|
|
|
GGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCCGAGAGACCAAACUUGCUGGGUAACGCCCAGUACAGGCGACUGUGAGGAUAGUGCCACAGAAACAUACCGCCUUUUUUUCAGUCAACAGUAAAAAAAAACUGAUAAUUGGAAAAGGUAAGGGUGCAAAGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGCAGUAUCGAGAGGUACUGGCUCGGUAAACCCCGGUUGGGAGCAAGGUCGAAGGAACAAUGGUUGGUCUUUUUCCAGUUCCGUUUUAGGUGAACCGCUAGAGACGUUUGGUAACAGCCAUCCCAGAUAGAUAACUACCCCCAAUAAGACGUAGUAUACUAUGUCUUUAACUGGGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((.[[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..((((((((((((((............)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....(((((..((((.]]]]]]].)))))))))...........)))......((((((((....)))))))).................(((((((((((((((....)))))))))..)))))).......)))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................(((((.....)))))(((((....))))).......((((...............................(.(........................).)...(((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))).))))................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......)))..((((((((...(((.....((((((((...)))))))).(((((.(((((..........)))))........))))).(((((((((...((((........))))...))))))))))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..))))...)))))))).((((((..(((((..(((...........))))))))(((((.(((.....((((((....))))))....))).((((((.(((....)))........(((((((((....)))))))))...))))))..))))).)))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((...........((((((((...))))))))(((....)))..........................(((((((((..............................)))))))))...........((((((.......))))))....................................))))))))................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((..............................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).)))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))...............)).................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((...................((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((((..............................)))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..........................(((.......((((((...................))))))......)))......((((((((....))))))))............................................................))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(..((((((.............((((((((...)))))))).......(((((..........))))).......(((((((((..(((((...((((........))))...))))))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)......(((((..(((...........))))))))(((((.((.......)).)))))....(((....)))..........................(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.((..((((((..............(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((......................................)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)).)...(((((...((...........)).)))))..................(.((.(.(((....))).).)).)...............((................................))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((.........(((.(((((((.....))))).((((....))))..((...(((((...........((((((((...(((((...............)))))........))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))..........(((((..(((...........))))))))....................((.(((.......)))..))................(((....((((((((......)))))))).....))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((......(.((..(((((((..........(.((((((((...))))))))..)....(((((.(.......))))))...(((.(((((((((..(((((.(.((((........)))).).))))))))))))..)))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((......))...)))))))..)).)...(((((..(((...........))))))))(((((.(((.....))).)))))...((((....)))).................))))....((((((((((()))))))))))...(((((.......))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((..............(((......(((((((...)))))).((((....)))).........................((((........................................))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))).................((((...((((......).))).)))).....................((((((((....))))))))...............................................................))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((..............((((((.....))))))((((....)))).........................(((((......................................)))))..(((......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)........))).....))))))..........................................................((((((((....)))))))).............................................................))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....[[[....)))))....]]]...(((((((((((...)))))))).......[[[[[.....)))..]]]]].....(((.((((((((((((((...((((........))))...))))))))....)))))).....[[[[[[)))....]]]]]]..(((((((....)))))))..(((.....[[[)))..]]]............(((((..(((...[[[[[[..))))))))......((((...))))]]]]]]((((((....[[[[...))))))...........((((..(((((((((....)))))))))....))))..........]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........((..((((((((...........((((((((...))))))))..(((.(((((....)))))))).........((((((((((..((((((...((((........))))...))))))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))).)).(((......))).))))))))..))((...(((....((((((........((((...((((((.((((...)))).)))))).))))...)))))))))..))(((....))).))))....((((((((....)))))))).((((((((.......))))).))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........((..(((((((.............(((((((...)))))))..(([[..))...........]]..............(((((..(((((((...((((........))))...))))))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).................)))))))..)).............((.(((.......((((...((((((.(((.....))).)))))).))))......))).))...............))))...(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((..........((.(((((((((...))))))).(((....)))..........(((..........((((((......(((...............((..........)).))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((..((....(((..((.......))........).).)..)).))).....(.((((((((....))))))))).................................................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(............(((((((....(((.......((((((...)))))).((((....))))..........................(((((((..((((...((()))......)))).....).).)))))...((((.....((((((.(...).))))))(((((((((....))))))).))......)))).))))))))))...((....((.((..((((.........)))).))))...........))..(..(.((((((((....)))))))).).)..............(((((((((((......))....)))))))..))........)))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........((..((((((((...........((((((((...))))))))..(((.(((((....)))))))).........(((((((((..(((((((...((((........))))...))))))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).(((......))).))))))))..)).(....).........(((.(.....((((...((((((.((((...)))).)))))).)))).....)))).......(((....))).))))...(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......[[[[[))))).....(((((((.((((((((...)))))))).(((((.(((((..........)))))........)))))((((((((((...((((........))))...))))))))))....((((.....((((((.......)))))).....(((((((.........))))))).))))(((((.(((((((((((((...........))))))))......)))))..........)))))........)))))))........((((((...................((((((((((..))))))))))...))))))......]]]]].... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((...)))(((((...((((((((.((((.((((((.....))))))((((....)))).......(((((.............