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GAGGAAAGUCCGGGCUCAGAGGGUGCGCGUAUCCCGUUAAGGCUGAUGAAGCCGGAGCGGGGGCGUGAGAGCGCCGGAAAGUGCCACAGAAAACAUACCGCCUUAUGUGUCUUCACACAUAAGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCCAGGAAAGGAGAAGGUUUAAGGGAAAAAACGCCCUUGCCGAAUCCUUUCCUGCGGUAAACCCAUACGCGAGCAAGGCCAAGCAGAGGGGAAUUGCGGGAGUUUUCCAAAUCUGACUCCCGCAUGCGGGUUGCACCCUUCCCGCUAACACCCUCGGGUAGGCCGCUUAGAGUAAUGACCCCUUAACACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[[.(((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))((...(((((............(((((((((((((....)))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))))).)))..)))))))))))))...((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).((((((.]]]]]]])))))).....))))).....)))).............................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................((((..............((((((((((..........))))))))))....................................))))...................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((...................))))).((((....)))).......................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((................................))))))))............)))))))))............((((((..........................................................))))))............................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((((((((...................))))).((((....)))).........................(((((((((........)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((................................))))))))............)))))...(...((((.....((((((..........................................................)))))).....)))).).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((..................................................................................((((((((..............))))))..).)......((((((.......))))))......................................................................))................................................................................................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.((((((.((((((((((((...((((.....))))...)))))(((((....)))))((...(((((............(((((((((((((....)))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((...(((...((((........)))).)))...)))))))))).)))..))))))))))).)...((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....))))...............)))))......)).)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((((((((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))......((((..........(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))))).)))).....)))))))(((..............(((((.((((((((((..........))))))))))...((((...))))))))))))..)))))))((((.....(((...)))....))))............))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((.((((.(((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))((......))..........(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))))).((....)).)))))))(((..((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....)))))))..........)))))).......)).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...((...(((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))........................(((((((((((....)))))))))))...........((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...))))))))))..........)))))))(((..((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....))))))).............))........)).)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((.((((.(((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))((......))..........(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))))).((....)).))))))).((..((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....))))))...........)))))).......)).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((..(((((((((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))....................(((((((((((((((....))))))))))............((((((.......))))))((((((((((.......((((((........)))))).....))))))))))))))).....))))))[[[[..[[[[.....[[[[[....((((((((((..........)))))))))).[[[[[..))))))).]]]]].....]]]]].....]]]]]]]].))).....................))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...((.((((.(((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))....................(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.(....)))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...))))))))))..........)))))))(((..((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....)))))))..........))))))..........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((......((((.(((((.(((((((..((((.....))))..))))))))))))...((((......))))...........(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((.......((((((........)))))).....))))))))))......))))......((((..((((.....(((((....((((((((((..........))))))))))...((((...))))............))))).....)))))))).........................))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).................(((((((((...................))))).((((....))))...............................................................................................................................................))))...................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.((((((((((((((((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))((....((((..........(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))))).))))...)))))))))(((...((...))....(((((.((((((((((..........))))))))))...(((.....)))))))))))..)))))))((((..(((.....).))....)))).........)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((...(((((((((((...(((((((.(((((...))))).)))))))((((((..))))))((((..((.(......).)).((.((((((((((......))))))))))))(((((.(((((((((((..)).))))))((((((((((((((((..(((((((...)).))))))))))))))))))))).((..(..((........).)..))).((((((.(((((...........))))).).))).))(((((..)))))))))))))))))))).).)))))))(((.(.((.(((...))))).).)))((......))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................().......(...)..................(.) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................((...................))...............(.....((((........)))).(........)..(.(...(....(.....(.........).........)......)...)..).....(..(((.(....).).)).......)...........)...........................(((.......)))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.........(((((.((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))......((((...........((((((((((((((....)))))))))))...))).....((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))))).))))......)))))..((..((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....))))))........................)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..................((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))((......))..........(((((((((((((((....)))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((...(((..(((((........))))))))...))))))))))........................................((((((((((..........))))))))))............((..((((..........))))..))...............................)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((...((((((((....((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))......((((.((.......(((((((((((((((....)))))))))))...))))......)).))))...)))))))).((((((((...(((..(((((........))))))))...)))))))).(((((..((((....((..((...))...)).(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....)))))))))..)))))........................)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.........))).((((....((((((..((((.....))))..))))))(((((....))))).....))))...............((((((((((......))))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((.......((((((........)))))).....)))))))).(((...........)))......((((.....(((((....((((((((((..........)))))))))).(((((..........))))).....))))).....))))..(((.((.........)))))......))))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((.....)))..(((...((((((..((((.....))))..))))))(((((....)))))......)))...............(((((((((((....))))))))))).(((((.....((((((.......))))))..((((((((...[[[[((((((........)))))).....)))))))).(((...]]]]....)))......{{{{.....{{{{{....((((((((((..........)))))))))).{{{{{....))))).}}}}}.....}}}}}(((((}}}}...<<.<<...)).)))>>>>.........)))).... |
