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GAAGCUGACCAGACAGUCGCCGCUUCGUCGUCGUCCUCCUUCGGGGGGAGACGGGCGGAGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAAGGUGCCAGGUAACGCCUGGGGGGUGUCACGACCCACGACCAGUGCAACAGAGAGCAAACCGCCGAUGGCCCGCGCAAGCGGGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGUCCGCGGCACGGUAAACUCCACCCGGAGCAAGGCCAAAUAGGGGUUCAUAAGGUACGGCCCGUACUGAACCCGGGUAGGCUGCUUGAGCCAGUGAGCGAUUGCUGGCCUAGAUGAAUGACUGUCCACGACAGAACCCGGCUUAUCGGUCAGUUUCACCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((...)))))))))))).))))))))..............................((((((...)))))).((((......))))..................................................................((((((.......))))))....................................................................................................................................)))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((..........................))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((......))))........................(((((..((((((.........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((..........................)))))))))............(((((........((((((((((.....))))).((((......))))..........................(((..((((((.........)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(((((((.((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).))...........((.................((((((...)))))).((((......))))........................(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...................((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...........................)))))))..)))))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((((((((.(((((......)))))))).))))))).))....(((.(((((.......(((((.....((((((...)))))).((((......)))).......((((.............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))))...............((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))))............))))).........))))))))...)))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........((.((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).))....(((.(((((((((.........(((((((((.....)))))((((........))).)((...((((.............(((((..((((((((....))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..)))))))).))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).).)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.(((((((.((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).)).(((.(((((((((((....))))..((..((((((...)))))).((((......))))....))...((........))...(((((..((((((((....))))).))))))..))(((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))((((..((((..((..(((((((....((((((.)))))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))..........)))).)))...........)))))..)))))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..........(.((((((......((..........))......))))))....)..(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((......))))..........................(((.....((..........))....)))..(((......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..........)))))))))))))..((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))...........................)))))))...)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((....[[[.((((((((((.((((((....))))))))).))))))).........)))..]]].......(((.[[[[))).......]]]]..(((..[[[....)))..]]]..((((............((((((..((((((((....))))).))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))(((...((((.[[[))))....))).....]]]........((((((...)))))).......(((((((((.....((((((((....))))))))............(((((...)))))....))))))))))))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).))........((((..................(((((.....))))).((((......)))).......((((...............(((.....(((((....)))))....)))..{{{{.....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))..........}}}}..(((..((((......(((((((...(([[[...))]]].))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))...))))......)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((...((.................))....))))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((......)))).........(((...........((((((((...................)))))..)).)......(((((.......))))).(((((((((....)))).))))..).))).......)))))))))...(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(((((((.(.(((.................)))...)))))))).))...))))...((((........((((.((((((...))))))..(((......)))..(((...((((.........(..((((((...(((((((....))))).)).)))...)))......(((((.(...).))))).).(((((((....)))).))).)))).......)))))))))))..((.((.......(((((..(..(((((...)))))))))))..(((......((.(.((((((((....))))))))).))........(((((...))))).))).))))....)))))))))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((.(((((..(((((((..)))))))..((((((....((((......[[[[[))))....((((...))))......))))))..((((......)))))))))..((((...............(((...)))..))))))))))..(((((((.(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))........(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))))((((((((....)))))))).........))))))))..........]]]]]......)))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.(((((((.....(((((....))))).....))))))).)).......((((((..((.........))..((((((...)))))).((((......)))).......................(((((((((..(((((....)))))))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((......)).))))))((..((((......(((((((...((......))....))))))).....))))))....((((((((....))))))))............(((((...))))).............)))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((........................................)).)).(((.(((((((((........((((((((((.....)))))........................................................................((((.....((((((.......))))))...((((((....)))).))...........))))))))))))))..((((..((..(((((.....................)))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))........................)))))))...)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((............................))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((......)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).......(.......).....)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((............................))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((......)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((............................))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((......)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.............)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))..(....(....)).......)