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GGAGUCGGACGGAUCGUCGCCGCGGGGGCAACUCCGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCAAAGGGCAGAACGCUGGAUAACAUCCAGGGAGGGCAACCUCCGGACAGCGCCACAGAAAGCAAACCGCCCGGCCUCGGCCGGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGAUGCCGUGGUGACACGGCAUGCUCGGCAUACCCCGUUCGGAGCAAGACCAAAUAGGGAAGGCGGCCGGCCCGGCCGAAGCCUUCCGGGUAGGUUGCUUGAGGGUGUGGGCAACCGCACUCCUAGAGGAAUGACGGUCACACGCGGGCAACCGUGUGGACAGAACCCGGCUUACAGUCCGACUCCCGCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((....))))))))......................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))).....................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((....)))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....(((.((.(((((....))))).))............((((....))))....(((((((.....)))))(((((....)))))......)).......(((((.((((((((((.((((((((((...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........(((.(((.((.......)).))).)))..........)))))))))).)....)))))).))))))))..((((((((....))))))))..............(((.(((((((....)))))))))).......))).....)))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.(((((....))))).))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(.(((............(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))...(((((((....))))))).....)))...))))))))))))...((((......(((((((((((.....)))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((....))))))).......))))))))...)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....(((.((.(((((....))))).)).).......(((((((....))))....((((((((...))))))(((((....)))))......)).......(((((.((((((((((.((((((((((..((.......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...(...(((.(((.((.......)).))).)))......))).)))))))))).)....)))))).))))))))..((((((((....))))))))(....)......(.(((.(((((((....)))))))))).)...))))).....)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((.(((........))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((............)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................(((((....................)))))...............((((((((....))))))))..........))))))......................................)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.(((((....))))).)).)).(((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))........................(((.(((....))).)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))))))))(..((((......(((((((((((.....))))...))))))).....))))).....((((((((....)))))))).......................((....))............))))))))...)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........(((.(((((....))))).........[[[[.)))................((((((...))))))(((((....)))))]]]]...(((...........((((((((((....)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))[[[[)))............]]]]..((((......((((((((((((...)))))...)))))))..[[[[[[[[(((.(((((((((....)))))).))).))).......)))).(((((((....))))))).........]]]]]]]].)))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((.(((((....))))).))..))..))))..(((((.((.((.......((((((...))))))(((((....))))).....((..........))..((((((((((....)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)))).)).)))))............((((((((((((...)))))...)))))))..(((((((((((.(((((((((....)))))).))).)))........(((.(((((((....))))))))))......)))))))).)))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.(((((....))))).))........(((((((((.............(((((.....)))))(((((....)))))......................(((((((((..[[)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..................)))))....((......(((((((.(((.....)))]]..))))))).....))........((((((((....))))))))..............(((.(((((((....)))))))))).....))))......)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((....)))))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....))))........(((...........(((((((((......))))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((...(..((((((.(((((...)))))....))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((..((.((((((((....)))))))).))...))..(((((((...(((.....((((((((...)))))))((((....)))).......((((...........((((((((((....)))))))...)))....(((((((.(...).)))))))..(((((((....))))))).....))))......)))))))))...(((..((..((((((.(((((...)))))....))))))..)).)))........(((((((....))))))).............(((((.(..((((....))))..))))))...))........)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(.(..((.(((((....))))).))).)..((.(((((((((....(........((((((...))))))(((((....)))))......................(((((((((....)))))))...))......((((((.......))))))..((((((((....))))))))............).....)))).....((......((((((((((((...)))))...))))))).....))((.(((.(((((((((....)))))).))).))).)).....(((.(((((((....))))))))))....)))))))....)))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((......(((((((((.....((((((.......(((......((((((...))))))(((((....))))).......)))..............)))))))))).[[[[[[[...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).)))))....)))))..)))(((((.(((......((((((((((((...))))))...)))))).)))...)))))...((((((((....)))))))).........)))))))).(((((((....)))))))......]]]]]]].....)))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..((((....)))).(((((((((((...))))))(((((....)))))......................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).((((..((((......((((((((((((...)))))...))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..........))))))).(((((((....)))))))..................)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....(((((((((((.....)))))...))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....................((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((......))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((..((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..(((((((((((.....)))))...))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).....................(........)....).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....(((((((((((.....)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....................((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((......))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((..((.........