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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGGUUGCUAACGGCAACCCGAGGCGACUCGCGGGAAAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCGCGGCGACUUCGUCGCUGCGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCGGGCUGGGCGACCAGCUCGGCUUGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGGUCAAAAGGGCAGGUUCGCCUGUCUGCGCAAGCGUUCGAGGGCGGCCCGCCCGAGCUUGCGGGUAGACCGCUAGAACCGGUCGGCAACGGCCGGUCCAGAUGGAUGGUCGCCACUGCGCGAGAGCGCGGUACAGAAUCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((...)))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......((((((.........(((....)))...((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((.(((((........(((((((((((..(((....))).))))))....(((....(((((.((........(((((((((((((...)))))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))))..)))))))))))))..((((....(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....)))).((...((((((((....))))))))..)).)))))..((...(((((((....)))))))...)).)))....... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.......)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.......................................))))))...............((((((((....))))))))................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((.......)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((.......................................)))))).....))))......((((((((....))))))))................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((..(((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))........................(((((((((((((...)))))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))..))))))))..)).)....(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))(((.(((((((.(.((((((((....)))))))).)....)).))))))))(((((((....)))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))))((((....))))..........................(((((((...........)))))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...........)))))))))..((((....(((((((....))))))).(((((((...(..((((.....))))).)))))))....))))......((((((((....))))))))..................(((((......)))))................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((.....))))))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((....(((((((....))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))..(.......)(...(....(...(((((((((((((...)))))))))))..))..)...)((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)....))))..))))))))..........(((((((....))))))).(((((((..((..((((((.)))))))))))))))(((.(((((((((.((((((((....)))))))).)...))).))))))))(((((((....))))))).......))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...................)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))...............((((.............................((.......)).....))))...............((((((((....))))))))................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.........(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((..(((((.....)))))..)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))))..((((......(..................(((((......(((((...)))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).........................................).)....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].((((.((((....)))).))))..((((.[[[.........))))...]]].....((((((((((((((...)))))))))))..[[[[[....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......]]]]].((((..........(((((((....))))))).[[[[[[[))))..(((((...)))))..]]]]]]](((.((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))(((((((....)))))))................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))........(((((.((.......((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))..))))))))..........(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))(((.((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))(((((((....))))))).......))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(({{(((((...(((...((.((((((.....))))))((((....))))........................(((((((((((((...)))))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........))...))))))))..))......(((((((....)))))))(([[[[)).......................]]]]...............((((((((....)))))))).................(((((((....))))))).......}}....... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((.............))))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((.(((((((........................(((((...))))).)))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).............................................).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((...(((...(((.((((((...)))))).((((....)))).......((((.........(..((((((((((...........)))))))..)).)......(((((.(...).))))).)..(((((((....))))))).)))).....)))...))))))).....((......(((((......(..................(((((...)))).)).)))))((((..(((....(.((((((((....))))))))).................................)))...))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))........(((((..........((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).))))).))))..))))))))..........(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))(((.((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))(((((((....))))))).......))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).....(((((((...)))))))...(((((((.((((.....((((..........(((((((((((((((...)))))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....(((..))).))))).......))))....((((((((..)))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))))))..))))....((((((((....))))))))(((..)))..)))))))(((((((....))))))).......))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.(((((...(((......(((((((...)))))))((((....))))........................(((((((((((.......)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...............))))))))..........((((.((.(((((....................))))))).))))......((((((.((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))..))).........))).)).............. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...........)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.......................((((((...)))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)................................(........)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.......................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...........)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.......................(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)...............(..............(........))...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((...........))))))...)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.......................(((((.....))))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)................................(........)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((.(((((((((((((.((((.((((((....)))).)).....))))...........((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..)))))))...))))))...(((((.((....((((.((..(((((...(((....))).....)))))..)))))))).))))).....((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))(((((((....)))))))...))..))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))........(((((.(........((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).))))))).))))..))))))))..........(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))(((.(((((((((.((((((((....)))))))))....))).))))))))(((((((....))))))).......))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).(((((((((((...)))))))...((((((..........((((...........(((((((((((((((...)))))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((....)))))))))))...((((((..(((((...(((((......)))))...)))))...((((((((....)))))))).....))))))))))))(((((((....))))))).....))))....... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.........((((....))))......................((((....))))..........................((((((((((.....))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....................................................((((((......(((((...)))))..))))))...............((((((((....))))))))..............................................))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).....................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...............................................................................(((...((....))...)))................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).....................................................((((.....((.(((.......))).))..(((((.((....)).))))).........)))))))))))))...((((......((((((.......................................)))))).....))))......((((((((....)))))))).........................................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.((((...(((((((((((...((((.((((((....)))).)).....)))).....((((.(((((((((((((((...)))))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((....)))))))((....))))))...))))).))))))...)))).)))..((((((((..((((((((....)))))))).....))).)))))...(((((((....)))))))......)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....(((((.(((((...(((..((((..(((((((.((((.((((((....)))).)).....))))...........((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..)))))))))))..))))))))..((((....(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....)))).((.((.(((((((....))))))))).)).)))))((...)).)).(((....)))(((........)))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.((((...(((((((((((..(((((.((((((....)))).)).....)))).....((((.(((((((((((((((...)))))))))))..(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).((....)).))))).......))))....(((((((....)))))))((....)))))))..))))))).))))...)))).)))..((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))(((((((....)))))))........)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((((.((........))..(((((((...)))))))(......)((.((((..))))(((((..(((((((((((((((((((((...)))))))))))..)))))))))))))))((..))((((.((.(((((.((((((.(((........))).).).))))))))))..).))))...(((((((((..))))))))).((.((.(((((.(..(((((.(((((..(..)))))))).)))).))))))))).))...(((((.(((((..)))))))))).(((((((((..)))))))))...).)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................((.....))(((..............................(......)...)))................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................((((.(..((((....))))....(...)(((..........(...............((.((.....))...)).......((((((.......))))))..((.....(....).....))...............)..))..)..(((.....(...((..........................(((((...)))))...))......).).)).((...((((((((....))))))))..)).....).))))......................((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((.................((((((.....))))))((((....))))..........................(((((((((((...)))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....................(((((.((....((((.....(((((...(((....))).....)))))....)))))).))))).....(((((.....((((((((....)))))))).........)))))...(((((((....))))))).......))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...(((..(((((((((((...)))))))((((....))))..........((...........((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))...))))..))))))))..((((....(((((((....))))))).(((((((......(((((...)))))..)))))))....))))......((((((((....))))))))(((......))).....(((((((....))))))).......))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.....(((.(((((((((((((.((((.((((((....)))).)).....))))...........((((((((((((((...)))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))..)))))))...))))))...(((((.((....((((.((..(((((...(((....))).....)))))..)))))))).))))).....((((((((..((((((((....)))))))).....))).))))))))(((((((....)))))))...))..))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))...((((((((.....))).((((((....)))..))).....)))))...((((.((((((((((((((.....))))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((....)))))))........))))..((((.....)))).((((.((((.....))))....((((((((....)))))..(((....))).)))....(((((((....))))))).........))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....))).((((.....(((.....((((.((((((((((((((.....))))))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((....))))))).[[[[[[[))))..((((.....))))..]]]]]]]))).(((((......(((((((....)))))))(((....))))))))...(((((((....)))))))......))))...... |
