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GAGGAAAGUCCGGGACUCGCACCACCUGAGAUGGUGGUAGUGUUUGUGCUCAGUGAAUCAAUAAGCUGAGGUAUAGAGGCAUCUAUAACGGCAGACCAAAAUCCUAAGGGAAACUAUGGAUGGAGGCUAUAAAAGUGCCACAGUGACGAAGUUCCUAGGGAAACCUAGGAAGUGGAACGAGGUAAACCCCAUAAGCGAGAAACCCAAAAUUGGUAGGGGAACUCACACUACUGAAAUGAAGGUAACGUGAGACGUUUUUAAAACGUAGAUAAAUGAUUAUCGCAAGUCAUAACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((.......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((.....(((...((....))..)))......))))....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((..........)))...(((((((................)))))))((((((...))))))..........................))))))))..
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((.(((((((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((...((....))..))))((.((.(((....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))...)))..))))....)))))...)))....((((((((((...)).).)))))))...........((((..((((((...))))))......((((((......))))))..)))).))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).......((((((((......)))))).)).......((((((..........)))))).((((((....))))))((..(.(.(....((((...((....))..))))....).).........(((...........((((((((....)))))))).)))...)..))...((((.............((......))..))))................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..(((((...((((((......))))))(((.((((((((((((..........))))).)))))))..((((((((..((....))....(((....)))...))))))))...))).....))).))...(((((....((((((((....))))))))..((((((.......((((.((....................))))))..(((((..((((........))))..))))).)))))).........(((((....)))))....))))).....))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((...................................................................................................................................((((((((....)))))))).......................)))))....................................................................................(((((.......))))).. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((..)))..))))...)))).......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((((.(((........))).)))))))((((((...))))))..........................)))))))... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((...(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((..)))..))))...)))).......................((((((((....)))))))).......................)))))......................(((((((.(((........))).)))))))((((((...))))))............................)))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............((((...(.....)...))))................((((..........((((((((....))))))))))))....................))).......................(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).(((((....)))))...((((.......))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((........)))).............((((....(....)...))))..............................((((((((....)))))))).......................)))))...((............))....((((....((........))....)))).................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......))))))......((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((....(....((((...((....))..))))...).........(((((............((((((((....)))))))).........)))..)))))))).)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......(((((........)))))....)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...)))).((...((((..((.....))..))))...))........((.((((..........((((((((....)))))))))))).))................)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).(((((....)))))..(((((.......))))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((...(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((..)))..))))...))))........)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((..((...)).)))...(((((.(((((........))).)))))))(((((.....)))))........(((..(().).)))......)))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))....(((((((((((......))))))(((((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....[[[[........)))..]]]]..............((((............((((((((....))))))))[[[[.....))))....]]]]..)))))...(((....[[[[[[[)))........]]]]]]].....((((..((((..((((((...))))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((([[[[))))))..(((...((...((((...((....))..))))))..))).......]]]]............((((((((....)))))))).......................)))))......................(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((.(((((((((((......))))))..(((((...((((((..........))))))..(((((....)))))...((((((.(..(((((...(((())))..)))))..))).).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))...............)))).((((((.(.((........))..))))))).(((((...)))))................((.))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(.((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........))))))..((((((..)))))).)..((((((....((((...(((..)))..))))....)))).......))..........((.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))...............))))..((((.(.(((........)))..))))).((((((...)))))).................................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).)))))).)).........((....))....(((.............))).(..(((.........)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))...........)....)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......((((((......))))))....)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))(((.((((.((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((...((((((((..............((((..))))...))))))))....)))))......((((..........((((((((....))))))))))))..)))).....))).((((((.....(((.....(((((((...........)))))))......)))..((((..((((((...))))))......((((((......))))))..)))))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((..((.(((((((((......)))))).)))...)).((((((..........)))))).((((((....)))))).....((.((...((((..((.....))..))))...))))......((.((((..........((((((((....)))))))))))).))........((((.............(((....)))..))))..(((((..((((........))))..)))))((((((...))))))......((((((......))))))....)))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......))))))...((((...((((((..........)))))).(((((......)))))..(((((((....