RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00122

RNA: ASE_00122
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.....))..(((((((...((.(((.((((((((.((((((..((((....)))).(((....((((.((.(.....(((((((((((...))))))))...))).....).)).))))....))).))))))))))))))...))).))...((.....))....))))))).............(((((((((((...((((((..(((........)))..))))))....((((((((....)))))))).......................))))))..))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((...(((...((.(((.((((((.((((((((..((((....)))).(((....(((((((....((...(((((((((...)))))))))...)).....)))..))))....))).))))))))))))))...))).)).....((..((((....((((((...(((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))..))))))..))))..)).))).(((((...(((............)))..)))))...)))))....
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((.)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))............))))))))).............((((((......................))))))...............((((((((....)))))))).....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.............(((.(((((.....))))).((((....)))).........................((((((((...))))))))............(((((.......))))).((((((((((....))))))))))...........)))(((((.....((.......(((((.......(((...)))......)))))......)))))))...((((((((....))))))))............................)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.................(((((.....))))).((((....)))).........................(((((((.....)))))))...........((((((.......))))))((((((((((....))))))))))......................((((.......(.............((.....))........)......))))......((((((((....))))))))............................)))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((.(((((.....))))).((((....)))).(((...(((((............(((((((((...)))))))))...........(((((.......))))).((((((((((....)))))))))).)))..)))))))))))))...((((.......(((((.......((((.....))))..)))))......))))......((((((((....))))))))............................)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((((((((.....))))).(((((())))))..............((.......)(((((((((...)))))))))..........)(((((.......))))).((((((((((....)))))))))).((....)).))))((((((..((((.....(.(((((...(((((((...)))..))))))))).))))).))))))...((((((((....))))))))............................)))))))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((....(...)....)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))............))))).................(((((.....((((.....))))......)))))...............((((((((....)))))))).................................))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))(((..[[[[.......))).(((((.....))))).((((....)))).......]]]](((...........((((((((...))))))))[[[[)))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))))).......]]]]...((((((..((((.......(((((....((((..[[[)))).....)))))..)))).))))))...((((((((....)))))))).]]].................................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((.....)).((((.(((((.....))))).((((....)))).(((....((((.((.......(((((((((((...))))))))...))).......)).))))....)))...((((((((((....))))))))))))))..((((.(..((((((..((((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))).)))))).)))))..(((.((.((((((((...)))))))).)).)))..........)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((((((((.....)))))..(((....((((........))))............(((((((((...)))))))))..)))......(((((.......))))).((((((((((....))))))))))..........))))........((((.......(((((....((((.....)))).....)))))......))))......((((((((....))))))))............................)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.........(((((((.........((((((((((...)))))))(((......))).........(((..........(((((.((((.....)))).))..)).).....((((((.......))))))((.((.((((....)))).))).).))).......).))))).....(((.....((((((.......((((((...))))).))))).)..)..))).....(.(((((.((....)).))))))............))))..............))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((..((.....))..(((.(((((.....))))).((((....)))).........................((((((((...))))))))............(((((.......))))).((((((((((....)))))))))).((....))..)))((((((..((((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))).))))))...((((((((....))))))))............................)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.......(((((.(((((((((.....))))).(((((..)))))...........(((..........(((((((((...)))))))))...)))....((((((.......))))))((((((((((....))))))))))((((..))))))))[[[[[[..[[[[.......[[[[[...[[[[[...))))).]]]]]]]]]]..]]]].]]]]]]...((((((((....))))))))............................)))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..(((.aaaaaaaaa(...cc..))(((((((....eeeeee.eeee.)))))))........bbbbbb......b()))((((((((BB.))))))))...EEEE....(((((()C.....)))))B((((((((((BB..)))))))))).BB)).(((((((((dddd(..<<(.fff(.{{..CA.{{{{{{...AAAAAAAA.{{{..)))))))))..)}}}F.((.[[[[[[[[))..]]]]]]]])FF..((..>>D)))DDD.....}}}}}}EEEEEE}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))...)))..))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)............((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))...)))..))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)............((.(....).)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((((...((.(((.(((((((.(((((((..((((....)))).(((....(((((((........((((((((((...)))))))).))........)))..))))....))).))))))))))))))...))).))...((.....)).[[[)))))))....]]]......(((((((((((...((((((..(((........)))..))))))....((((((((....)))))))).......................))))))..))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((.(((((.....))))).((((....))))........(((.............(((((((((...)))))))).)..........[[[[[)))....]]]]].((((((((((....))))))))))...........)))((((((..((((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))).))))))...((((((((....))))))))............................)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............((((.(((((.....))))).((((...(((((........)))))...........(((((((((...)))))))))..))))....((((((.......))))))((((((((((....))))))))))))))..........((((((..((((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))).))))))...((((((((....))))))))............................)))))....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..............................................(((......((...............))..((....((....))....))..........))).....)))..............................................................(((...((....))...))).....................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((((...((.(((.((((((((.((((((..((((....)))).(((....((((.((.(.....(((((((((((...))))))))...))).....).)).))))....))).))))))))))))))...))).))...((.....))....))))))).............(((((((((((...((((((..(((........)))..))))))....((((((((....)))))))).......................))))))..))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.........((........)).((((.(((((.....))))).((((....)))).(((....(((((((........((((((((((...)))))))).))........)))..))))....)))...((((((((((....))))))))))))))...))).(((((((((..((((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))).)))))....((((((((....))))))))...........................))))......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))((((........((.(((.(((((((.(((((((..((((....)))).(((....((((.((.(.....(((((((((((...))))))))...))).....).)).))))....))).))))))))))))))...))).))..(((((..(((.((..((((((..((((.......(((((....((((.....)))).....)))))..)))).)))))).)))))..(((.((.((((((((...)))))))).)).))).........))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.((..((((((..((((((..)).)))).(((((..)))))..).)))))..(((...((.((.(((((((((((..((((((.(((((..(((.((..)).)))..).)))).)(((((((((((..)))))))))))......(((..)))((.(((...).)))).....((((......).)))...)))))..))).................))))((((((....))))))..)))).)).))....))).).).))).).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................(.........(........)....(......).....).....(.....)...........((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))............((.(((.(((((((.(((((((..((((....)))).(((....((((.((..........((((((((...)))))))).............)).))))....))).))))))))))))))...))).))....................................(((((....((((.....)))).....)))))................((((((((....)))))))).....................................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((((...((.(((.((((((((.((((((..((((....)))).(((....(((((((........((((((((((...)))))))).))........)))..))))....))).))))))))))))))...))).))...(((....)))...)))))))..((((((.....(((((....((((.....)))).....)))))...)).))))......((((((((....)))))))).............................))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((...............(((((.....))))).((((....))))........)))).(((.......))).(((((.....)))))...(((((......(((((.......))))).((((((((((....))))))))))......))))).(((........))).......(((((....((((.....)))).....))))).((((................(((....))).(((((........))))).............))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((............(((..(((((.....))))).((((....))))......[[[(((.(((.......))).(((((.....))))).....)))......(((((.......))))).((((((((((....)))))))))).)))..((((..(((]]].....))).......(((((....((((..{{{)))).....)))))........}}}....))))..(((....))).(((((........)))))..............)))))....

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