RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00092

RNA: ASE_00092
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGAUGCCGUGGUGGAUAACGUCCACCGACCGCAAGGUUCGGGAAAGUGCAACAGAGAACAGACCGCCGAUCGCUGCGGGGCAACUCGCGGCGAGGUAAGGGUGAAACGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGCGGGUCGGGCGACCGACUCGGCUCGGCAAACCCCACGGGGAGCAAGGCCAAGCAGAGAGGAGACUUCGGGCGGCUUCGGUCACUCGGCGUCGCGGGGCGAUUCGUUCCGUUAUCACUCUCGGGUAGGCUGCCAGAGGCGGCGGGCAACCGUCGUCCUAGAGAAAUGAUCGUCGCGACGGCGCAGGCCGUCGGACAGAACCCGGCUUAC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..((((((((((....)))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((..(((((((((((((....))))))))))))).((((((.]]]]))))))......))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))......))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....((((((((..(((..((((..(((((((...)))))))..((....))....((....(((...............(((((((((((((((....))))))))))..............((((((.......))))))..((((((((....))))))))..)))))...(((....))).)))...)).....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).))).(((((((...)))))))......))))).))))..)))..((.((((((((....)))))))))).)))........(((.(((((((....))))))))))....)))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(((((((...)))))))((((....))))..((....(((...............(((....((.(((........))).))..)))....(((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))).....)))...))......................................................................................((((((........))))))................(.(..((((....))))..))................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.((.....(((((((.(((((((...)))))))(((((....(((((((....(((.............(((((..((((((((((....)))))))))))))..))..((...((((((.......))))))..((((((((....))))))))..)).)))...))).....)))).(((((..((.(((.......)))..))))))))))))...)))))))((((((((...)))))))).(((..((((.((((...))))..(((((((((....)))))).))).))))...))).(((.(((((((....)))))))))).)).))))).....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((............(((((((...)))))))((((....)))).....................................................................((((((.......))))))........................................))))).....................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((..((((((............)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))............((((((......................................................))))))...............((((((((....)))))))).....................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........(...............(((..((((((............)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....).......))))))))))..((((.....((((((......................................................)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((((...............((((((((...))))))))(((....))).........................(((((..((((((((((....)))))))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........((....))......((((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).)))((((((((...)))))))).....))))).....))))......((((((((....))))))))..............(((.(((((((....))))))))))....))))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((((((((............(((((((...)))))))((((....)))).........((.............(((((..........................)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))...........))))).................................................((((((.....))))))........................(.((((((((....)))))))))...........................................)))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))))((((....)))).(((...((((.............(((((..((((((((((....)))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))..)))))))))))))...((((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).)))(((((((.....))))))).....))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((....))))))).......))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((.....)...(..((((((((...))))))))(((....))).(................)......(((((..((((((((((....)))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..)....(((....)))))(..((((...(.((((((((((.(((((.(((....))).))))).)))(((((((((.)))))))))..)).))))).)...)))))..((.((((((((....))))))))))..........(((((.(((((((....)))))))))).)).))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....(.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((............(((((...((((((.........))).))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))......))))))))))............((((((................................(((((.....)))))....)).))))...........((.(.((((((((....))))))))).))........................................)))))))..
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...........((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......((((...........((((((....((((((........))))))..)))..).)).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))).....)))))))))(..((((.(...((((....((..(.(..(((....))).)..)..)..........................)))))...).))))).....((((((((....))))))))................................................)))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..[[[[....)))...]]]].....(((((((...)))))))....(((..[[[[.......)))......]]]]..((((((..((((((((((....)))))))))))))...........[[[[[)))......]]]]]..((((((((....))))))))(((.[[[...(((....))))))...]]].(((.(((((..(((.(((((.(((....))).))))).)))((((((((...)))))))).....)))))[[[[..)))......((((((((....))))))))..............(((.(((((((....))))))))))...]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((((((.(((((((...)))))))(((((.(((((((................))))...(((((..((((((((((....))))))))))..............((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((...(((....)))......))).)))...((((...)))).)))))))))))))...))))))).(((((((...)))))))..((((.((((.((((...))))..(((((((((....)))))).))).))))..)))).(((.(((((((....)))))))))).)).))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.......(((..((((((.....)))))).(((....)))...........................(((..((((((((((....)))))))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))...........))))...((((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).)))((((((((...)))))))).....))))).....))))......((((((((....))))))))..............(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((............((((........(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........(((((((.(..........((.....)).).))))..)).)......(((((.......))))).((.((.((((....)))).)))..).))).......))))))))....(((..((..((((..(................(((................((........))).).)))).))..)).))).....(.((((((((....)))))))))..............................................))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((...(((...(((.((((((...)))))).((((....)))).........(((...........(((((((..((((..(..........)))))))))...)))......(((((.(...).))))).(((((.((((....)))).))).)).)))..)))...))))))))...(((((.(..((((((......((......................((.....(...).....)))))).))).)..))))))..((((.((((((((....)))))))).)).))............(((((((....))))))).................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...))).((((.(((((((...))))))).(((....)))............................((..((((((((((....))))))))))......))......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...))))...(((....))).((...(((.....((((((.(((.(((((.(((....))).))))).)))((((((((...))))))))...).))))).....))).))..(.((((((((....))))))))).............(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........(((((((.(((((((...)))))))(((((....((((................))))...(((((..((((((((((....))))))))))..............((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((...((((..))))......))).)))...((((...)))).)))))...)))))...)))))))((((((((...)))))))).......)))))((((((((.....((((((((....))))))))..............(((.(((((((....))))))))))......))))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((.((((...)))).((((((....))).)))......................((((..((((((((((....))))))))))......))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....))))))))))))...(((......(((((..((...((((((((((((..............))))))....))).)))...)).)))))......)))......((((((((....))))))))..................(((((((....))))))).......))))))))..
