.((((....))))....))))..................)))....)))).)))............(((((......)))))...............(((..((((((....))))))..))).......(((.....)))..(((.......((((((....((((.....))))...))))))....)))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((......)).....((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...........................)))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((..............((.............................................................((((...........((...........((((.......))))..............((((....))))...................................................................))...((((....((((((.......)))))).....((((....))))..................)))).))))...((((......(((((.....................))))).....))))))....((((((((....)))))))).............)))).......(....)....... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..(((....................................................................................................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..................(.(....)).....) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((..................................................................................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((..(((....................................................................................................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)..................(.(....)).....) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...(((.((((((..((((.(((...(((((((((((....))))...(((.((((......((((..(((((((.((((((((((..((..(((((((((((.((...(((((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))...)).)).)))))))))))..))..))))....))).)))..............((((((.......))))))...)))).)))....))))...)))))))........))))).))...)))......((((((....((((((...)))))))))))).))))..))))))..((((((((....))))))))....))).....(((((...)))))..)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((....(((......((((((((((...)))))).((((....))))...[[[.[[[[..............)))).....{{{((((......(((((((((((........(((..((((((..(.((((((..((((((....))))))..)))))))..))))))...))).........)))))))))))......)))).)))}}}.........(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))]]]]]]]......))))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))).(((((((((....)))))))).)..........(((((...)))))..)))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..............................................................................................................................................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(.((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((.....(((............(((((..((((..................................................................................................................................)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))....))))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))........................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...(((...(((.(((.(((((.....))))).((((....))))...)))..)))......(((((..(..((..(((((.((((..((..(((((((((((.((..(..(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))..)...)).)))))))))))..))..))))...........(.(..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))..).)..))))).....(((((((....(((((...)))))))))))).))..)..)))))..(((((..(....)..)))))....))).....(((((...)))))..)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....(((..((((......(((.(((.(((((.....))))).((((....))))...)))..)))......))))..((((((.....(((((((..((..(((((((((((.((...(((((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))...)).)).)))))))))))..))..))))....)))....)))...)))....))).(((((........)))))..(((..((((..(((((((((..(((...((((....))))....)))....((.(((..(((.(((.((((....)))).)))..)))..))).))...)))).)))))..))))..)))...........)).((.......))........... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((...(((....((((((.(.(((((((((.((((....))))....)))).))............(((((((.(.((((((((..((..(((((((((((.((..(..(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))..)...)).)))))))))))..))..))))((.((....)).))..)))).)...((((((.......))))))...)))).)))....)))).))))))((......)).)))))))).(((((......((((((....((((((...))))))))))))((((......((.(.(((((..(....)..)))))).))........(((((...))))).))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((.((........))((((((((((.(.(((((((((.(((...(((((...)))).)...................)).))))))))(..((..))..)........((((((((((((((.((..(((((((((((((((..)))))))))))))))...))(((.(((...)))...((..(.((((((...(((((.....)))))..))))))))).(((.((.((((((((..)).))))))(((.((((((..))))))))))))))......((((....))))..(((((.((..((((((((.(((((..)..))).).))))))))..)))))))((..))..))).))))))))))).)))..).)).))))))).))).....).)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........(....................)..)....((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................(.......)....(((...((...(((..........)))(((.........)).)........((..((....(((((......(..........)..)))))......))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....)).........)))))....((((....(.((((((....((((((...))))))))))))...).)))).((...((((((((....))))))))..))...................((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.............(((.((((((...)))))).((((....))))...)))............((((..(..((...((((.((((..((..(((((((((((.((..(..(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))..)...)).)))))))))))..))..))))................(((((....((((((.......))))))..(((.(((....)))..)))..............))))).......))))......(((((((....(((((...)))))))))))).))..)..))))...(((((..(....)..)))))...........................)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))))......((((((...)))))).((((....))))........(((........)))....(((.....(((((((......(((((((((((.((.....(((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))......)).)))))))))))......))))....)))....)))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))).((((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............(((((...)))))...))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...(((..(((((..((((.(((...(((((((((((....))))...(((.((((......((((..(((((((.((((((((((..((..(((((((..((.((...(((((..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...)))...)).)).))..)))))))..))..))))....))).)))..............((((((.......))))))...)))).)))....))))...)))))))........))))).))...)))......(((((((....(((((...)))))))))))).))))..)))))...(((((..(....)..)))))....))).....(((((...)))))..)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).)))..(((((.....))))).((((....))))..........................((((...((((................(((((......)))))..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))..................((((((....((((.....))))...))))))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))...((((....))))....(((.......)))......(((((.....)))))....((((((.((((.....)))).((((....))))................((((.....)))).))))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).((((.(((((.....))))).((((....))))...(((....................((((...((((................(((((......)))))..((((((....((((((..((((((....))))))..))))))...))))))...........{{{....((((((....((((.....))))...))))))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))...(((([[[[))))....<<<<.....((((((....(((((]]]..)))))))))))]}}}.<<<<)))..>>>>.((((....))))>>>>............((((.....)))).))))....... |
