CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00121



RNA: ASE_00121
Rfam family: RNaseP_arch

AGCCGAAGGGCAGCUACCGGUUUCUAUAGAUUUAAUGUCUGUAGUUAAACUGAGGAAACUCCACCCAUCGUACAGAACCGUGAUGUCUAAGACAUCUGCUGAGAGGCAGGACUCUGGAGCAGAAACGACACGUCUUCUGGUGGAUGAACAUGAAGAUCCGUUCUGAUUGACACCAGGAGGAACGGUGAAACGGCCAAUCCACGGGAUGCAAGGGUAAACACUGCCAGUGAAUCCUGUAUGAGGCAGAGGUAACUCGCAUAGAUGAAUGCUGCCACCAACAGAAGGUGGGUUACUCUCGGCA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((((((((...((((((((((((((.....))))))))..))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{..((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............((.....)).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..}}}}})))))))).....))))............))))))..........]]]]]]]].)).))))))
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..(.((((....(((((((((((((.....))))))))..)))))..((.....))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......)))).).))))).....))))..)))))..((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....))))(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...))))...))))(((((.......)))))....)..))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).......)))..((.((((((((...(((..(((((.(((..((((((....))))))..)))))).))...))).(((.(((((((((((((((((..........))))..)))..))))))))))..(((((.....(((.((((...)))).....)))...)))))...)))....))))))))))....((((((..((((......))))..(((((.......))))))))))).))))).
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((..............................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...........((((((((((((((.....))))))))..))))))....................(((((.(((((((((...)))))(((((.((((......))))..)))))......))))..)))))((((((............(((((((..(((....)))..)))))))...........))))))(((((.....(((.......))).....)))))..........(((....)))(((........)))..(((((.......))))).......))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))................((((..((((...))))((((((....))))))......................((((((((((............................))))))))))....................))))((......((.........))......))....................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((........((((((.((((((((.....))))))))...))))).)..(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((.....((((..........)))).........))))))))..)).........))).)))))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))...)))..((.((((((.(((((((((...)))))(((((.((((......))))..)))))......))))..)))))((((((............(((((((..(((....)))..)))))))...........))))))(((((.(...(((.......)))...).))))).).))...(((((....)))((((......))))))(((((.......))))).......))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..........(((...........................)))..........((((............((((((((((...)))))(((((....)))))...........................((((................................)))).......................)))))..................(((................))).......................................)))).....)).))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....))).......(((..((((((((.....)))))))).......(((....))).))).......(((((((((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....[[[[[[[[[[.................)))))).....]]]]]]]]]]...(((......[[[.))).(((((((.....((((.....)))).....)))))))....]]].((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((.........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))............................(((..((((((....))))))..)))...................(((((((([[[............[[[[[[[......))))))))]]]]]]]...........]]]...(((((.....((......{{{)).....)))))........}}}.........(((........)))..(((((.......))))).....))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((....((..((((((.......................)))))).))..((.(((((............(((((.((((...)))).(((((....))))).....((((............((((((.((((.............((.....))........)))).))))..))........))))...))))).......((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))..)))))))))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...))).))).((((((((..(((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).......((((((((((((...............[[[[[[.......)))))))))]]]]]]....))).......)))))..............((((...))))....))))))))......((((((..((((......))))..(((((.......))))))))))).))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((....))).......(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).((((.[[[[[[[[...(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...)))....((..(((.((((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....)))))).))).))..))))...(((.....)))....]]]]]]]].((.((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).))).)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.....((((.....)))).....)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...........((((((((((((((.....))))))))..)))))).......((((((..((((.....(((((..((((.......((((((....))))))..((((...))))...))))..((((((((((...((((..........)))).......)))))))))).)))))...)))).......(((((((.....((((.....)))).....)))))))....(((((......................)))))..........))))))......))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....))))).....................(((((.(((((..............................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).(((((((.........(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....(((..((((((..............(((((((..(((....)))..))))))).....((((..(((.(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...)))....))))))))))..))).)))))))..)))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).((.....)).))).)).......(((((..((((.......((((((....))))))..((((...))))...))))..((((((((((...((((..........)))).......)))))))))).)))))...........((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))))).((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.(((...((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))(((((..((((((((((.((((.((((...))))((((((.((((......)))).).))))).....))))..)))).((((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....))))))(((((.((..((((.....))))..)).)))))))))))(((((((....)))((((......))))))))..........)))))))).)))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.((((...))))..((......))((((((.((((..((((((((..))))))))((((((........))))))))))))))))((((((..))))))..(((..)))....(((.((((..((((((((((.((...((..))(((((((((..(..........))))))))...((((((((..((..))..)))))))).(((..(((((.((...........)))))))..)))))..((....((..))...))))))))))))))))))))).)))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))..................................(((((....)))))...........................................................................................(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........(((....)))........................................))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).(((((((.........(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....(((..((((((..............(((((((..(((....)))..))))))).....((((..(((.(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...)))....))))))))))..))).)))))))..)))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((............))))..((((((((.....)))))))).....((((((....((((....(((..........)))(((.....))).(((((....))))).....)))).(((((((.....)).)))))..(((.((((..........)))).......((((.........))))..........))).(((((..((..((((.....))))..))..)))))...(((..........)))((((......))))..(((((.......))))).....))))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((............)))).(((..((((.....)))).(((.....))).)))..(((.{{{{..{{{.((((..[[[[.(((.....))).(((((....)))))...[[[.))).]]].....]]]]<<<))))..>>>..........((((..bbbb))))..((((BBBB.....))))..}}}....(((.....)))....}}}}...(((.....)))....((((..(((...aaaaaaa)))((((......))))..(((((.AAAA..))))).AAA).)))....