RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00096

RNA: ASE_00096
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCAACAUAGAGCAGUGUACUUCCUAACGGGAAGGUAUCCCGCCUUUGGCGGGAUAACAGACAGUGCCACAGAAAACAAACUACCCAUUCCCGAUUUUAUCGGGAGGGGAAAAGGUGAAAAGGUGAGGUAAGAGCUCACCGGUUUGAUGGUGACAUCAGGCGCAUGGUAAACCUUACGCGUUGAAAGGUCAAAUAAGUCACGAUCAUUCACUUGGUUAGCGGCUCGUUAAUUAAGUUGAUUCGUCAGCUUAGUCGUGACGGGUAGACUGAUUGAACCUGAUUGCGAAGUCAGGGCUAGAUAAAUGAUAAGGGCCCUGCCUUUGGCAGGGAACAGAACCGGCUUAU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))((((((((((...))))))))).)((...(((((............(((((..((((((((...)))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((......))))((((.]]]]))))((((((((((....)))))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((...))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((((.(((......(.(((.(((.(((((.....))))).(((((((((...)))))))))....))).))))...............(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))).((((.....(((((((...((((..(((((......)))))....((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).))))..))).))))...))))..))).)))))................(((((((...)))))))...........))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((...((((......))))..(((((((((..(((((((((((((...))))))))......(((((((.....((((..(((.(((.((((((((...)))))))))))....))).....((((((.......)))))).))))((((....)))).))))).))....)))))...))))...(((((((...((((..(((((......)))))....((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).))))..)))).)))...(((((((.(((((((..............))))))).)))).)))))))).....)))).....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((.............))))........................(((((((((((..........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((...................................................))))))...............((((((((....))))))))...................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((((((...)))))).(((((((((...)))))))))...........................(((.((((((((...)))))))))))............((((((.......)))))).((((((((....))))))))...........(.............).........(((((((...........(((((((...)))))))((((((((....)))))))).)))))))................(((((((....))))))).((..............))(((((((...)))))))................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.(((...................(((((.....)))))..(.................)............................((......................))............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........................((((........(.........................................................).......))))....(..(((((((....))))))).)..........................................))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((........((((((((((.....)))))..((((((((...))))))))...((...(((((...............(((..(((((((...)))))))))).............((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))..)))))))))))))...((((......((((((((..........((((((.....))))))((((((((....)))))))))))))))).....)))).......(((((((....)))))))...................(((((((...))))))).......)))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((..((........))..((((((...)))))).(((((((((...))))))))).........)))...............(((.((((((((...)))))))))))............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....(....)(((.........)))(((......((((((((..........(((((((...)))))))((((((((....)))))))))))))))).....)))........(((((((....))))))).((..............))(((((((...)))))))................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....(.((((.............(((((((((((...))))))...((((.........))))..................................(((((((...)))))))................((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((.....................................................)))))...............((((((((....))))))))...............))...........................)))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...))).(((.((((......)))).((((((...)))))).(((((((((...)))))))))......[[[)))...........]]].(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))).(((..((((.((((...........)))).)))).[[[[[[.)))((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).]]]]]].....((((....(((((.(((((((.........[[[[[))))))).))))).))))............]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..........(((.(((.((((((...)))))).(((((((((...)))))))))....))).)))................(((.((((((((...)))))))))))...((((((...((((((.......))))))....((((.(((((.....(((...((....))...))).((((....))))....))))).)))).)))))).(((((..((((((((((((((((((....))))))))))..))))))))...)))))....(((((((....)))))))...................(((((((...))))))).......)))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(({{..................(((((.....))))).(((((((((...)))))))))...........................(((.((((((((...)))))))))))............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........................))....[[[..((..............((((((..((((((((((((((((((....))))))))))..))))))))...))))))...(((((((..<<)))))))...................(((((((.>>))))))).......}}))))]]]
