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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGAGCAGGGUGAUGGCUAACGACCAUCCACGGUGACGUGCGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGUCUUCGCCCCGGCUUCGGUCAGGGCGAAGGGUGAAACGCGGUAACCGCCACCCGGAGCAAUCCCAAAUAGGCAGACGAUGAAGCGGCCCGCCGAGUCUGCGGGUAGGGAGCUGGAGCCGGCCGGUAACGGUCGGCCUAGAGGAAUGGUUGUCACGUUCCGGGCGCGGCAAGCUGCGGGCGCACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((....))))))))))))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((.......)))))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((............((((((....).)))))((((....)))).)))...(.(((.........(.(((((((((.(((....))).))))))))).)....((((((..((((..((((((((....((.....))..((((((.(....((((((.......))))))......((((.((((((((....)))))))))))).....).))))))..)))))))).))))...))))))))).)......))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((.......)))))((((....)))).........((..................(.........)...........(((((....().........)))))...))............((((((......(((...)))...))))))...............((((((((....))))))))...((.(......).))............................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((.(((((((((....)))))))))..))..................))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))............................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((............((((((((((.....))))))((((....)))).........(((...............(((((((((....))))))))).............))).......))))...((..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))....................................................))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).....(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((((.(((....))).))))))))).(....((((((..((((..((((((((..((((......((((((......((.....))...)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))...............)))))))).))))...)))))).....)......)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((......))......(((((.......)))))((((....))))........................(((.((((.(((....))).)))).)))...........................((..((((......((((((......((.....))...)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))..................(.......................)................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((.......))))(((((....)))).).....(((((...........(((((((((.(((....))).))))))))).........)))..))..)))))))))...((((......((((((......((.....))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((.((((((.......))).)))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....))))...(.(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((((.(((....))).)))))))))(((...((((((..((((..((((((((..((((..((..((((((......(((...)))...))))))..)).)))).((((.((((((((....))))))))))))...............)))))))).))))...))))))....)))....))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........................(((((((((((...)))))).((((....))))...........................(((.(............).)))....(((...))).........))))).................(((((......(.........)...)))))...............((((((((....))))))))...........................................................). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(((((.(((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...............(((((............))))).............))).......)))))))((..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....))))))....((((((((....)))))))).......................(..................).........)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((.((((...(......)...))))..)).).......))).......)))))))))...(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(..((((.((....)).)))).)............................................................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(...(((((((...)))))))((((....))))...........................................................................))))))...((((.((..(((((.((......((....)).)))))))..)))))).....(.((((((((....))))))))).................(((((.....)))))............................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....)).......(.(((((.....((...((((....)))).)).....))))))..........((((((((.(((....))).)))))))).(((...((((((..((((..((((((((..((((......((((((..((..(((...))))).)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))......(.....)..)))))))).))))...))))))....)))....)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((....)))).(((((((((.......))))).........(((((.........(((.........(((((((((............))))))))))))....((((...))))..((((((((..((((......((((((.......((((..)))).)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))...............))))))))((((((..))))))..)))))...))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((............(((((.......)))))((((....))))........................((((((((.(((....))).))))))))((((....((((...)))))))).))))...((((......((((((..((..(((...))))).)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))..........(((..((((...((((.(((...)))..))))...))))..)))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))...((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........(((............((((((........))))..))................)))......)))))))))...((((......(((........................))).....))))........((((((....)))))).....................................((.......))..........).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((((........)))))))..)).))......)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).)))).)..(.((((((((....)))))))))..............................................(.......)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((...((.........((..((((((........))))))...)).)).....).....)))))))))))))(..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))..............................................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...................................................(((...............))).....)))..........................................................(((...((....))...)))............................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....((.....((((((.....))))))((((....)))).........))................(((((((........)))))))...((((...............)))).))))...((((..((..((((((..................))))))..)).))))......((((((((....))))))))....................................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((............((((((....).)))))((((....)))).)))...(.(((.........(.(((((((((.(((....))).))))))))).)....((((((..((((..((((((((..((((..((..((((((.......(((....))).))))))..)).)))).((((.((((((((....))))))))))))...............)))))))).))))...))))))))).)......)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((............((((((....).)))))((((....)))).)))...(.(((.........(.(((((((((.(((....))).))))))))).)....((((((..((((..((((((((..((((..((..((((((.......(((....))).))))))..)).)))).((((.((((((((....))))))))))))...............)))))))).))))...))))))))).)......)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((........)).((.(((((..((((....(((((..)))))(..))))))))))))..(((..)))((((((((((((..))))))))))))((((((((((((((..(((.(.((((((((((((((.((..((((((((................))))))))..)))))).....((((((((((..)))))))))).(((..)))..))))(..).)))))).))))..).)))))))).)))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................(...................)...........(((...)))................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................(...)..(..(......................................(.(..).).........)..).....(((..............))).....((........))............................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((.................((((....)))).......................(((((((((.(((....))).)))))))))......((((((..((((..((((((((...............((((((.(....((((((.......))))))......((((.((((((((....)))))))))))).....).))))))..)))))))).))))...))))))..........))))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((.......)))))((((....)))).((.......))............((((((((.(((....))).))))))))........((((...)))).)))))))))..((((......((((((......(((...)))...)))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))..............(((.((((((.......))).))))))................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((....)))))...((((.((((..(((((.....((...((((....)))).)).....)))))...........((((((((.(((....))).)))))))).(((...((((((..((((..((((((((....((.....))..((((((......((((((.......))))))......((((.((((((((....)))))))))))).......))))))..)))))))).))))...))))))..))).....)))).)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....)))).....(((((.......))))).(((....))).))))...((((....((((....)))).))))..(((........)))...(((((...............))))).......((((......((((((..................)))))).....)))).((((.((((((((....)))))))))))).((((((.......)))))).(((((((....))))(((.........))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.((((....)))).....(((((.......))))).(((....))).))))...((((...........))))[[[[[[...)))).....]]]]]].(((((....(((.....)))))))).((((..((((......((((((.........<<<......)))))).>>>.)))).((((.((((((((....)))))))))))).((((((...{{{.)))))).}}}((((....))))(((.........))).)))). |
