|
|
|
GAGGAAAGUCCAGCCACCACUGGACACACAGACAUUCCCCCAAGGAUGUAGGGCGAGAGCUCUGGCUCUGGCACAGAAACGAGACCGCGCCGCGUAAAGCGAUGAUGCCGCAAGGCUGAGGUCGCGCGGGAGGCGGAUGAAACGGCGAAACCCUGUGGGUGCAAGCCAAAAUAGAGCUGAGAACGCGGACGUCCAGCCGAGCUCGGGUAUGGCGCUAAGCUGAAUGCCGUCAAAGAAACAAAAGCUGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[.(((((((((((......))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((...........(((....))).......)))))))..))))........))))..)))))))))))...((((.....(((((.......(((..]]]]]])))))))).....))))..............................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.....(((......)))....(((.....)))((((((((....)))))..((.((((.......((((.(((((((((.....))).....(((....))).......))))))..((((((((....(((...((((...))))....)))........((.......))...))))).)))...))))((((((((.....)))..))))))))).))..)))...))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((((......)))))).........)))).....((((((...(((..(((((((....((((...............((((((((...(((.(((((((....)))....))))))).....))).......)))))..((((...))))....))))...))))))).....)))..)))))).(((.((((..((((((((.....)))..)))))((.......))...)))))))... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((........)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((............................))))))))..)))........))))....)))))))))...((((.....(((((.....................))))).....))))..............................)))))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).......((............))..((((....))))......................(((..((((.....(((((...(((....)))....)))))))))....))).......(((...((((...))))....)))......(((((........((....)).....)))))................................................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((..........))))(((((....))))).....................(((.............((....(((....))).....))..........))).................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((.((.....))))))(((((....)))))((...(.((............((((.((((((...........(((....))).......))))))...))))........)).)..)))))))))))...((((.....(((((.......(((........)))))))).....))))..............................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((((......))))))(((((....))))).....................((((.((((.....(((((...(((....)))....)))))))))...)))).......(((...((((...))))....)))(.....(((((......(((((()))).))..))))).....)(((.....))).....................(((()))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((...................(((((.(((((......))))).(((((....)))))........................(((((((............(((....)))........))))))).....................)))))................(((.........................))).........................................)))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((.((((((......))))))..[[[....))))........]]](((((......[[[[)))))....]]]]..((((.(((((((((.....)))..((((((....)))....)))))))))..((((((((....(((...((((...))))....))).........(((......))).))))).)))...))))(((((...[[[[.[[[..)))))..............]]]]]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((((......)))))).(((((...((((((((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))).)))..))...)))))((((.((((..((((((((.....)))..)))))..............)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......(((((........)))))...((.((.......[[[)).))............((((.((((.....(((((...(((....)))....)))))))))...)))).......(((...((((...))))....))).......]]]........................................................................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((....((....((((((...).))))..)..((.(((....))....(((((....)))))......(((............(((.((..(((...........(((....))).......)..)).))..)))........))).........................(((((..................)).....)))......................................))).))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.....(((......)))((((((......))))))...((.(((((....))))).))............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....))).................((((.(((.((((...((((......)).))...)))).))))))).............))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.[[[[[[......((((((......))))))...[[[..[[[[[[[[[[....(((((........((((.(((((.....((((...(((....)))....)))))))))...))))................)))))))))..]]]]].....]]]]].....]]]....]]]]]]((((..))))..((((((..........)))))).............))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((........)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((...........(((....))).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((((.....(((((.....................))))).....)))))(...)..)..)............((........)..). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((........)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((...........(((....))).......))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..((((.....(((((.....................))))).....)))))(...)..)..)............((........)..). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...[[[[[[))....]]]]]]......((((((......)))))).((((.((..(((.(((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))))))...((((.(((.((((..((((((....))).)))..)))).)))))))..............)).)))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.....(((......)))((((((......))))))(((...[[[[[))).]]]]]...............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....))).................((((.(((.......(((...........))).......))))))).............)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......)))))).......................((((((....))))))...(((((............((((((.((((.........))))...............))))))..(((((......((((...((((...))))....((((.....(((((.....................))))).....)))).....))))....)))))............))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((........)))))(((((....))))).....................(((((.(((((............................))))).))..)))................)))))))))...((((.....(((((.....................))))).....))))..............................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((((......)))))).((((.((..(((.(((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))))))...((((.(((.((((..((((((....))).)))..)))).)))))))..............)).)))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((((......))))))......((((((......))))))...((.(((((....))))).))..............((((((......(((((...(((....)))....))))).((((.((((((((....(((...((((...))))....)))........((.......))...))))).)))...))))....))))))....)).((.((((................)))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((.(((......)))((((((......)))))).))((.(((((....))))).))...((..((((.(((((((((.....)))..((((((....)))....)))))))))..((((((((....(((...((((...))))....)))........((.......))...))))).)))...))))((((((((.....)))..))))).))............)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.((((((......)))))).........)))).((..))(....(((((..)))))...)))..((((((((.(((.((((((((.............).).))).).))..(((((((.(...)).))...((.(((((((((.(((..))).))))))).)).)).(((((.(.((((..))))))))))))))))).)))))).))((((((((.((((.......)).)).)..).)))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((..........))))..............(((((((..............((((....(((...(((((...(((....)))....))))))))....)))).......(((...((((...))))....)))....))))))).......................................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((((......))))))..(((.((..(((.(((((((..............((((.((.(((...(((((...(((....)))....))))))))))..)))).......(((...((((...))))....)))....))))))))))...((((.(((.((((..((((((....))).)))..)))).)))))))..............)).))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((((......)))))).((((....)))).(((((((((................)))((((.........)))).....((((....((((.......)))).....((((.......)))).......)))).....))))))......((((...(((((.....)).)))...(((.....))).....))))...................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((......))))))......((((((......)))))).((((....)))).((((((.....)))..((((.(((((..((((.........)))).....((((....((((.((..............)))))).(((.....)))...))))........[[[[.[[.)))))...]]]]]]....))))........{{{{.{{{....)))..............}}}}}}}... |