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((............................))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((......)))).)((...(((((.((.........((.((..((((.............))))))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........))))))).....(.(....).)......)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...(((((.((.((((((((((.((((((....))))))))))).))))).)).......((((((.((....((((...(((((.......((((((.((((......))))....)))).))......((((...(((((..((((((((....))))).))).((..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))...))..)))......)).))))....))))).)))).....)).))))))..)))))..((((((.((.(((....))).))............(((((...))))).....))))))..)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((.........((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).......(((.((((((((....))).......((((((...)))))).(((((...).))))...(((.((((........)))....(((..((((((((....))))).))))))..[[[[.....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...)))).......]]]].((((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............(((((...)))))..)))))))).)))))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((....((((((....((((((....))))))..((((.((((..........(((((((.......((((...)))).......)))))))((((......)))).......((((..............((((.....(((((....)))))..........))))....((((((.......))))))....(((((....)))))....))))......)))).)))).....((((((.....((((((....((((((...)))))))))))).....((((.....)))).............)))))).))))))...(((((...)))))....)))))....)))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((..............................................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((......)))).........................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((..........................)))))).)).((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((......)))).........................................................((((.....((((((.......)))))).((((.(((....)))..)))).........))))))))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((((((((.((((((....))))))))).))))))).))..))..))).(((.((....((((...(((((.......((((((.((((......))))....)))).))......((((...((...(((..(((((....)))))))).(((....((....(((((.(((...(.((..(((((.(((((....))))))))))..)).)..))).)))))...))...))).....)).))))....))))).)))).....)).))).(((((((((((.(.(((((..(....)..)))))).))........(((((...)))))....))))))))))))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((.(((..((.((.((((((((((.((((((....))))))))).))))))).))..))..))).))(((((....(((..(((.(((((.....))))).((((......))))...)))..(((........)))....)))..((((((((....))))).))).....(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))...(((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))).)))).(((((((((....))))))).))...((((...(((((...))))).....((((....))))...))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((((((((.((((((....))))))))))).))))).))..))..)))...(((((....(((..(((.(((((.....))))).((((......))))...)))..(((........)))....)))..((((((((....))))).))).....(((((....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...........)))))))))).(((((......((((((....((((((...))))))))))))((((......((.(.(((((..(....)..)))))).))........(((((...))))).)))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.((.((((((((((.(((((((..))))))))))).))))))))))...(((.((((((..((..((((((..........)).))))((((((.(((..))))).)..)))((((........))))((((((..(((((((((..))))))).)))))..)))))((.(((((((((..)).)))))).)...))(((..(((((((.(..((.((....((((....))))(((((((.((..((((((((((((((..)..))))).))))))))..)))))..))))(((((((........))))))).)).)))).)))))))))((..))).))))))))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..................................................................................................................................................................................................................................................................................((..........(...)...........(........)......................................................))...)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((.....((((((.(((((............................))))).)).(((...)))..(((((.........((((((((((...)))))).((((......))))..((....(((..((.........((.((..((.....()..........))))...)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...)))...)))))).)))))..((((....(.((((((.........(...).....))))))...).)))).((...((((((((....))))))))..)).....)))).........................))))))).)).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((.((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).)).....((.(((((.............(((.((((((...)))))).((((......))))...)))..........................(((((((....))))).))................................(((((.(((((....))))))))))..................................((((((.....(((((...))))).))))))...............(((((..(....)..)))))............(((((...)))))..)))))))....)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((((((.((((((....)))))))))).)))))).)).(((...)))..(((((...(((.......((((((...)))))).((((......))))........(((........))).((((((.....(((((....)))))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((......)).))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))..((........)).......)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((((((((.((((((....))))))))).))))))).)).)).(((.(((((..((((..(((..(((.(((((.....))))).((((......))))...)))..(((........)))....))).))))(((((....))))).(((..((.(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).(((((..(((..((..(((((((....(((((...))))))))))))..)).))))))))..(((((..(....)..))))).))..)))....(((((...)))))..))))))))...)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((......)))).(((......(((((.(((((......)))))))))).((((...........)))).((((....))))..))).(((((.....))))).((((......)))).......((((..............((((.....(((((....)))))..........))))....((((((.......))))))..(((((((....))).)))).))))......((((....))))..(((((......(((((((((.((.....))..)).))))))).....((((.....)))).((((....)))).)))))...((((...((((.....)))).....((((....))))...))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((......)))...))))).(((((.((((((....))))))))))).((((...........)))).((((....))))..(((.(((((.....))))).((((......)))).................(((((....((((....(((((....))))).........[[[[.....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...))))...((((]]]]))))....(((.......)))......((((..{{{{{)))).....}}}}}....)))))..((((((((....))))))))......((((..((((.....)))).....((((....)))).)))).))). |
