|
|
|
AGCCGAAGGGCAGCUACCGGUUUCUAUAGAUUUAAUGUCUGUAGUUAAACUGAGGAAACUCCACCCAUCGUACAGAACCGUGAUGUCUAAGACAUCUGCUGAGAGGCAGGACUCUGGAGCAGAAACGACACGUCUUCUGGUGGAUGAACAUGAAGAUCCGUUCUGAUUGACACCAGGAGGAACGGUGAAACGGCCAAUCCACGGGAUGCAAGGGUAAACACUGCCAGUGAAUCCUGUAUGAGGCAGAGGUAACUCGCAUAGAUGAAUGCUGCCACCAACAGAAGGUGGGUUACUCUCGGCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((...((((((((((((((.....))))))))..))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{..((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((............((((((((((((............((.....)).......))))))))))..))........)))).)))))))))))...((((.....(((((...(((..}}}}})))))))).....))))............))))))..........]]]]]]]].)).))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(.((((....(((((((((((((.....))))))))..)))))..((.....))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......)))).).))))).....))))..)))))..((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....))))(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...))))...))))(((((.......)))))....)..)))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).......)))..((.((((((((...(((..(((((.(((..((((((....))))))..)))))).))...))).(((.(((((((((((((((((..........))))..)))..))))))))))..(((((.....(((.((((...)))).....)))...)))))...)))....))))))))))....((((((..((((......))))..(((((.......))))))))))).))))). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((..............................))))))))..)))........))))...)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........((((((((((((((.....))))))))..))))))....................(((((.(((((((((...)))))(((((.((((......))))..)))))......))))..)))))((((((............(((((((..(((....)))..)))))))...........))))))(((((.....(((.......))).....)))))..........(((....)))(((........)))..(((((.......))))).......))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))................((((..((((...))))((((((....))))))......................((((((((((............................))))))))))....................))))((......((.........))......)).................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((........((((((.((((((((.....))))))))...))))).)..(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...(((.............((((((((((.....((((..........)))).........))))))))..)).........))).)))))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))...)))..((.((((((.(((((((((...)))))(((((.((((......))))..)))))......))))..)))))((((((............(((((((..(((....)))..)))))))...........))))))(((((.(...(((.......)))...).))))).).))...(((((....)))((((......))))))(((((.......))))).......))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..........(((...........................)))..........((((............((((((((((...)))))(((((....)))))...........................((((................................)))).......................)))))..................(((................))).......................................)))).....)).)))))) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).......(((..((((((((.....)))))))).......(((....))).))).......(((((((((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....[[[[[[[[[[.................)))))).....]]]]]]]]]]...(((......[[[.))).(((((((.....((((.....)))).....)))))))....]]].((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((.........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))............................(((..((((((....))))))..)))...................(((((((([[[............[[[[[[[......))))))))]]]]]]]...........]]]...(((((.....((......{{{)).....)))))........}}}.........(((........)))..(((((.......))))).....))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((....((..((((((.......................)))))).))..((.(((((............(((((.((((...)))).(((((....))))).....((((............((((((.((((.............((.....))........)))).))))..))........))))...))))).......((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))..))))))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...))).))).((((((((..(((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).......((((((((((((...............[[[[[[.......)))))))))]]]]]]....))).......)))))..............((((...))))....))))))))......((((((..((((......))))..(((((.......))))))))))).))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))) |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((...(((((.........................)))))((((...)))..(((((........((((((((((...)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((......)))........))))))))..))).(...))))))).)))))))))))(..((((.....(((((................))))).....)))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))) |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....))).......(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).((((.[[[[[[[[...(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...)))....((..(((.((((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....)))))).))).))..))))...(((.....)))....]]]]]]]].((.((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).))).)). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.(((...((((((((((((((.....))))))))..)))))).(((...)))...((((...(((((.((((.((((...))))((((((.((((......))))..)))))).....))))..)))))...))))...........(((((((..(((....)))..))))))).......(((.....(((((((.....((((.....)))).....)))))))....))).(((....)))((((......))))..(((((.......)))))))).)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...........((((((((((((((.....))))))))..)))))).......((((((..((((.....(((((..((((.......((((((....))))))..((((...))))...))))..((((((((((...((((..........)))).......)))))))))).)))))...)))).......(((((((.....((((.....)))).....)))))))....(((((......................)))))..........))))))......))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((..........((((.........................)))).....(((.(((((((((........((((((((((...)))))(((((....))))).....................(((((.(((((..............................))))).))..)))...............)))))))))...((((.....(((((................))))).....))))............................)))))))).)).))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).(((((((.........(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....(((..((((((..............(((((((..(((....)))..))))))).....((((..(((.(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...)))....))))))))))..))).)))))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.(((.......((((((((((((((.....))))))))..)))))).((.....)).))).)).......(((((..((((.......((((((....))))))..((((...))))...))))..((((((((((...((((..........)))).......)))))))))).)))))...........((.(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))..))))).((((((((..((((......))))..(((((.......)))))))))).))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.(((...((((((((((((((.....))))))))..))))))((....))(((((..((((((((((.((((.((((...))))((((((.((((......)))).).))))).....))))..)))).((((((.....((.....(((((((..(((....)))..))))))).....))....))))))(((((.((..((((.....))))..)).)))))))))))(((((((....)))((((......))))))))..........)))))))).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.((((...))))..((......))((((((.((((..((((((((..))))))))((((((........))))))))))))))))((((((..))))))..(((..)))....(((.((((..((((((((((.((...((..))(((((((((..(..........))))))))...((((((((..((..))..)))))))).(((..(((((.((...........)))))))..)))))..((....((..))...))))))))))))))))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((............(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....)))..................................(((((....)))))...........................................................................................(((((((.((..((((.....))))..)).)))))))........(((....)))........................................))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((........(((((((((((((.....))))))))..)))))(((....))).(((((((.........(((..(((...(((..((((((....))))))..)))...)))...))).....(((..((((((..............(((((((..(((....)))..))))))).....((((..(((.(((((((.((..((((.....))))..)).))))))).....((.(((....)))))...)))....))))))))))..))).)))))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((............))))..((((((((.....)))))))).....((((((....((((....(((..........)))(((.....))).(((((....))))).....)))).(((((((.....)).)))))..(((.((((..........)))).......((((.........))))..........))).(((((..((..((((.....))))..))..)))))...(((..........)))((((......))))..(((((.......))))).....)))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((............)))).(((..((((.....)))).(((.....))).)))..(((.{{{{..{{{.((((..[[[[.(((.....))).(((((....)))))...[[[.))).]]].....]]]]<<<))))..>>>..........((((..bbbb))))..((((BBBB.....))))..}}}....(((.....)))....}}}}...(((.....)))....((((..(((...aaaaaaa)))((((......))))..(((((.AAAA..))))).AAA).))).... |