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..(((((((((((.....)))))...))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).....................(........)....).)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((......))))))).(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((..((.........((.((((((....))))))...)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......(((((((((((.....)))))...)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).....................(........)....).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.((.((.(((((....))))))))).))(((.(((((.(((....(((......((((((...))))))(((((....))))).......))).....((((.(((((((((((.((((((((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))))....(((.((....((.....))....))..))))))))))))).)))....)))).)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))......(((.(((((((....))))))))))....))))))))...)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............(((((....))))).......(((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....))))).....................((((((((((....)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((((((((...)))))...)))))))..........(((.(((((((((....)))))).))).)))........(((.(((((((....))))))))))....))))))))...)))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........(((((((((....))))).........((((..((((....))))......((((((...))))))...))))...((((((((....................(((((((....)))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........))))).))))))))...((((.........((((((((.((((((..........)))))).))))))))..((((((((....)))))))).............)))).(((((((....))))))).........)))).....)))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((......................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............................((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.((.((.(((((....))))))))).))(((.(((((.(((....(((......((((((...))))))(((((....))))).......))).....((((((.(((((((((.((((((((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))))....(((.((....((.....))....))..))))))))))))).)))....)))).)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))......(((.(((((((....))))))))))....))))))))...)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((..(((((..((.((.(((((....))))).))..))..)))))...(((....(((......((((((...))))))(((((....))))).......))).....((((((.(((((((((.((((((((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))))....(((.((....((.....))....))..))))))))))))).)))....)))).)))))))).(((((((((....)))))).)))...))).)))).(((.(((((((....)))))))))).....)).((....((.....))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((.(((((....))))).))..))..))))..(((((....(((......((((((...))))))(((((....))))).......)))...(((........(((((((....)))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))))..))))))))(((.((......((((((((((((...)))))...)))))))((((..(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).)))....(((.(((((((....))))))))))...)))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...(.((.((.((((((..)))))))))))..(((.(((((((((.............(((((.....))))))))(((((((((((..)).((((((((((((.(((.((((((((((..)))))))).)).))))))))))))))).((..))..(((((((((((((..))))))))).)).))..((.(.((.((((...))))).)).)).(((((((..((..........)))))))))....))))))))).((((((((((..)))))))))).(((..)))...((((.((((((((..)))))))))))).).))))))))..))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....................................................................................................................................................................................................................................(((.(............................................................(...........).(((.(....).)))....................).))).)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((............................................................................................................................).................................((....)).....(.....((.(..........).))..)................((.....(())......))..............((...((((((((....))))))))..)).....))))))))...(((((....)))))....................)))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.((.((.(((((....))))))))).))(((.(((((.(((....(((......((((((...))))))(((((....))))).......))).....(((((.((((((((((.((((((((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))))....(((.((....((.....))....))..))))))))))))).)))....)))).)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))......(((.(((((((....))))))))))....))))))))...)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).(((...)))..(((((...(((.......((((((...))))))(((((....))))).......(((...........((((((((((....)))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))....)))....)))))..((((......((((((((((((...)))))...))))))).....)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))....))))))).(((((((....)))))))..................)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...((.((.((.(((((....))))))))).))(((.(((((.(((....(((......((((((...))))))(((((....))))).......))).....((((.(((((((((((.((((((((((..(((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........)))))....(((.((....((.....))....))..))))))))))))).)))....)))).)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))......(((.(((((((....))))))))))....))))))))...)))))))))).... |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((........(((((....))))).........))))).((((....))))....(((((((.....)))..(((((....)))))....)))).......((((.....(((((((....)))))))..((((.....((((((.......))))))....((((((....)))))).(((((.((.......))...))))).((((......(((((((((((.....))))...))))))).(((.....)))..(((((((((....)))))).)))...........)))).(((((((....)))))))......)))).))))....))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.(((.....)))....(((((....))))).........[[[[.))))))...]]]]....(((((((.....)))..(((((....)))))....)))).......((((.....(((((((....)))))))..((((.....((((((.......))))))....((((((....)))))).((((((((.......)).)).)))).((((............(((((..{{{))))).(((((...}}}.))))).....(((((((((....)))))).)))...........)))).(((((((....)))))))......)))).))))................. |
