RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00111

RNA: ASE_00111
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((...(((...((((((..(((((((((((((....(((....((((..(((((....)))))..))))...(((((((...((((((...))))))(((((((...)))))))))).)))).)))..))))))))))))).....))))))....((((((((((..(((.(((((.......)))))........(((...(((((((((......)))))))))..))).)))..))))))))))))).((((((....(((.....((((((((....))))))))...)))))))))....)).)))
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.........................................................(((((((................((((.....)))).((((((.....))))))(((((...................................................................................................................)))))................................((((((......)))))).........))))))).....))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((......))).(((((((((((((...(..((..(((((((..(((((((...((((..(((.(((......))))))......))))...)))))))..)))))))...))....)...))))))))))))).(((((.........((((((((((..((((.((((.......))))(((((...........((((((((......))))))))))))).))))..))))))))))..((((..((((...))))..)))).((...(((.................))).)))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(..........).(((((((((((((.....((...(((((((..(((..((((((...(((((.......)))))((((((...)))))))))))))))..)))))))........))...)))))))))))))((((((((.........(((((((....(..(((((.......)))))..)....)))))))(((((((((......)))))))))((((((.(.(((.....))).).))))...))....((((..(((((((((....))))))))...)..)))))))))..)))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(.............................(((((.......)))))....................................................((((((.....))))))....................................................................................................................................................................................................))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......[[[[.))))...(((.....)))(((((.......)))))(((((((((....))))..)))))...]]]]......((((((...))))))(((((((...)))))))(((((((((.....[[[[[[[[[.....))))))))).....((((((((((..((((...(((........)))........(((.....(((((((......)))))))....)))))))..)))))))))).]]]]]]]]]....(((..[[[((((((((....))))))))...)))..........]]]...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....((..(((......))).))...))).((((((....).))))).........(((((.((((((((....(((((((....(((((...))))).(((((((...)))))))))).))))(((...((((((((((((....(((...((((((..(((((((..(((..((.(((........)))..)))))))))))).((((((((......))))))))........)))))))))..))).)))))))))....))).((.(((((((((....))))))...))))).))))))))..)))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................((((((((((((...................................................(((.......)))................................))))))))))))....((((.........((((((((...(((.(((((.......)))))..............(((((((((......)))))))))......)))...)))))))).....................(({{{(([[[.)).]]]))}}}...........)))).......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(.............(((.(((........(((((.......)))))....)))).)).....(((((((..............((((((...))))))(((((((...)))))))....................................((.....((((..............(.....((.(((.......))))))))))..))..............................................................(((((((.((.))))))))).......))))))).....)).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((........))..((((((((((((.....((....((((..(((((....)))))..))))...(((((((....(((((...)))))..((((((...)))))).))).)))).))...))))))))))))....(((((.........(((((((...(...((.(((........)))..)).).))))))).((((((((......))))))))........(..............).............(((...(((((((((....)))))))...))...)))))))).......
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........(((((..((((((...)))))).......)))))..))))(((((.((((((((....((((......((((((...))))))(((((((...)))))))....))))(((...(((((((((......[[[[[........(((((((((((((((............)))))(((((...........((((((((......))))))))))))).......)))))))))).)))))))))....))).....((((((((....))))))))]]]]]..))))))))..)))))
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RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((((...((((((..(((((((((((((...((((....((((..(((((....)))))..))))...((((...((((((....))))))..(((((((...)))))))....)))).)))).))))))))))))).....)))))).....((((....))))......))))).......)))))).((((((..((((((((((......))))))))))...(((((...)))))...........)))))).(((((...((((((((....))))))))......)))))...........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((...........((((...............................))))...................((((.....(((((.....))))).(((((.....)))))..............................................................................................................................))))..................................................................)))
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......(((((..(((((..(((((..((((((...........((((..(((((....)))))..))))...(((((((...(((((.....)))))(((((((...)))))))))).))))......))))))..))))).....)))))......(((((((((((....(((.((((...((((((......))..)))).((((((((......))))))))..)))).)))....)))))).))))).)))))........)).(((((((((....)))))))....)).................
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..).((((((((......)))))(..)(...(((((((..))).))))....)((..))..(((((((((.(((((.((.......)).)))).....(((....((.(((((((((((..)))).(((((((((........)))).))))).((((....(((..)))...)))).(((........))).)))).)).).))...))).).(((((((....((((((..(((.((((((...)))).))))).....)))))))))))))((((((......)))))).........)))))))))..)))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................((.........................................))...
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................((((..((((((...........((((..(((((....)))))..))))...(((((((...((((((...))))))(((((((...)))))))))).))))......))))))..)))).......................................................((((...(..(((((((......)))))))..)..(((...((.......))...)))...))))...........(((((((....))))))).......................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..(..((....((((((..(((((..((((((...((((....((((..(((((....)))))..))))...(((((((....((((.....)))).(((((((...)))))))))).)))).)))).))))))..))))).....))))))....(((((((..(..(((.((.(((........)))..))....(((..(..(((((((......)))))))..).))).)))..)..))))))).)).((((((....(((.....((((((((....))))))))...)))))))))....)..)))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...........))).((((..((((((.....))))..))...))))...(((((....)))))..(((((.......))))).((((.....)))).(((...(((..(((((......))))).....))).(((((..........))))).))).(((....)))....(((((.......))))).....((((((....((((((((......))))))))...((((.((.((.....))..)))))).)))))).(((((...((((((((....))))))))......)))))...........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...........))))...((((..(((((((((((....)).))))....(((((....)))))..(((((.......))))).((((..[[[))))..((((((....(((((..aaaa))))).........(((((.<<<<.....)))))....((((....))))...(((((>>>>...)))))AAAA.((((........{{{{{{))))..}}}}}}.)))))).(((.]]].))).....)))))...(((.....)))...((((((((....))))))))...........)))).......

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