((((...(((..)))..))))....))).......))))............((((((((....))))))))...))))................)))))....((..((...))..))............................................................................)))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(.((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((..)))..))))).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((.......).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.....)))))....................((.......)...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(.(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((....((((...(((..)))..))))...))))......(..((.(...).((...((((((((....))))))))......)).))....))))))))))))))..(((..((...))..)))..(((((((.(((........))).)))))))(((((.....))))).................................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(.((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((..)))..))))).)))))......).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.....)))))....................((.(....))...).) |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(.(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((...(((((...(((..)))..)))))..))))......(((((.(...).((...((((((((....))))))))......)).))))..))))))))))))))..(((..((...))..)))..(((((((.(((........))).)))))))(((((.....))))).................................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))....(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((....((((....((..))...))))...))))......(..((.(...).((...((((((((....))))))))......)).))....)))))))))))))...(((..........)))...(((((((.(((........))).)))))))(((((.....))))).................................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))....(((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........)))))).)))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))...(((....[[[[[[[)))........]]]]]]].....((((..((((..(((((.....)))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((.(...)))))))....((((((((((((..........)))))).))))))....(((........)))......(((....))).............(((.........)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...)))))).(((..[[[[[[)))...]]]]]]....)))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((......((.............)).....)))).......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((........))..))))))).........................................)))))))).. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((...(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((....))))))..((.((((....((((...(((..)))..))))...)))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((........))..)))))))((((((...))))))............................)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........))))).))))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))...)))....(..((((..(....)...))))..).....((((..((((..(((((.....)))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..(((....(((((.(((((......)))))..((.((((((((((((..........))))).))))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))....(((....)))....))).(((((..((((........))))..)))))...))))).((.(((......((((((......))))))...)))..)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((.(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).)))))).)).........((...(((...((((...((....))..))))...(((.........)))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..)))...))......)))))...)))....(..((((..(....)...))))..)......))...((((..(((((.....)))))......((((((......))))))..)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..(...)(.(((((((((......)))))).)))(((.(((((((((........))))))((((((((....)))))))).....).)))))((((..)))).((((((((..((......))...).)))))))..((((.(((((((((..))))))))))((((((((...)))))))).)))..).((((((((..))))......((((((((((((((......))))))))))))))))))..)))))((.((((......))))))(((((.......))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................(...)....(.....(......)....).(..................)....(.......)................((......))...........(...(..((..((....))....))..)...).............................(............)... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.(..(((..((((......)))))).)....).).((((((..........)))))).((((........))))..(((.(.((...((((...((....))..))))...)).)........)))((.((..((...((((((((....)))))))).))..))...))...((((...........(((.......))).))))..((.((..((((........))))..)).))((....(...)..)).(.....((....(.....).)).....)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((((((((......)))))).((.((((((((((((..........)))))).)))))).))....................((((...((....))..))))..............................((((((((....)))))))).......................)))))...)))....(..((((...........))))..)...........((((..((((((...)))))).......((((........))))...))))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((....(((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((((....))))))..((((..((...((((..((.....))..))))...)).........))))...((..((...((((((((....)))))))).))..))..((......))....)))))...(((...........)))..(((((..((((........))))..)))))(((((.....))))).............................))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.....(((((((((......)))))).))).(((((((((((..........))))).)))))).(((((.......(((...(((...(((...((....))..))))))..)))......)))))...(((((....((((((((....))))))))((((.....((....))))))..((((....(((..........)))...(((((..((((........))))..)))))((((((...)))))).............))))..)))))....)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((.((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((.............))))....(((.....................)))(((((((....))))))).......)))).....((((.........................))))..(((((..((((........))))..))))).((((.....))))..(((((....)))))..(((((.......))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.....)))(((.(((((......))))).(((((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((..((.....))..))))....))).......(((((...[[[.....((((((((....))))))))...............[[[[....................)))))]]]]...]]]...((((........))))..)))..(((((.....))))).(((((....)))))..(((((.......))))).. |