((((..((((((((...((((........))))...))))))))))))...)))))...((.(((.......))).))..(((((((....)))))))...(((......))).((((........)))).........))))))))))))...))).))...((((........)))).((.((.((....))))..))...............(((.....(((((((((....))))))))).....))).......)))...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(....((((((...(((((......)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).....................................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((....................................))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))))..)))))))).)))))..((((......((((((...(((((......))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....)).......................................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((((.....((((((...(((((......)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....)).....................................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(........(((((((((....................................))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))))..)))))))).)))))..((((......((((((...(((((......))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).....)).......................................((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((........((((((((....................................))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))...))))))))).)))))..((((......((((((...(((((......))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))...........)).......................................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((......[[[[[)))))....((((....(((((((((..(((((......(((.(((((....)))))))).............((((..((((((((...((((........))))...))))))))))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))))))..(((....))).....))))..........((((((........((((...((((((.((((...)))).)))))).))))...))))))((((((.(((....)))........(((((((((....)))))))))...))))))......]]]]].... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((............((((((((...........((((((((...))))))))..(((.(((((....)))))))).........(((((((((..(((((((...((((........))))...))))))))))))...))))....((((((.(....))))))).((((((((....))))))).)((((......))))))))))))....................(((.......((((...((((((.((((...)))).)))))).))))......))).......(((....))).))))...(((((((((....)))))))))((((((((.......))))).))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((............((((((((....((((...((((((((...)))))))).(((((.(((((..........)))))........))))).............((((........))))....)))).........((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))...))))))))...............(((((((........((((...((((((.((((...)))).)))))).))))...))))))).................))))...(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))...........................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))...........................................................(((...((....))...)))...............)).................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((..........(((..((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........(((((..((((..............................))))..)))..)).......((.(((.......))).))..(((((((....)))))))....))))....)).))).)))))..(((.......((((((...................))))))......))).((.(.((((((((....))))))))).)).........................................................))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((...(.((..((((((....((((.....(((((((.....)))))))..(((.(((((....)))))))).........((((((((((((((((((...((((........))))...)))))))))...))))..((...((((((.......))))))..(((((((....))))))))).)))))......))))))))))..)).)...((....(((((((........((((...((((((.((((...)))).)))))).))))...))))))).))..........)).))))....(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((...))).((((...((((((((((.((((((.((((...((...(((((....))))).))....))))...........(((((.((((((((((...((((........))))...))))))))))....((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))).)).))).)))))).((....)).......)))))))))).((((...((((((.((((...)))).)))))).))))....))))...................))).((..((((((((....))))))))))..(((((.......))))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((.....))((((((.(....)(((.....(((((((.....)))))))..(((.(((((....))))))))...........((((((((((((((((...((((........))))...))))))))).(((....))).))))))))))..))))))((((((((((((....))))))).)).)))...))))(((((((..(..(.((....)).)..((((((........((((...((((((.((((...)))).)))))).))))...))))))((((((.(((....)))........(((((((((....)))))))))...))))))...)..))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((...((..))......((((((((((...))))))..))))...((((..((.((((..(((((((((..(((((((((((..((((((.((((.((..)).)))).))))))))))))))..)))......((((((((..)).))))))((((((((((..)))))))).)).((....))((((........)))).....(((((..(((.(........))))))))))))))).)))((((.......).)))(((((..)))))..(......)...))))))((((((((((((.((....)).))))))..)))))).))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................................................................(....(...)..).........(.........)....((................))......((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................(((((...........((......))......(.(...))................................((.(..............).)).....)..........(.)..............((...((...(((....)))...))..)).(...(........((..............................))....).)..))...)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.((..(((((((............((((((((...))))))))..(((.(((((....)))))))).............(((((..(((((((...((((........))))...))))))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).................)))))))..)).)..........((((((........((((...((((((.(((.....))).)))))).))))...)))))).........................(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((...)))..((((((((............(((((((...))))))).(((....)))...((......)).........((((((((((..((((((...((((........))))...))))))))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).)))))))).........(((((..(((...........)))))))).........................(((....)))......................((((..(((((((((....)))))))))....)))).......)))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........(((((...(((((..(((.....(((((((.....)))))))..(((.(((((....)))))))).............((((((..((((((...((((........))))...))))))))))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))))).))))).....)))))((((((......((....))....((((((........((((...(((((..((((...))))..))))).))))...))))))))))))............))))...(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........)))))......((((....((((((.....)))))).(((....))).(((((.((.((..............))))..)))))......((((........))))....)))).........(((((....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).(((((......(((.........))).(((.......)))....((((((.((....))....))))))...(((....))).)))))..........))))).....(((((((((....)))))))))...(((((.......))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........)))))......((((....((((((.....))))))...(((.(((((....))))))))...((((......{{{{{{.))))......((((........))))....)))).}}}}}}..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))[[[(((......)))..(((((......((((.aaaa.aa...))))...AAAAAA.....((((...(((.....)))<<.)))).>>(((....))).)))))...........)))).....(((((((((....))))))))).....(((.......)))]]]... |
