RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00102

RNA: ASE_00102
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GGAACGCGGGGAAACUCCUGGUCGCGCCUGAGCCGCUUUUUUGGUGGACAGGUGAGGAAAGUCCGGGCACCGCAGGGCAAGGAUGCCAGCUAACGGCUGGUCGGCGAGUCGAGCGCCCGCCUGAGCGCCGAGGGCAGGCGGAAAGCGGCGAAGCCGAAGGACAGUGCCACAGAAACCAGACCGCCACCCCACACAGGCCCCGGCGCGGGUGCGGGUGGUCAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGGUUCCCGGGAGACCGGGAGCGUCUGGUCAACCCCAUCCGGUGCAAGACCCGACCGUGCGGCGAGGGCGGCCCGCCCGUUUGAGCCGCCAGGAUGGUCGCUCGAGGCGUCCUGGCAACAGGCGUCCCAGACAGAUGAUCAGGCUGCCCUGGGGGAGACCCCGGAGCAGACAGAACCCGGCUUACCGUUUCCCCGUGCCAGCCACUGCCGCCCCCCGCGCCCGCCGCUGGGGGCGGU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((.((((((.((((((.....))))))))))))....{{{.{{{{{((((...[[[[..((((((((((.....)))))((((((((((((.((((((((((...........)))))))))))))))).))))).)((...(((((............((((((((((((((((((....))))))))).)))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....))))))))..)))))..)))))))))))))...((((.......(((((((((((.]]]]))))....)))))))......))))......(((((.(((....))))))))..........)))))))(((((((((((....)))))))))))......}}}}}}}}.).))))))))))..........(((((((((((((.....)))))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((((((...((((.....(((((...(((((.....)))))..)))))))))...))).....))))..((((.....(((((((...)))))))((((..(((..((..(((((((...........)))))))...)))))...))))........)))).......))..((((((..((......)).(((((((((((((((((.(((((((((...(((((.(((.....((..(((((((((((((....)))))))..))))))..(((......))))).....))))))))..(((.(((((((((....((((((....(((((((((...........)))))))))....((....))...))))))....))))))))).((((((((.((((............))))......))))))))..))).))).)))..))).))))))))))).))))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........(((((((.(((((((((............))))))))).............((((.........((((((((((.....))))).((((...............................................))))........................(((((((((((...................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((.((((....))))))))..........)))))))..............................................................................))).))))).......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(((((((((((.....(((.((((((..(((((.....))))).))))))..............................(((((((...)))))))......(((..............((((((.((((.(((((.......................................)))))...........))))))))))............(((.........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...)))...................)))........(((((..((((((.....))))))..)))))((((((.............))))))........................((.(.((((.((((((....)))))).)))).).))....))).....))))))))))))........(((((((((.(((.....))).)))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................(((..............(((((.....)))))..................................................................................((((((.........................))))))...........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)................)))((..((((.......(((((.....................)))))......))))))....(((((.(((....))))))))...............................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....((((((((..........((((((..((((.......)))).)))))).((.(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((..(((..((..(((((((...........)))))))...)))))...))))).((...(((((............((((((((((((.(..((....))..).))).)))))))..))......(((((((.......)))))).)((((((((....))))))))....)))..)))))))))))))...((((.......(((((..((((.....))))......)))))......))))......((((.((((....)))))))).................((((.((((((....)))))).))))......)))))))).)).))))))))......))....((((((((.(((.....))).)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((....(((((((((((..(((((.....))))).))))))...........((..........((....))((((((...))))))((((...(((..((((((((((..((((((.((((.(((((....((((...))))........................)))))..(.......)))))))))))))..)))((((((((((......(((((((.......)))))).)((((((((....)))))))).))))))).)))......)))))..)))))))((..(((((..((((((.....))))))..)))))..))(((.((......)))))((((....))))................((.(.((((.((((((....)))))).)))).).)).)))))))....))))))))))))).......(((((((((.(((.....))).)))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.((((((((((((((..(((((.....))))).))))))......(((.(((..(((((.((((....))))..........(((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((....((((...))))........................)))))...........))))))))))(((((.(((((((((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))))))))))))..)))))))))))))))...(((((...)))))..((((((.((((...)))).)))))).....((((....))))...))).)))...))))))))((((.((((((....)))))).)))).................))))))))))).........(((((((((.(((.....))).)))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......(((.(((.((.((...((.((((((((.(((...))).((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((....((((...))))..((......))............)))))...........))))))))))(((((.(((((((((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))))).))))))))))))))..)))))))))..((((((.((....)))).)))).(((((.((((...)))).))))).)))))))).)).....))))))).)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).........((....)))))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).)))))).........<<<((((((............((((((.....))))))((((...........(((((((.[[[[[[.[[[)))))))...........))))...................(((((..(((((((((......]]]]]]]]].{{)).)))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))).........}})))))).............(((((..((((((.....))))))..)))))................((((.((((....))))))))..........)))))))((((.((((((....)))))).)))).......>>>.......)))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.((((.((....(((((((((((((..(.(......))...)))))))............(((((.........(((((((((((...)))))))............................................(((.....))).........(((...........((((((((.(..............).)))))...........)).).....((((((.......)))))).(((..((((....)))).)))....))).......)))))))))...(((..(...((((((...(.((...)).).......))))))...).))).....(.(((((.(((....)))))))))........))))))).....)