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GAGGAAAGUCCGGGCUCCGCAGGGCAGGAUGCUGGGUAAUACCCAGUGGGGGCGACCCUAAGGAUAGUGCAACAGAAAUAUACCGCCUGACACUUAAUAUAUGUAGCUAUAGAUGUUACCAUAUAUUAAGUGCCGGGUAAGGGUGGGAAGGUGAGGUAAGAGCUCACCAGCAGCUAGGCGACUAGCUGGCUCUGUAAACCCCAUCUGGAGCAAGACCAAGUUAGGGACAUAAAAAGGUGGUGGCCCGUCACCGUCCCGGUUGGUAGGUCGCUAGAGCCUAUUGGCGACAAUAGGCGUAGAUAGAUGGCUGUCUAACACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((((((((((((((.......))))).))))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......(((((.......((((((.]]]])))))))))))........))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((((((((..(((.....)))(((.....))).))))))....((((((((.(..(((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..))..(((..((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))).))))..)))..)))...))))))...........((((((((..((((((...))).)))..))))))))..((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((.....))))))((((....))))......................((((((.....((((..............................)))).....)))...))).....((((((.......))))))..(((((((....)))))))............................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((...)).))).(((((((...)))))))...(((((((..........(((..((((......((((((..(((((((((((((((((.......))))).))))))))))))..))))..)).((((..((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))))))))..)))..(((((....(((((.......(((((.......))))))))))..))))).)))))))...((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................((((((((...))))))))........................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((....................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))))))).............(((((........................)))))..................((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((....................................)))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))))))))..((((......(((((........(((((.....))))).)))))........))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((................(((((((...)))))))....((((((...........((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..)).((((..((((((.......))))))(((((((((....))))))).))........))))))))..))...(((((....(((((.......((((((.....)))))))))))..))))).))))))....((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(.((((((........(..(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((............................................)))))...........((((((.......))))))(((((((((....))))))).))........).....))))))..((((.......((............(((.....))).....)).........)))).((...((((((((....))))))))..)).........................)...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((.(((((((((((((.(((.......)))..))))))))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......(((((.......((((((.....)))))))))))........))))......((((((((....))))))))............((((.....))))..)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....))).....((((((((...))))))))..(((((((..........(((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..)).((((..((((((.......))))))(((((((((....))))))).))........))))))))..)))..(((((.((.(((((.......(((((((...))))))))))))))))))).)))))))...((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((................................................)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...........))))).................(((((........................)))))..................((((((((....))))))))...............................)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........(............(((((((.(.(....................................).).)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).....).......))))))))))..((((....(.(((((.......(.(((((...))))).))))))).......))))......((((((((....))))))))..............................))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].....(((((((....(((....)))(((((((((....)))(((..((((........(((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).))))).....((((..((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))))))))..)))..(((((....(((((..........(((((....))))))))))..))))).))))))....((((((((....)))))))).(((((((....))))))).......)))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........))).(((((((...)))))))...((((((((((....))).((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..)).((((..((((((.......))))))(((((((((....)))))).)))........))))))))..))...(((((....(((((.......(((((((...))))))))))))..))))).)))))))...((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...............((((((((...))))))))((([[[[)))..........................(((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).))))).....((((..((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))))...........(((((....(((((.......((((((.....)))))))))))..)))))...]]]]....((((((((....))))))))..((((((....)))))).........)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((((((((.((..........(((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((....................((((....................)))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((((((....)))))))....)))...................(((......(((.(......((..((.......))).).))))........))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).............)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((.((.......)).............))...(((((.......(........(..(....)).(((....))).............)..........((.((((((......))))))...)).......(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).)................)))))...(((......((((..(........((((......)))))))))........)))....((.((((((((....))))))))).)......)))))).)................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........))).(((((((...)))))))...(((((((..........(((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......))))).)))))))))))).)))))..)).((((..((((((.......)))))).((((((((....))))))).).........))))))))..)))..(((((....(((((.......(((((.......))))))))))..))))).)))))))...((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...(((...)))(((((...)))))))))))((((((..........(((..............(((((.(((((((((((((................))))))))))))).)))))..(((((((..((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........)))))))...)))..(((((....(((((.......(((((((...))))))))))))..))))).))))))....((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........)))..(((((.....))))).((((....)))).........................(((((.(((((................................))))).)))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))............))))))..(((..((((......(((((.......(((((.......))))))))))........)))))))...((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(...)....(((((.............(((((.....)))))