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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00120



RNA: ASE_00120
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..))))..((....))....((.((.(((((.(((((..(((((.....((((((....))))))..((((..((((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...))).)..)))).....)))))..))))).....((((((..(((........)))..))))))....))))).))))....))))))..)))).........(..((........))..).......))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((.((((...((((((.(((((..((((.(((...(((......)))..)))...........(((((((((((............(((((........))))).......)))))))).))).))))..)))))....))))))..)))).((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...)))))).(((.........)))....))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((..)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.......................................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))..........................)))))))).)).))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))...................((((...((((((.(((((....((((((....))))))......................((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).........)))))....))))))..)))).((((.....((((((..............)))))).....))))................((........))..........))))).
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((........((((((.((((((((.....))))))))...))))).)..(((.(((((((((........((((((.((((.....((((((....))))))....................((((((((((((............(((((........))))).......))))))))))..))......))))....))))))))))...((((.....(((((.....(.......)..))))).....))))..........................)))))))).)).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((......((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))..........((((...((((((.(((((..((((((((....))))))....................((((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).).).))..)))))....))))))..)))).((((...(.((((((((.......))...)))))).)...)))))))).((......(((((........))))).....))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((............(((..(...................)....))).......(..((((............(((((((((....))))(((((....)))))...........................((((................(((........)))...........)))).......................)))))...................((................))......................................)))).)......))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....))).(((((.(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))....(((((((......)))))))..))))).((((((....)))))).....((((.........[[[..))))..]]]............(((((..[[[[..)))))...(((....)))]]]].(((..[[[.)))...]]]((((((..(((.[[[[...)))..))))))....((((.....)))).....]]]]((((...........[[[[[.........)))).....]]]]].
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((.((((...((((((((((((..((((.(((...(((......)))..)))...........(((((((((((............(((((........))))).......)))))))).))).))))..)))).))..))))))..)))).((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).....))))....(((((........)))))))).)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((........(((((((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).........((((...((((((.(((((.....(((((....))))).......................((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).........)))))....))))))..)))).[[[[.....((((((..............)))))).))))]]]].............(((((........))))).......))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((.(((...((..((((((.......................)))))).))..((.(((((.............((((.((......)).(((((....))))).....................((((((.((((.............((((((.....).)))))........)))).))))..))...............))))........((((.....(((((................))))).....))))...............(..).......)))))))..)))))))))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).((.....))........((((...((((((.(((((..((((((((....)))).......................(((((((((((.((....))...(((((........))))).......))))))))).)).))))..)))))....))))))..)))).((((.....((((((...((....))...)))))).....)))).............(((((........)))))....)).))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((((((((((.((((((((.....)))))))).....(((......(((((..(((((((......)))))))........((((((....))))))....))))))))..(((...)))(((((((((............(((((........))))).......))))))))))))))))).......((((((..))))))............((((((..............)))))).[[[[[[[[[[[.........))))))........]]]]]]]]]]].))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((..)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))..((........)..).)).))))))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((..)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((.............(((............)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))..((........)..).)).))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))...((.((.(((((.(((((..(((((.....((((((....))))))..(((((..(((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...)))...))))).....)))))..))))).....((((((..(((........)))..))))))....))))).))))....))))))..)))).........(((((........))))).......))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((....(((((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...[[[[.((((...((((((((((((..((((((((....)))))......................(((((((((((............(((((........))))).......))))))))).))..)))..))))).)..))))))..)))).[[[[.....((((((..............))))))..)))]]]].....]]]]....(((((........)))))....)))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((((((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).............((((.((((...((((((.(((((....((((((....))))))...((((...............((((((((((............(((((........))))).......)))))))))).))))....)))))....))))))..)))).((((.....((((((..............)))))).....)))).....))))...))))))....................))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((..)))))(((((....))))).....................(((((.(((((.......................................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))..........................)))))))).)).))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))......((.((((...((((((.(((((..((((.(((....))).(..(((((..((((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...))).)..)))).)..).))))..)))))....))))))..)))).)).......((((((.(.((....)).).)))))).))))))..)))).........(..((........))..).......))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((....((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))...((.((.(((((.(((((..(((((.....((((((....))))))..(((((..(((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...)))...))))).....)))))..))))).....((((((..(((........)))..))))))....))))).))))....))))))..))))........)).(((((.....((........)).))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.(((...((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))(((((((((.((((...((((((.(((((..((((((((....))))((.(((((..((((.........((((((....))).)))......(((((........)))))...))).)..)))).)..))))))..)))))....))))))..)))).((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....)))).....))))....(((.....)))..)))))))).)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.((((((((((((((.((..((((...........))))..)))))))))....((..(.(((....((((((((((((.....((((((..)))))).((((((...)))(...(((..)))..)(..(........)..))))(((((((((........))((((..))))....)..)))))))))).))..))))))...))))))......((((((((.(........).))))))))))))))((((((((((..)).))).((...))..)))))...))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........)........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.............((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))....((((.((((...((((((.(((((..(..(((((....)))))........................(((((((((............(((((........))))).......))))))))).......)..)))))....))))))..)))).((((.....((((((.(.((....)).).)))))).....)))).....)))).............................))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((((.((((((((((((.....))))))))..)))).(((....)))...((....((((...((((((.(((((..(.((((((....))))))...((((.......(((...)))(((((((((.((....))...(((((........))))).......)))))))))..)))).)..)))))....))))))..)))).)).......((((((...((....))...)))))).))))))..)))).........(..((........))..).......))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((..(((((.(((....((((((.....)))))).(((..........))).((((...............)))).)))))))).((((((....)))))).)))).(((...........(((((......)))))........(((((........))))).......((((.((....)))))).......(((((....)))))...((((.....((((((..............)))))).....)))).............(((((........)))))....))).)))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((..(((((.(((((((..((((.....)))).(((.....))).))))))).....(((((((......)))))))..))))).((((((....)))))).)))).(((...........(((((...{{{)))))........(((((}}}.....))))).......((((.((....)))))).........(((....))).(((.((.((.....))))))).....((((.....)))).(((((.[[[[[..........)))))........]]]]]....))).)))).