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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAAAGGGCAGGGCGCCGGGUAAUACCCGGGGUGGGGAAACCCCACACGGUAAGGGCCACAGAAACGAGACCGCCGAAGCGGUAAGCCAGGCAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGGGCCCACCGGCUCCGCGGUAACGCGGGGUGAGGGGGUAAAAAUCCCCCGGCGGGUUUUCCCGCUCUGGUAACCUCCCGCCCGGAGCAAGGCCAAGUAGCGCCGCACCCCGAAAGGGGAUAAGGUGGCCCGCCGAAAUGCGGUGCGGGUAGGCCGCAAUGGAAGUCGGGGGGCAACUCCCGACUCAAGAUAGAUGACCACCUAGUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((...)))))).)((...(((((............(((((...((.....))..)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)(((.(..(((((((......)))))))..).))).)))...)))))))))))))...((((.....((((((((((((....))))..(((((.]]]])))))..)))))))).....))))........((((((((......))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((((..((((.(((....((((..((((.((((((((((((((((...((((..(((((...........(((((....)))))..(((..((............))..)))...)))))))))..((((((....))))))....(((((.......))))).).))))))))))))))))))))))))))))))...((..((((.....((((((((((((....))))....((((...))))....)))))))).....))))))..))))..(((((((....))))))).............................))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((..((((.....(((((((((((((((((....((((..(((((...........(((((....)))))..(((..((............))..)))...)))))))))((((((((....))))))))..(((((.......)))))...)))))))))))))))))..))))..))))))))))..((((.....((((((((((((....))))....((((...))))....)))))))).....))))....(((.(((((((((....)))))))))((.......)).))).............)))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((((...))))))............................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((.......))))........................(((((....(((....))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...............................................)))))))))............((((((...................................))))))..................((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((.............((((((((((.....))))).((((.......))))..........................(((....(((....))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...............................................))))).......((((.....((((((...................................)))))).....)))).........((((((((....)))))))).............................))...... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((...((((......(((((.....))))).((((((...)))))).......................(((((....)))))....................((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((.......)))))((((((....)))))).............))))))))...((((.....((((((((((((....))))....((.......))....)))))))).....))))........(((((((((....)))))))))...........................))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.............((((((...))))))........................................(((((..............)))..)).......((((((.......)))))).....((((....))))........................................................))))....(((.........................................................)))................((....))........................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))((((((.....))))).)....((((((............(((((...((.....))..)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((((.......)))))((((((....))))))..)))..)))..)))))))))...((((.....((((((((((((....))))....(((.....)))....)))))))).....))))........(((((((((....)))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((...((((.(((..((((((...)))))).((((((...))))))..(((....)))...........(((((....)))))............((....((((((((.......)))))).((((((((....))))))))..((((((....).)))))((((((....)))))))).....)).)))))))))))(..((((.....((((((((((((....))))....((((...))))....)))))))).....))))).......(((((((((....)))))))))...........................))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((.....(((..((((((...)))))).))).....(((...........(((((....)))))..[[[.)))...]]]....(((..(((..(((((((.(((((((((((....))))))))..((((((....))))))))).))))))))))[[[[[[[......)))..]]]]]]]..(((((....[[[[[[[[((((....))))......)))))........]]]]]]]].(((.............(((((((((....))))))))).....[[[...)))..]]].......)))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((..((((.(..((((((...)))))).))))).(((((((.........(((((....)))))..(((..((..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((......))))).((((((....))))))..((......)))))))...))..)))......((...)).((((....)))).....))))))).(((...((((((........)))))).))).(((((((((....))))))))).....(((........))).......)))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((.......((.((((((...))))))..[[...[[[[[[[.........(((((....)))))....................((..((....(((((..((.((((((((....))))))))..(((((.......))))))){{))))).))}}))))......................((((.....((((((((((((....)))).....]]]]]]].]]....)))))))).....))))........(((((((((....)))))))))..........................)))))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((........(((((((((((...)))))))((.(......)..))..........((............((((((((.................................................))))))..))......((((((.......)))))).((((((..))))))...)).........)))))))))...(((......(((.(.........(.....(((.(((...)).))).)..))))....)..))).......(..(((((.((....)).))))).).............................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.(((..((((((...)))))).((((((...))))))..(((....)))...........(((((....)))))...((...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((......)))))..(((((....)))))...))......))))))))))))..(((........)))...((((....))))...((((((.((((......))))(((((.....)))))...(.(((((((((....))))))))))...........))))))..........))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((((.....(((((((((((((((((..........[[[[[[[.........(((((....)))))..(((...............((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((.......)))))))))))))))))))))))))....((((.....))))...((((.....((((((((((((....)))).....]]]]]]].......)))))))).....))))....(((.(((((((((....)))))))))............)))...........)))))))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((.......))))................................................(((......((...............)).((....((....))....)).............................................))).....))).............................................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((((........(((..(((((.....))))).((((.......))))..........................(((....(((....))))))..(((.(....((((((.......)))))).(((((.((....)).)))))...........................................).))).))))))))...........((((((...................................)))))))))...............((((((((....)))))))).)).................................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((..(((.(((((.....))))).((((((...))))))..(((....)))...........(((((....)))))..))).((...((((...(((((((((...((((((.((.((((((((....))))))))..(((((.......))))))).)))))))))))))))....)))).)))))))))))..((((.....((((((((((((....))))....((((...))))....)))))))).....))))....(((..((((((((....))))))))(((.......)))))).............))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((........))....((((((.(..((((((((((((((((((((((((((..((((........).((((((..)..)))))).))..)))))))))(((.(((((((....).))))))))).((((((..)))))).((.((((((((...)))))))))))))))))))))))))))..).)))))).((((...)))).(.((((....(((.(((((..))))))))((((((...(((.((.((((((........)))))).))..((((((((((..))))))))))....).))....))))))..)))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................................................................................................................................(.............(...(....)...............)....)........(..........).....((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................(..........).......................((.(...))).................(.((..(.........((..(....(............).).....)).)........(........)...........)).)......(.......(((.......(..).........))).....)...........((......))..............((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((........((((......................(((((.....))))).......................(((((....)))))............(((...((((((((....((((((.((.((((((((....))))))))..(((((......))))).)).)))))).))))))))....)))....)))).......((((.....((((((((((((....))))....(((.....)))....)))))))).....))))........(((((((((....)))))))))............................))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.((...((((((...)))))).((((((...))))))..(((....)))...........((((((...((.....))..)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((.......))))).(((((....)))))...........)).)))))))))..((((.....(((((((.((((....))))....((((...)))).....))))))).....))))........(((((((((....)))))))))............................))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....(((..(((.(((((.....))))).((((((...)))))).........)))...........(((((....)))))..))).(((..((((...((((((((...(..((((.((.((((((((....))))))))..(((((......))))).)).))))..)))))))))....))))...))).)))))..((((.....((((((((((((....))))....((((...))))....)))))))).....))))......(.(((((((((....))))))))))...........................))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).(((((.....))))).(((((.....)))))........((((...........(((((....)))))..(((((.............((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((.......))))).(((((....))))).)))))...((((.....))))...)))).......((((..((((....))))...((((((.((((......)))).((((.....))))......((((((((......))))))))............))))))...........))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).(((((.....))))).(((((.....)))))........((((...........(((((....)))))..(((((.............((((((.......)))))).((((((((....))))))))..(((((.......))))).(((((....))))).)))))....(((.....)))....)))).......((((..((((....))))...((((((.((((......)))).((((.....))))......(((((((((....)))))))))............))))))...........))))... |
