|
|
|
GGAGUCGGACAGGUCGUCGUCGCGGGUCGCAAGACCCGGGGAGGAAAGUCCGGGCUUCACAGGGCAGGACGCUGGGUAACGCCCAGGGGGAGCGAUCUCCGGAGAGUGCCACAGAGAGCAGACCGCCCGCGUUCGCGCGGGUUAGGGUGAAACAGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGUUGCGGGUGGUGACAUCGCAAGCUAGGAAAACCCCGUCCGAAGCAAGACCAAAUAGGGGAGCGCCAAGGUCGGCCCGACCGAUGCUCCCGGGUAGGUUGCUUGAGGGUGCAGGUAACUGCACUCCUAGAGGAAUGACGACCCCCCGCGAGGGGACAGAACCCGGCUUAUCGUCCGACUCCCACU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((((((((....)))))))))....{{{.{{{{{((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))((((((((.((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((.]]]]))))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))((((....))))......}}}}}}}}.).))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.....(((((....))))).(((.(.....(((.(((((.....((((.....(((((.....)))))(((((....)))))......)))).....((....(((((((((.(((((.(......).)))))...((((((.......))))))....)))))))))....))..))))).)))...)))).(((.(((((..(((..((..(((((((....(((((...)))))..)))))))..)).)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))..)))))))((((....)))).................))))))))....)) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................((((((...)))))).((((....)))).((....(((...............(((.(((....))).)))..(((((.....((((((.......))))))...((((.(((....)))))))..............)))))...)))...))........((((((...(((((...)))))).)))))................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((....((((((....)))))).(((((....(((..((((....))))......((((((...))))))..)))....)))))...))..))).....((((.....(((((((....)))))))..((((......((((((.......))))))..(((((((.(((....(((....((((((..((((..((..(((((..(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....))))))))))))))((((....))))..)))))).....)))..))).))))))).........)))).))))...)))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((..((((((....)))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))).............................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((....))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..(((((.(((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((....)))))).))............(((((.............(((((.....))))).((((....)))).........................(((((((....)))))))............((((((.......))))))..(((((.(((....))))))))..................)))))..((((......((((((.....................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).............................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((...((((((....))))))...............(((......))).(((((((((((...)))))).........(((....))).................(((((((((....)))))))..))....(((.((((((.......)))))).)))((((.((....))))))...............))))).((((..((((......(((((((.(..(((((...)))))).))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).........))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((....)))))).))...............((.............((((((...)))))).((((....)))).......................((((((((......))))))..))........((((((.......)))))).(((((.((((....)))))))).)................))(((..((((......((((((.....(((((...)))))...)))))).....)))))))...((((((((....))))))))..........))))))).(((....)))..................)))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.........(.((((((....)))))).).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((.((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))((((((((.........)))))).)).))...)))))))))))))...((((......(((((((....((((.....))))..))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((....))))......)))))))).).)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((((((....)))))).).........(())((((....)))).(((((((((((...)))))).(((.(((.((((())))).))).............(((((((((....)))))))..))....(((.((((((.......)))))).)))((((.((....))))))............)))))))).((((..((((..((..(((((((.(..((((((.))))))).)))))))..)).)))))))).(((((((((....)))))))).)......)))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((......))))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((............)))............((((((.......))))))..(((((.(((....)))))))).............))))).................((((((......((.......))....))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................(.....).)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((.((((((....)))))).).............(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))........................(((.((.....))..)))..(((.......((((((.......))))))..(((((.(((....))))))))..........)))))))))))))....((......((((((...(.((((.....))))..))))))).....))......(.((((((((....)))))))))........)))))))..............................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............((((((....))))))..((((...[[[[...))))...]]]]......((((((...))))))((((.[[[[[))))......((((((.........((((((((((....)))))))...)))..(((.((((((.......)))))).)))....))))))..]]]]]..(((.(((...[[[[.)))..)))...........]]]]...(((..[[[[)))..]]]]((((...((((((.((((((((.(((((((((....)))))).))).)))......)))))((((....)))).....))))))..)))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((....)))))).))......((((..((((....)))).)))).((((((...))))))(((((....)))))......(((........))).((((((((((....)))))))...)))......((((((.......))))))...(((((.((....))))))).(((.(((........)))..)))..((((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))....)))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((...((((((....)))))).........((((...........[[[.)))).(((((.....)))))(((((....))))).......]]]..............(((((((....)))))))............((((((.......))))))..(((((.(((....))))))))...................(((((..(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).........))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((......))))))))............(((((........(((((((((((...))))))).(((....))).........(((...........(((((((((......))))))..)).).......(((((.......)))))...((((.((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((.....(((((...)))))...))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).(((....)))..................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((....)))))))))............(((((...(((..((((.((((((...))))))..(((....))).......((((............((((((((((....)))))))..)).)......((((((.(...).))))))...(((.((((....))))))).)))).....))))..))))))))...(((......((((((....((((((...)))))..))))))).....)))..((((.((((((((....)))))))))))).....)))))))))............................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.(.((((((....)))))).).......((((..((((....)))).)))).((((((...))))))(((((....)))))......(((........))).((((((((((....)))))))...)))......((((((.......))))))...((((.(((....))))))).....(((........))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))))))).(((((((((....)))))).))).......))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((..((((((....)))))).........((((..........)))).(((((((((((...))))))(((..((((((((..)))..(((........))).(((((((((((((((.[[[[[[...)))))...((((((.......))))))...))))))))))...)))))............)))))))).((((((.(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).)))...))))))..((((((((....))))))))........)))))))))((((....))))....]]]]]].......)))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((....)))))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))......(((........)))..(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..(((((.(((....)))))))).............))))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))....))))))).(((....)))..................)))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((.................................(((((.....(((.....(((((.....))))).((((....)))).......)))..............................(((..((((......((((((.......)))))).......((((....)))).............)))).))).)))))