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......(((....((((...(..).((((((((((.....))))).(((......)))..((....((((...........((((((..........................)))...))).....((((((.......))))))..(((..(((....)))..)))....))))...)))))))))))...))).......................................................................................((((((((....))))))))........................................(....).....).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(...((((((......................................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........................((.(....).)..).)
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(.........((((((..((((................)))))))...))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(.((((((......................................((((((...)))))).))))))..)..)))).(..(.((((((((....)))))))))..)....................................(....)......)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((..((((................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((......................................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........................((.(....).)..).)
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(.........((((((..((((................)))))))...))))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((......................................((((((...)))))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)....................................(....)......)
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((..((((................))))))....))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((.....((((((.......................................(((((...)))))..)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..................................(.(....)).....)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....((...((((((.((..........((((((....))).))).....(((....(((.....((((((..((((((((((....)))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).)))..))))))))..(((...(((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).))).(((..((...))..)))......))))).)))..))).))..(((((((((....)))))).))).)))........(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...)))(((((((((((((...))))))))(((....)))...........................(((..((((((((((....)))))))))))))...........((((((.(....))))))).(((((((((....)))))))).).)))))..(((....))).....((((.....((((((((((.(((((.(((....))).))))).)))((((((((...))))))))..)).))))).....))))...((.((((((((....))))))))))..........(((((.(((((((....)))))))))).)).))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((((((........((((((...............((((....))))..........................(((((((((((((((....))))))))))..............((((((.......))))))..((((((((....))))))))..))))).....)))))))))))..((((.......((((...)))).((((((((.....((((((....((((((((...))))))))........))))))))))))))...((((((((....)))))))).............(((((...)))))..)))).))))))..............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).............................................................................................(((...((....))...))).....................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.(..)...((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((...........((((((...(((((............))))).)))...))).....((((((.......))))))..(((((.((....)).)))))....))))...)))))))))))............((((((......................................................))))))...............((((((((....))))))))...........................................))))))))..
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....((...((((((.((..........((((((....)).)))).....(((....(((.....((((((..((((((((((....)))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).)))..))))))))..(((...(((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).))).(((((((...)))))))......))))).)))..))).))..(((((((((....)))))).))).)))........(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((.....((((((...))).)))..(((((((...)))))))..((....)))).(((....(((....(((.....((((((..((((((((((....)))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).)))...)))...((.(((...(((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).))).(((((((...)))))))......))))).)))..))).)).....((((((....)))))))))).(((......(((((.(((((((....)))))))))).))......)))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((...(((((((((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((....(((.....((((((..((((((((((....)))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))).)))...))))).((.(((...(((.....((((((((((.(((((.(((....))).))))).)))((((..((...))..))))..)).))))).)))..))).))...)))(((((....)))))))))).)))........(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((((..(((........)))((((((...))))))((((((..))))(((((........)))))...(((.((((((((((((((((((..))))))))))).....(((((((((((((((((..)).)))))).)..(((((..)))))..((((((((((((.(((((..)))))...).)))))))))))(((..))).((((.((((..)))).)))).....((((((((...)))))))))))))))))).))).))))).((.((((((((((..)))))))))).((..)).))...(((.(((((((...).)))))))))))).))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................(...).....(.....)....................................................(........).......((.......))...
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................(............((..((.....)....(.........).(......(..................(.((..(.........).)...)..)................................)....)..)..))....)..(.(....(............(...(.....)...)..).........)..).(....((((((((....))))))))...)............(............).......................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............((((((..............(((((....))).))........................(((..((((((((((....))))))))))..............((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).....)))))).......((((.....((((((((((.(((((.(((....))).))))).)))((((((((...))))))))..)).))))).....))))......((((((((....))))))))..............(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((............(((((((...))))))).(((....)))..(((....(((............((((((..((((((((((....)))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)))...)))....)))))..((((.....(((((..(((.(((((.(((....))).))))).))).(((((((...)))))))......))))).....))))....(.((((((((....))))))))).............(((.(((((((....))))))))))..............
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((..(((..((((..(((((((...))))))).(((....)))...((....(((...............(((((((((((((((....))))))))))..............((((((.......))))))..((((((((....))))))))..)))))...(((....))).)))...)).....((((((((((..((((.(((....))).))))..))).(((..((...))..)))...)).))))).))))..)))..((.((((((((....)))))))))).)))........(((.(((((((....))))))))))....))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..........))).(((..((((((.....)))))).(((....))).(((........................))).((((((((((....))))))))))......))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).((((..........)))).(((..((((((((...................)))).))))....((((..(((((((.....)))))))..(((.(((.((........))))).(((((((....)))))))..........))).)))).(((((((....)))))))...........)))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.....<<<<.))))...>>>>.(((.....))).((((((....))).))).......................(((..((((((((((....)))))))))).....((((.....((((((.......))))))...(((((((....))))))).((((...............))))..((((((((...(((.....))).[[[[)))).))))......]]]].((((((.....)))))).((((...{{{.)))).(((((..}}})))))((((....aaa)))).........AAA.....(((((((....)))))))......)))))))....

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