......................................))).........))......................))......)))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......((((..((........))..)...(((((((...))))))).........(..((.(.......((((((.((((.(((((....((((...))))..((......))............)))))...........)))))))))).((.(.(((.(.(((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))).)..)))).)).)((.....))....((..(((((..(((((...)))))......)))))......)).))..)..((((.((((....))))))))...)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).........((....)))))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.((((((((((((((.(((((....(((((((((...........))))).((((((..(((........((((((...))))))(((((..)))))(((((((((((...........)))))))..[[[[[[[[[[[[[.......)))).......(((((((.(((((((............{{{{{{{{...)))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))))))))))...)))....)))))).....))))....)))))..(((((...))))).........(((((((((.(((..)))..)))))))))..)))))))...........)))))))((((.((((((....)))))).))))........]]]]]]...))))))))))).........(((((((}}}}}}}}]]]]]]]..)))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........(((((((.((((((((..............))))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((...............................................)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((((.....))))).))))))..)).)))).(..(.((((.((((....)))))))))..).....))))))))...............................................................((.(....).)..).))).))))).......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((........(((((((.((((((((..............))))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((...............................................)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((.((((....)))))))))..).....))))))))...............................................................((.(....).)..).))).))))).......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......(((.(((...(((...((.((((((((.(((....(((((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((....((((...))))..((......))............)))))...........))))))))))(((((.(((((..((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))..)).)))))))))))))..)))))))))).)))))..(((((...)))))..((((((.(((.....))).)))))))))))))).)).....))).))).)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).........[[[[....)))))))))))..]]]]...(((((((((.(((.....))).)))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((.((((((((((((((..(((((.....))))).))))))......(((.(((..................((((((...))))))........................((((((.((((.(((((....((((...))))........................)))))...........))))))))))(((((.(((.(((((((.......((((((.(....)))))))..((((((((....)))))))).)))))))..))))))))(((.....))).......(((((..(((((...)))))......)))))..................((.((((....)))))).))).)))...))))))))((((.((((((....)))))).)))).................))))))))))).........(((((((((.(((.....))).)))))))))
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((............(((((((................................(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((...............................................)))).................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).............................................................(((....((....))...)))..........)))))))........................................................................((....))...)))).......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......(((.((((.((.....((.((((((((.(((....(((((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((....((((...))))..((......))............)))))...........))))))))))(((((.(((((..((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))..).))))))))))))))..)))))))))).)))))..(((((...)))))..((((((.(((.....))).)))))))))))))).))....)).).))).)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).................)))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......(((.((((.((.....((.((((((((.....((((((((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((....((((...))))..((......))............)))))....(.....)))))))))))(((((.(((((..((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))..)).)))))))))))))..)))))))))).))((((.((....)))))))))((((((.(((.....))).)))))))))))))).))....)).).))).)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).........((....)))))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((((((..((((.((.(((((............)))))))))))..(((((((.(((((((((((.((((((..)))((((((...))))))(((((..)))))....(((((((..(.((..))))))))))..((((((...........)))))).(...)((.((((((.((((((((((((............))))).)))))))...(((..)))((((((((..)).))))))..(((((((((..)))))))))))))))...))))))..)))))......(..)((.((((((((((((((.....)))))))))))).)))).((((.((....((((.(((((..)))))))))(...)((((.(...).)))).((.(((((..)))))))).).))))...)))))))))))))))))))))).)..))...(((((((((((((..)).))..)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((....)).....(...........................(.).........)..........(((.(.........).))).....((........)).............................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......(((.((((.((.....((.((((((((...........((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((.....((((..............))))............)))))...........))))))))))(((((.(((.(..((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))..)..)))))))))))))..))))))))).........((((.....))))...(((((.(((.....))).))))).)))))))).))....)).).))).)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).................)))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..(((((((((((.(((((((.((((((..(((((.....))))).))))))......(((.((((.((.....((.((((((((.(((....(((((((((...(((..(((((.......((((((.((((.(((((....((((...))))..((......))............)))))....(.....)))))))))))(((((.(((((..((((.......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).))))..).))))))))))))))..)))))))))).)))))..(((((...)))))..((((((..((.....))..)))))))))))))).))....)).).))).)))....)))))))((((.((((((....)))))).)))).................)))))))))))....))...(((((((((.(((.....))).)))))))))

---