............................((((.............)))).....))....((((((((....))))))))..........))))))...................(...)......)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((......))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).)).....((((((.(...).)))))).((((((.(((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))..))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))............((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.((((((....)))))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((..((.........((((((((......))))))..)).)).....((((((.......))))))..(((((.((......))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((....((((((...))))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).............(........)....).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((......))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...(((((.((.........(((((((((....)))))))..)).)).....((((((.(...).)))))).((((((.(((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))............((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.((((((....)))))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))((...(((((.((.........((((((((......))))))..)).)).....((((((.......)))))).((((((.((......))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....((((((...))))))..))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....))))))))..(........(........)).....).)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((..((.........((.(((((......)))))...)).)).....((((((.......))))))..(((((.((......))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....((((((...))))))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))......))))))).............(........)....).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((....((((((....)))))).((.((....(((.(((.((((..((((.....(((((.....)))))(((((....)))))......))))............(((((((((....)))))))..))))))....((((((.......))))))..((((.((((....))))))))))).)))...)))).(((.((((((.(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).)))...)))))).(((((((((....)))))).)))...)))..)))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((...((((((....)))))).........((((..((((....)))).)))).((((((...))))))(((((....)))))......(((........))).((((((((((....)))))))...)))......((((((.(....)))))))..(((((.(((....))))))))....(((........))).((((..((((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))))))).(((((((((....)))))).))).......))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((..((((((....))))))................((((.((((...(((((..((((..(((((..(((((....)))))........................(((((((....)))))))..))))).....((((((.......))))))((((...((((....))))...))))......))))))))).......((((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))).)))).((((((((....))))))))...)))).)))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((........................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................(((.......((...............))..((.....((....))....))...........))).....))).............................................................(((...((....))...)))..........))))))).....................((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((((((....)))))).)).......(((..(((((.....(((.....(((((.....))))).((((....)))).......)))...................................(((((.....((((((.......))))))..(((((.(((....)))))))).............))))))))))......................(((((.....)))))........)))............((((((((....)))))))).........))))))))...............(....)........)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((....((((((....)))))).((.((....(((.(((((.....((((.....(((((.....)))))(((((....)))))......)))).....((....(((((((((.(((((.(......).)))))...((((((.......))))))....)))))))))....))..))))).)))...)))).(((.((((((.(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).)))...)))))).(((((((((....)))))).)))...)))..)))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.......(((((((.(((((....)))))((((.((...((((..((((....)))).)))).(((((.....)))))(((((....)))))........))......(((..((((((((((....)))))))...)))......((((((.......))))))...(((((.((....))))))).))).......)))).(((.((((((.(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).)))...)))))).(((((((((....)))))).)))...))).))))))).((((....)))).......))))))).((....))........ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((....((((((....))))))(((((.(..(..((((((..((..(((.((((.(((((.....)))))((((.((..(((..((......))..)))..))...(((((((((....)))))))...(((......((((((.......))))))..((((.((((....))))))))))).))....))))))))...((....((.....))...)))))...)).))))))..)..).)))))......(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).))))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((....(.((((((((((..)))))))).)))..(((.((((((..((((((..(..)).)))))..((((((.((((((....(((((.(........).)))))..(((((((((((((..))))))))..))))).(((.((((((((..)).)))))).)))((((((....(....((..))...)...).))))).(........).(.(..((((..(((((..)).)))))))..))..)))))))))).))(((((((.(((((((((..))))))).)).)))))))((.(..((((.(...)))))))).).))))))))).))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..............................................................................................................................................................................................................................................(((.............(.(...........(................)...)).................(...).............((.......))....).))..)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...(.....(..(.((....................................................................................................................).........).)..)........((...........(.(((....))))(.....(............................................)......).......))..........(.....)......................(((......))..).............)..................)))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((...((((((....))))))..........(((..(((......((((.....((((((...))))))....................))))..............(((((((....)))))))............((((((.......)))))).........((....)).....)))..)))........(((.(((((..(((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))))))).(((((((((....)))))).)))...))).))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((....)))))).)).(((...)))..(((((...((((.((...((((((...))))))(((((....)))))......(((........))).((((((((((....)))))))...)))......((((((.......))))))..(((((.(((....))))))))...........)).)))))))))..((((......(((((((....(((((...)))))..))))))).....)))).(((.(((((((((....)))))).))).)))....)))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((....((((((....)))))).((.((....(((..((.((((..((((.....(((((.....)))))(((((....)))))......))))............(((((((((....)))))))..))))))....((((((.......))))))..((((((.((....))))))))))..)))...)))).(((.(((((..(((..((..(((((((....(((((...)))))..)))))))..)).)))))))).(((((((((....)))))).)))...)))..)))))))((((....)))).................)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((..(((..((((((....)))))).........((((..(((......))).)))).(((((.....))))).....))).((((..............))))...)))).((((((....))))))...((((......((((((.......))))))..(((((.(((....)))))))).(((((....((((....................)))).(((((..((((.....))))...(((....))).)).)))......((((((....)))))).))))).............((((....)))).....))))........)))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((..((((((....))))))..((((....[[[...))))....((((.....(((((.....)))))..((((....))))]]]...))))..............(((((((....)))))))..((((......((((((.......))))))..(((((.(((....)))))))).........))))......((((((((((.......{{{{{{....)))).(((((.....}}}}}})))))...)))))).(((((((((....)))))).)))......)))))))))((((....)))).................)))))))))).... |
