RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00112

RNA: ASE_00112
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....))))))))......((((.(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........))))))..((((.....))))...(((((((.(..((((...(((....)))..))))...).))).......))))............(((((..(....)..)))))...))))))..............)))))))..(((.....)))...)))).((((((((...............))))))))((((((....))))))........))).))).((((((((((((....))))))))))))..................))))))))))...)))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..(((((..((((....))))((((((((...((((((.((((((((((......))))))....(((((.((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))......)))))))))))))))....))).)))))....)))))...))))...((((..((..(((...........))))).((((((((...............))))))))((((((....))))))......(((......(((((((((((((....)))))))))))))......))).))))...)))))))))))))...
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.......(.((((((((....)))))))).).........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((..((.......))..)))).....))))......................(((((..(....)..))))).......................))))))).(((...........)))...((((((((..(........)...))))))))((((((....))))))...............(((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((.(((.((((((((....))))))))............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((.....)))))......(((....((((...(((....)))..)))).....))).......................(((((.((....)).))))).......................))))))..(((...........)))...((((((((..(........)...))))))))((((((....))))))........))).))....(((((((..........)))))))....................................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.((((((((....)))))))).))...)))).(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((.......))..)))).....)))).......)))....(......)(((((.((....)).)))))...))))))..............))))))).(((..((....)).)))...((((((((..(........)...))))))))((((((....))))))...............(((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((.........(((((((......)))))))..........................(((..(((........)).)...(((..........)))......................(((..............................(..)........................................)))..........(((((......))))).((((((((....))))))).).........)))..........................(....(....)..)........................................................(.....).))..))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........((((((((....)))))))).(((...)))...(((..[[[[[[.)))..]]]]]]....(((...[[[[[[))).......]]]]]].((((((...)))))).....................(((((((((...((((.......)))).))).[[[[[....))))))..]]]]].....(((...[[[))).........]]].(((....)))...(((.......[[[.)))...((((((((...............))))))))((((((....))))))............]]](((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......))))))....(((((.((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((.......))..)))).....))).......))))......))))).(((((.((....)).)))))......((.((......)).)).))))))).(((..((....))..)))..((((((((...............))))))))((((((....))))))........))).)))(((((((((((((....))))))))))))).((.....)).......)))))))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((......(((((((((((....))))))))............[[[[[[((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((.....)))))......(((....((((...............)))).....))).......................(((((.((....)).)))))........)))............]]]]]]......................((((((((...............))))))))((((((....))))))...............(((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((..(((...(((((((((((..........)))))............((((.(........(((((((((....(()))))))(.((....)......).)....(((...........(((............((...............))........)).)...........(.........)((.((((....)))).))..........))).......))))).))))....(...(..(((((...((...)).......))....)))..)..)..(.(((.(((....))).)).))...............................))).))).....................)))))..)))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((.......))..)))).....)))).......)))........))..((((..(((....))))))).....))).((......))....))))))).(((..((....))..)))..((((((((...............))))))))((((((....))))))........))).)))(((((((((((((....))))))))))))).((.....)).......)))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........((((((((....))))))))....(((((..(((((((((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...............)))).....))))........((((..........(((((..........)))))))))....[[[[...[[[[[...)))))))..(((.....))).]]]]]..((((((((...............))))))))(((((((..)))))))............]]]](((((((((((((..)))))))))))))....]]]]]])))))...)))))))))))))...
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PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))...((((.........(((((..............(((((.........)))))(((((....)))).)(.(((((..((.........((.................................)).)).....(...).(((((((((....)))))))).).......)))..))))))))..))))...((((.........(((((.....)))))..........).)))..(.......((((....)))))........))))))))..............................((.(....).)..).).))))))))))......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....))))))))......((((.(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).(((((.....)))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))............(((((.((....)).)))))...))))))..............)))))))..(((.....)))...)))).((((((((...............))))))))((((((....))))))........))).))).((((((((((((....))))))))))))..................)))))))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.((((((((((((....)))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....((((.((((((..........))))))(((((((...)))))).)(((((((....((((.(((.(....))).))))).....)))).......)))......))))..(((((..........))))).......................))))))).(((............)))..((((((((...............))))))))((((((....)))))).......)))).)))(((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.........((((((((....))))))))....(((((..(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))...........((((......((((....((((...............)))).....))))........(((((............)))))...))))........))))))..............))))))).....................((((((((...............))))))))((((((....))))))...............(((((((((((((....))))))))))))).........)))))...)))))))))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....(((((((......................(((...)))...(((.............................(((((.........))))).((((....)))).........................................................((...............((....((....))....))................)).......)))..........................................................((....))............))))))).......................................((........))))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....))))))))......((((.(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).(((((.....)))))..(((((((.(..((((...(((....)))..))))...).))).......))))............(((((..(....)..)))))...))))))..............)))))))..(((.....)))...)))).((((((((..(........)...))))))))((((((....))))))........))).))).((((((((((((....))))))))))))..................)))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.((((((((....))))))))..))........((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).(((((.....)))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))............(((((.((....)).)))))...))))))..............)))))).)))).........((..(((.((((((((...............))))))))((((((....))))))...............(((((((((((((....)))))))))))))..........)))..))))))))))))...)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((..(((((((((((((....(((....(((((.....)))))..)))((.........))..))))))).)).(((((..((((........)))).....)))))))))((((..(....)..))))....))))))((....))......)))))))(((........)))..)))).((((((((..(........)...))))))))((((((....))))))........))).)))(((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((((....((((((((((....))))))))))..(((.((((((.(((((((((......)))))).)))((((..(((((((........))))))((((((((...))))))))(((((.((.....(((..)))...(((...))).((..))))(..)..)))))......)))))...((.......))..(((((.((..(.(.(((((((.(((((..))))..((((...........)))).(((((((((...(......)....)))))))).)..))))))))).))).)..)))).((.(.((((((((((((((..))))))))))))))))).).)))))))))))))))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................(..(.(....)........................(....).....................................................)..)....(.....)..................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....))))))))......((((.(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((.(((....((((...((......))..)))).....)))........)))............(((((..(....)..)))))...))))))..............)))))))................)))).((((((((..(........)...))))))))((((((....))))))........))).)))(((((((((((((....))))))))))))).................)))))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((.(((.((((((((....))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((.....)))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....))).......))))............(((((..(....)..)))))...))))))..............)))))))..(((.....)))...)))).((((((((...............))))))))((((((....))))))........))).))).((((((((((((....))))))))))))..................)))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.......)))...((((((((((((....)))))).(((...........)))..((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).(((((.....)))))..((((.((((...........)))).......((((.......))))...))))......))))..(((((.((....)).)))))......))))))...((((..........................))))...(((((((...............))))))).((((((....)))))).....((((.....)))).((((((((......))))))))..............((((............))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......)))))...((((...(((....))).((((((......aaaaa)))..((((((......))))))....(((...{{{{{{))).......}}}}}}.(((((.....)))))..))).(((....((((..((..<<<<.))..)))).....))).>>>>....(((((............))))).....((((....)))).)))).....((((..[[[[....................)))).]]]](((.....))).................((((((....)))))).....((((.....)))).(((((((((....)))))))))..........AAAAA..........((((....))))

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