RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00108

RNA: ASE_00108
Rfam family: RNaseP_nuc

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CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((....((((.........(((((.......))))).....))))...................((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((............................................................................................)))))))))))......................)))))(((((((......)))))))....................))....)))).
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................(((.......))).................(((((((.................((((.....)))).(((((......)))))(((((................................................................................................)))))...............................(((((((......)))))))........)))))))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..((...((.((((((..(.(((..(((((((((......((.((((.....((((.....(((((.......(((((.....)))))((((((....))))))....)))))))))..)))))).(((...))))))))))))...))).)...)))))).))...))....))).)).)..))))))))((....((((((((....(((((.((((((....))))))...)))))..((((((........)))))).............))))).)))......)).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((((......).))))....((.((((((....).)))))..))...(((((((.((((((((...((..........(((((.....)))))((((((....))))))((((((((((((...(((((.()...((((((.((((((.((.((.((.((((......)))))).)))).))))).))))))))))))..))))..).)))))))(((((((((((....))))))..)))))...(((((((......)))))))..))...))))))))..)))))))..)))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((............................(((((.......))))).....................................................((((((....))))))........................................................................................................................................................................................))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....[[[...))))....]]]..(((..[[[[[)))....]]]]].......(((((((.((((((((.(((.((((......(((((.....)))))((((((....))))))((((((((((........)))((((..((((((((((((.....(((..((((......))))...)))..)))).))))))))..)))).........))))))))))).((((((....)))))).....)))..(((((((......))))))).......))))))))..))))))).......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....(((......)))((.....)).((((((....).))))).......(((((((.((((((((...((.((((((....((((.....)))).((((((....))))))((((((.(((........)))((((..((((((((((((.((.((.(((.(((......)))))).)))).)))).))))))))..))))..........)))))).)))))).....(((.(((......))).))).(((((......)))))....))...))))))))..)))))))..)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........................(((((.......)))))........((((((.((((((((...............(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.((((....((((([[....((.(((((((((.((.((.((.((((......)))))).)))).))))).)))))))))))]].))))....))))))).(((.((((((....))))))...))).((..((.{{......))}})).........))))))))..))))))...)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((.........((.((((........(((((.......)))))....))).))).....(((((((...............(((((.....))))).(((((....))))).....................................((..((...(((..(...(.....).)))..)))..))...............................................................((((((((....)))))))).......))))))).....)))....)).))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((......((......))..(.....)..((((((....).)))))........((((((.((((((((....(.((((((...(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.((........)).((((..((((((((((((.((.((.((.((((......)))))).)))).))))).)))))))..)))).........))))))).))))))...).(((.(((......))).)))((((((......))))))........))))))))..))))))...)))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((((...)))))...[[[[[..........((((((...))))))...[[[[[[[[.....[[[[......(((((.....)))))((((((....))))))[[[[[[[.(((((.((((............))))........(((((....))))).)))))......[[[[[[[[...))))))))]]]]]]]]....]]]]]]]]]]].((((((....))))))..(((.(((((((.........)))))))....))).]]]]]]]]]]]]].((((..))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.......))))).....)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.(((.........(((.................................................................))).)))....))))))))))).............((............((((((........)))))).)).)...))))))).))))))....)))).
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.......(((((...)))))....((((((.((((((((((.....(((((((.....((((.....(((((......((((....))))....((((((....))))))....)))))))))..)))))))........))))))))))..(((((....))))).....))))))............))))))))....((((((((((....((((((((((((....))))))..))))))..(((((((......))))))).............))))).))))).......
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...........((((...............................))))...................((((......(((((.....))))).(((((....)))))...........................................................................................................))))..................................................................)))....)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((....(((((...))))).)).((((((....).))))).....))..(((((.((((((((...(((((((.....(((((.....)))))((((((....)))))).)).))))).......((((.((((..((((((((((((.((.((.(((.(((......)))))).)))).)))).))))))))..)))).))))...(((....(((((.((((((....))))))...)))))..(((((((......)))))))...))).))))))))..)))))....)))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.((.....))..((((.....((.((((((.((((((((((.....((((.(((..(((((......(((((((.....(((((.....)))))((((((....)))))).)).)))))...))))).....))).))))))))))))))..(((((....))))).....))))))))....))))..)))))))).(((((((.((((((.....))...)))).))...)))))..(((((((((((((((......))))))).......))))).))).....(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((....(((((...))))).)).((((((....).))))).....))(((((((.((((((((.(((.((((......(((((.....)))))((((((....))))))((((((((((........)))((((..((((((((((((.((.((.((.((((......)))))).)))).))))).)))))))..)))).........))))))))))).((((((....)))))).....)))..(((((((......))))))).......))))))))..)))))))..)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((((((((..(((.(((.(...(((((((..)).))))).)))))))(((((.(((((((...))).(......))))))))))))))..(.(((((((..))))))))((((..((((((..(((((......)))))((((((.........)))))).....))))).))))).))).))))...))))))(((((((...)))).))).....((.(((((....))))))).((((((..(((.(((.(((......))).))))))..))).))).....((((..))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................((................................................................))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...........................((((((....).)))))........((((((.((((((((...............(((((.....)))))((((((....))))))(((((((.((((.(.(((((........(((((((((((.((.((.((.((((......)))))).)))).))))).)))))).)))))).))))....))))))).....((((((....))))))..........(((((((......))))))).......))))))))..))))))...)))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..(((((...))))).((.((((((.((((((((((.....((((.(((..(((((......(((((((.....(((((.....)))))((((((....)))))).)).)))))...))))).....))).))))))))))))))..(((((....))))).....)))))))).)).)))...))))))))......((((((((.((.(((((.((((((....))))))...)))))..(((((((......)))))))...........))))))).))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.(((.((((........((((..((((.....))))......(((.((.(((((....)))))))))).....)))).......((((.....)))).(((((......)))))..)))).(((........))).(((.....))).(((((...(((((....)))))....(((....))).)))))...))).((((.....)))).((((((..(((((.((((((....))))))...)))))..(((((((......)))))))..........)).))))..))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((aaaaa......))))...((((..((((.....))))......(((.((.(((((....)))))))))).....)))).(((..(((((.....))))).(((((....))))).(((((..(((........))).(((.....)))...((((..{{{)))).(((}}}...)))..)))))..[[[[[)))]]]]](((AAAAA)))..((((((..(((((.((((((....))))))...)))))..(((((((......))))))).......<<<)).))))......>>>.....

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