RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00100

RNA: ASE_00100
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((.(((.........))).)))))((((((......))))))..........)))).((((((..((((((((...(((((((.....((((((...))))))((((((........)))))).((((((...(((....)))....)))...((((((......(((((((((...(((.....(((.(((((((..((((((((..((((((((((.........))))))))))...)))).))))..))))))).)))..))).))))))))).))))))..)))..))))))).((..((((((.........))))))...(((((((....(((((.....)))))..)))))))...))..))))))))....)))))).)))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((....((((.........(((((.................)))))........))))...................((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((......................................................................................................................................................................)))))))))))...................)))))(((((((.....................)))))))....................))....)))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((.................))))).((((........))))...........)))).((((((.(((((((((...(((((((.....((((((...)))))).......(((((((......((((.(....(((....)))...).))))..)))))))....(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(.....).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..............)))))))(((((.................)))))..(((((((.((.((((.......))))))))))))).......))))))))..).)))))).)))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.....................................................................(((((((................(((((.....)))))((((((....))))))(.(((..........................................................................................................................................................................))).)............................(((((((.....................)))))))........)))))))....))).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......((((..(.((((...........(((((((((........)))).))))).....((((.....))))..))))..)...))))......)))).......(((.........(((((((......((((......((.(((...))).))))))..)))))))....(((((((((..((.......(((.(((((((.(((((((((..((((((((((.........))))))))))...)))).))))).))))))).)))..))..)))))))))((((((......(((((..((((((((...............))))))))(((((((...(((((.....)))))...))))))).............)))))))))))...))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..(((.........))))))))((((((......))))).).........)))).((((((.(((((((((...(((((((...(.((((((...)))))).).....(((((((..(...((((.(..(.(((....))))..).))))).)))))))..(.(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(.....).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))).)............)))))))((((((((.......))....)))))).((((((((.((.(((((.....))))))))))))))...)...))))))))..).)))))).)))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((............................((((.................)))).........................................................((((((....)))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................)))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..[[[[.....)))).(((((.((((...((((......))))....)))).)))))....]]]].((((((..((((((((.....(((((..(((((((((...)))))(((((((....(((..........))).......((((......))))...((((((......(((((((((...(((.....(((.((((((...(((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).))))...)))))).)))..))).))))))))).))))))....)))))))....))))((((.....))))...)))))...(((((((....(((((.....)))))..))))))).......))))))))....))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..((.(((......))).))..(((.(((((((((((......))))).))).))).)))....((((((..((((((((.((((.((.....))((((((...))))))...)))).(((((.((.....))))).)).....((((((((.((......)))))))))).(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.((((((((((.((...)).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........)))))((((((((((.....))))....)))))).(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........................((((.[[[[.))))...]]]]................((((((..(((((((.....((((((.....((((((...))))))..................................................((((((......(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))).)))))).......)))))).(((((.................)))))..(((((((.((.((((.......)))))))))))))........)))))))....)))))).)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((.........(((((((........(((((.................)))))......).)))).))....(((((((...............(((((.....)))))(((((((..)))))))...........................................................((.....(((..............................(....................(((((........)))))).)))..)).............................................................(((((((.((................))))))))).......))))))).....)))....)).))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(.(((......))).)........((((((((((......))))).)))).).........((((((..((((((((....((((((.....((((((...))))))........(((((.((.....))))).)).....((((((((.((......)))))))))).(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.(.....).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..............))))))((((((((((.....))))....)))))).(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((.(((((...)))))...)))))((((((......))))))..........)))).((((((..((((((((.....(((((.....((((((...))))))(((((((..)))))))....((((.............[[[[[[[.)))).((((((......((((((((((((((.......)))))).....((((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))]]]]]]]((((....)))))))))))).)))))).......)))))(((((((((((.....))))....)))))))(((((((...((((((.....)))))).))))))).......))))))))