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........((((((((.(((((....)))....................))..(((......))).........(((...........(((((...(..(...(......).).)..))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....))))))))..).)))...................(((......(((((.(...........(..((................((........))))).))..))....)).))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))...........................)).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..........(((.(((.((((((...)))))).(((((((((...)))))))))....))).)))................(((.((((((((...)))))))))))....(((((...((((((.......))))))....((((.(((((.....(((...((....))...)))..(((....))).....))))).)))).))))).((((((..((((((((((((((((((....))))))))))..))))))))...))))))...(((((((....)))))))...................(((((((...))))))).......)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.........(((......((((((...)))))).(((((((((...))))))))).....((((...............((((((.((((((((...))))))))...............((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........(((((.........))))).......((((((((.....((((((((((((...))))))))))))...............))))))))))))))))))......(((((((....))))))))))................(((((((...))))))).......)))).....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((.............)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((..................................(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..........................((.(...).)..).)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((.............)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((..................................(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..........................((.(...).)..).)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((.....(((.(((.(((((.....))))).(((((((((...)))))))))....))).)))................(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))....))))..(((((((...((((..(((((......)))))....((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).))))..)))).)))..((((((((.(((((((..((.....))...))))))).))))).))).........)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((..........(((.(((.((((((...))))))((((((((((...))))))))).)..))).)))................(((.((((((((...)))))))))))...(((((((..((((((.(....)))))))....((((.(((((.....(((..............))).((((....))))....))))).)))))))))))((((((..((((((((((((((((((....))))))))))..))))))))...))))))...(((((((....)))))))...................(((((((...))))))).......)))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((......)))).((((((...)))))).(((((((((...)))))))))........)))).............((((..((((((((...))))))))...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..(((((..((((....((((...........(((((......)))))....((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).)))).......(((((((....)))))))........)))).))))).(((((((...))))))).........)))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((.............))))........................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...........................................................................................(((...((....))...)))...................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((...((((...(.(((.(((.(((((.....))))).(((((((((...)))))))))....))).))))...............(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))....))))...)).)..(((((((...((((((...(..((((((.((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).).)))))..).(((((((....)))))))........))))))..(..(((((((...)))))))..)......)))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....((...((((.....(((.(((.(((((.....))))).(((((((((...)))))))))....))).)))................(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))....))))...)).........((.((((((((((.((((((....((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).)))))).))))..)))))).))...(((((((..((.....))...)))))))..))).((.((........)).))....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((...((((...(.(((.(((.(((((.....))))).(((((((((...)))))))))....))).))))...............(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))....))))...)).)..(((((((...((((((...(..((((((.((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).).)))))..).(((((((....)))))))........))))))..(..(((((((...)))))))..)......)))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((........)((.((..((((((...)))))(((((((((((...)))))))))))..))).)).((((...(.(((.((((((..(((((((...)))))))))))).((((((((((((((((((..)).))))))((((((((((..))))))))).)..))))))))))((......)).((((.((.(((((((((.((......)).((((((...)))))).(((((((((..))))))))).))))))))).)))))).))))(((((((((....))))))))).)....)))).(..(.((((((((...)))))))).)..)))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................(.(......).)......................(.....)....(.).................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((...((((...(.(((.(((.((((((...))))))((((((((((...))))))))).)..))).))))...............(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))....))))...)).)...((((((...((((((...(..((((((.((((((((((((((((((....))))))))))..)))))))).).)))))..).(((((((....)))))))........))))))..(..(((((((...)))))))..)......)))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((...((((.....(((.(((.(((((.....))))).(((((((((...)))))))))....))).)))................(((.((((((((...)))))))))))..(((((.....((((((.......)))))).(..(((((....)))))..).........)))))....))))...))....(((((((...((((((...(..(((((..((((((((((((((((((....))))))))))..))))))))...)))))..).(((((((....)))))))........)))))).....(((((((...))))))).........)))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((......)))).(((((.....))))).((((((((.....))))))))........)))).............((((..((((((.......)))))).......))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....(((...((((.(((.((((....))))....((((((((((......))).((((.....))))..((((((((....)))))))).))))))).(((...........))).....)))...(((............))).)))).((((((.....))))))......))).......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((......)))).(((((.....))))).((((((((.....))))))))........)))).............((((..(((((((.....))))))).......))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....(((...((((.(((.((((....))))......{{{.((((...<<<))))(((([[[..))))..((((((((....))))))))(((]]]...>>>.)))........{{{{{{{))).}}}}}}}..............)))).((((((.....))))))......))).}}}...

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