...........................................................(((.........((((((............)))...))).....((((((.......))))))......(((....)))........)))...........)))))..((((................................................))))......((((((((....))))))))........................(....)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((........................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....(((((........(((((.....))))).)))))......).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((.........((((((((..........................................))))))..))))(....((((((.......))))))..(((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......(((((........(((((.....))))).)))))........)))).)..(.((((((((....)))))))))......................((.......)).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((........................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....(((((........(((((.....))))).)))))......).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((.........((((((((..........................................))))))..))))(....((((((.......))))))..(((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......(((((........(((((.....))))).)))))........)))).)..(.((((((((....)))))))))......................((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((.........((((((((..........................................))))))..))))(....((((((.......))))))..(((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......(((((........(((((.....))))).)))))........)))).)..(.((((((((....)))))))))......................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((....(((..(((((....))))).((....(((..((((........(((((.(((((((((((((((((.......))))).)))))))))))).)))))..((((.(((.((((((.......))))))..(((((((....)))))))..)))....))))..))))..)))...))......)))...........((((((((..((((((...)))).))..))))))))..((((((((....)))))))).(((((((....))))))).......)))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...)).)))((((((((...))))))))..((((((((((....)))(((..((((........(((((.(((((((((((((((((.(....)))))).)))))))))))).))))).....((((..((((((.(....)))))))(((((((((....))))))).))........))))))))..)))..(((((.((.(((((.......(((((((...))))))))))))))))))).)))))))...((((((((....))))))))((((((((....))))))).)......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((..(((((..(((((....)))))........................(((((.(((((((((((((((((.......))))).)))))))))))).)))))..)))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..(((((........(((((......(((((....(((((.......(((((((...))))))))))))..)))))......)))))((((((((....)))))))).....(((((....)))))..))))))))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).................................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....))).................................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....((((..........((((((..((((....................................))))..)))...))).....((((((.......))))))..((((.((....)).))))....))))...))))))))))))..(((.......(((((..........(((.....)))...))))).........))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)..............(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((....(((..(((((....))))).((.(..(((..((((........(((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..((((.(((.((((((.......))))))..(((((((....)))))))..)))....))))..))))..)))..)))......)))...........((((((((..((((((...))).)))..))))))))..((((((((....)))))))).(((((((....))))))).......)))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((..((((....)))).))))(((((((...))))))).(((((..((((((((....(((..((((........(((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..((((.(((.((((((.......))))))..(((((((....)))))))..)))....))))..))))..)))...))...))))))............(((((....))))))))))..)).((.((...((...((((((((....)))))))).(((((((....)))))))....))...)).))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((((..(((.....)))(((.....))).))))))((((((..........(((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......))))).)))))))))))).)))))..)).((((..((((((.......))))))(((((((((....))))))).))........))))))))..)))..(((((....(((((((......))(((((....))))))))))..))))).))))))....((((((((....)))))))).(((((((....)))))))........)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((.(((..((...)))))))......((((((((((...(.((((..)))).)..(((((.(..((((((((..(((((((((((((((((.......)))).)))))))))))))(......)))))))))..)..((((..))))...(((((.............))))).)))))..)))))).))))(((((..(((((...(((((..........((((((..))))))))))).)))))(((((((..))).)))))))))((((.((((((((.((..)).)))))))).)))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((....(((...(..........)......))..(.(...).).........((....................((((.(......(.....(..............).).......)....((((((.......)))))).(((((..........)))).)..))))......)).........(((.......(((((..........(..(...).)....))))).........))).((...((((((((....))))))))..)).....).....))......((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((...................(((.....))).................((....(((..((((........(((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))......(((..((((((.......)))))).((((((((....))))))).).........))).))))..)))...))..........................................................((((((((....))))))))..((((((....)))))).........))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((............(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))...((((((..((((((.......)))))).((((((((....))))))).).........)))))).)))))..((((......(((((.......(((((.......))))))))))........)))).((...((((((((....))))))))..)).........................))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((....(((..(((((....))))).((....(((..((((......(((((((.(((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))))..))..(((..((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))).))))..)))...))......)))...........((((((((..((((((...))).)))..))))))))..((((((((....)))))))).(((((((....))))))).......)))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).((((((.....)))))).(((....))).......((((((................)).)))).((((((((((((.......)))).))))))))....(((((((......((((.((((((.......))))))...((((((....)))))).(((((.............)))))...........................(((((....))))).))))..(((((.....))))).((((((((....)))))))).(((((((....))))))).......)))))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).))).((((((.....)))..(((((....))))).....)))...(((((........((((..(((((((((((((((((.......)))).)))))))))))))..))))..[[[[[[[..((((((.......))))))..(((((((....)))))))..)))))....]]]]]]].((((...((((.....{{{{{.........)))).(((....<<<)))}}>>>.(((.}}}.)))...((((((((....)))))))).(((((((....)))))))............)))). |