....)))))).)))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.................)))))........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.(((..........(((..........................................................................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((.......................)))))).)).)...))))))).))))))....)))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.................)))))........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.(((..........(((..........................................................................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((.......................)))))).)).)...)))))))..)))))....)))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.(((......)))..........((((((((((......))))).))))).....)))).((((((..((((((((......(((((....(((((.....)))))....))).))(((((.(((.(((((((((..((((((..(((..((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.(((((..(((.((...)).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....)))..))))))..))))...)))))...))).)))))..........))))))))....))))))..))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....(((......))).........(((((((((((......))))).)))).))........((((((..((((((((....((((((.(...((((((...))))))((((....[[[[[.[[)))).]]]]].]].....((((((((.((......)))))))))).(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))).............)))))))((((((((((.....))))....)))))).(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).)))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...........((((............................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((....))))).....................................................................................................................................................................................))))..............................................................................)))....)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.((((.(((......)))..........((((((((((......))))).))))).....)))).((((((..((((((((......(((((..(.(((((.....))))).)..))).))(((((.(((.(((((((((..((((((..(((..((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....)))..))))))..))))...)))))...))).)))))..........))))))))....))))))..))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..((..(((((((...(((((.((((((.((((......)))).)).)))).))))).....((((((.((...(((((......))).))......(((((.....)))))...)).))).)))..)))))))..))....(((....)))....((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.((((((((((.((...)).))))))))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....))).((.(((((.((.(((((.....)))))))))))).......(((((.(((....)))..))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.....)).(((((.((((((.((((......)))).))).))).)))))....)))).((((((..((((((((.....(((((..((((((((.....))))(((((((..(((((.((.....))))).))..((((((......))))...((((((....(.(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).))))))))))))))))..)))))))))....))))((((.....))))...)))))...(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......))))))))....)))))).)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..).((((((..(((((((((((((..))(((((((((.((((..)))).)).))))......(((((...)))))((((((....)))).))......((((((...))))))((((((........)))))).....)))..)))((((((..))))))((((((((((...)))).))))))))))))))((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((........).)))))))))).)))))))).))).)))))))..........)))))...((((((.(...)(((((..(((((((.................))))))).(((((((((.((((...))))))).)..)))))....(........)))))))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.......................(..)..................................................).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.(((......)))..........(.((((((((......))))).)))..)....)))).((((((..((((((((...............((((((...))))))..............................................................(((((((((...(((.....(((.((((((((.(((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))...................................................((((((.((.(((((.....)))))))))))))........))))))))....)))))).)))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.(((......)))..........((((((((((......))))).))))).....)))).((((((..((((((((......(((((....(((((.....)))))....))).))(((((.((..(((((((((..((((((...((..((((((((((.((((...(((((((((...(((.....(((.(((((((((.((((((((.(((((..(((.(.....).)))..)))))..))))).)))))).)))))).)))..))).)))))))))..(((((........))))).)))).))))).....)))))....))...))))))..))))...)))))....)).)))))..........))))))))....)))))).)))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((..((((.((((.....))))...(((((((((((......))))).))).)))...((((.....))))....))))......(((......(((((.....)))))..........((((...((......))...)))).(((((((.((......)))))))))..(((((((((..(((.......))).((((((((.((((((((.((((((((((.........))))))))))..))))).)))))).))))).(((....))))))))))))..(((((........)))))..))).((((((.((....))))))))...(((((((.((.(((((.....)))))))))))))).......(((.............))).))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....bbbbb.)))).BB.BBB......(((((((((((......))))).))).)))....(((..<<<))).(((((((......(((((...(((((((.....)))).((((((....))))))........(((......(((({{{{{.))))......}}}}}....(((((((((((.....))).(((.aaaa..))).((((((...((((((((((.........)))))))))))))A..)))..((((.AAA..)))).......))))))))..[[[[[.)))....]]]]]..))).((((.....))))...)))))...(((((((.((.(((((.....))))))))))))))........)))))))......>>>.......

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