RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00125

RNA: ASE_00125
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUACGGGCUCCAUAGGGCAGGGUGUUGGCUAAUAGCCAUCCACGGCAACGUGCGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGUCUUGCCAUCGGGUUCGCCCGAUGGGAAGGGUGAAACGCGGUAACCUCCACCUGGAGCAAUCCCAAAUAGGCAGGCAUUGAGGCGGCCCGCUGAGCCUGCGGGUAGGGAGCUUGAGCCGGUCGGUAACGACCGGCCUAGAGGAAUGAUUGUCACGUGCCGGCAACCGCAAGGAAGCCGGCGCGCACAGAACCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((((((....))))))))))))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((((....))))))))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((.((((.((.....(((((.(((((((((.....((...((((....)))).)).....)))).........(.((((.((((((((....)))))))).)))).)..))))).....((((......((((..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))...)))).....))))).(((((((((..((....))..)))))))))....)).)))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(.(((((...))))).)((((....))))..........................(.((((((........)))))).).(((((...............)))))..(((..((((......((((((...(..(((...))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.((((....)))).(((...(((((...)))))))).......)))))......(((((...((((....)))).((((((((....))))))))...((((.....(((((..((((......((((..((((......((((((.((..((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...))))....)))))..(((((((((..((....))..)))))))))......))))))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((.(((((((((....)))))))))..))..................))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........((.............((((((((((.....))))).((((....))))..........(................(((((((((....)))))))))..............).......))))).......((((......((((((..................)))))).....))))......((((((((....))))))))........................................................))......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.((((((((..............(((((...)))))..((((....))))........................(((.((((((((....)))))))).)))........................))))(..((((......((((((.....((....)).....)))))).....))))).....((((((((....))))))))..............((..(((((((((..((....))..))))))))).))....)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................(.((((.....)))).)((((....)))).......................((((.((((((((....)))))))).))))..........................((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))))..(.((((((((....))))))))).................(((........................)))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.((((((((........(((((.((((.....)))).(((((....)))).)((...(((((...........((((.((((((((....)))))))).)))).........)))..)))))))))))))...((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((((..((....))..))))))))).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.(((((((((..((...(((.(.(((((...))))).)((((....))))..........((...........((((.((((((((....)))))))).)))).........))...)))...)))))))(..((((..((..((((((...(.((....)).)...))))))..)).)))))((((.((((((((....)))))))).).))).......(((..(((((((((..((....))..))))))))).)))...)))))))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(.((.((((......)))).)).)...(((...))).........))))).................(((((....................)))))...............((((((((....)))))))).............................................................)).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..........((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............(.(.(((((..........))))))..)..........)))......)))))))))....(((......((((((.....(((.....)))..)))))).....))).......((((((((....)))))))).....................(((..................)))..............)))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((.....[[[[[[[...(((((...)))))..((((....)))).......)))))...........]]]]]]]((((..(((((((..[[[[[.)))))))...))))...((((....))))...]]]]](((..[[[[[[)))..((((...))))..]]]]]]((((.(((..(((..((((((((....))))))))...)))......((((..(((((((((............))))))))).))))..))).)))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.(((((((((...((.(((.(((.((((.....((...((((....)))).)).....))))))).........(((.((((((((....)))))))).))).(((...))).....)))))...)))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))......((((..(((((((((..((....))..))))))))).))))..)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.((((((((..............(((((.....((...((((....)))).)).....)))))..........((((.((((((((....)))))))).)))).......................)))))..((((......((((((......((.....))...)))))).....))))......((((((((....)))))))).............((...(((((((((..((....))..)))))))))..))....))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........((..((.((.(.(.....)).)).))..)).........))).......)))))))))...(((...(..((((((....(((((...))))).))))))..)..))).....(..((((.((....)).)))).)...............................................................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.............((((((...)))))).((((....))))............................(((((..........)))))............................)))))...(((......((((((.((..((((...)))))))))))).....)))..(((.(((((((((....)))))))).).))).............((........)).................................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.(((((((((...((.(((....(((((.....((...((((....)))).)).....)))))...........(((.((((((((....)))))))).))).(.(...).).....)))))...)))))...((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...))).......(((..(((((((((..((....))..))))))))).)))...)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((((((.....(((((....(((((...)))))..((((....)))).......(((((...(((((..))))).(((((((((..)))))))))............[[[[[..((((..((((.................))))....)))).)))))......)))))......)))))))).((((((((....))))))))..................(((((((((.]]]]]......)))))))))................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((((........)))))))..)).))....())))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....(((.....)))..))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((((........)))))))..)).))....())))..))))))))))))))..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)........................................(.(....)).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((((........)))))))..)).))....())))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....(((.....)))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((((........)))))))..)).))....())))..))))))))))))))..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)........................................(.(....)).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((..((((((........))))))...)).))....())))..)))))))))))))(..((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))..............................................(.(....)).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.((((.((.....(((((.(((((((((.....((...((((....)))).)).....))))...........((((.((((((((....)))))))).))))....))))).....((((......((((..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))...)))).....))))).(((((((((..((....))..)))))))))....)).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.(((((((((...((.(((.((.(((((..........((((....))))........))))))).........(((.(((((((([[[[)))))))).)))..]]].]........)))))...)))))...((((......((((((.((..((((...)))))))))))).....)))).(((.(((((((((....)))))))).).)))......((((..(((((((((............))))))))).))))..)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((...............(((((...)))))..((((....)))).......)))))........(((((...((((((((....))))))))...((((.....(((((..((((......((((..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....))))))))..((((((((....))))))))...))))....)))))..(((((((((............)))))))))......))))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((...........................(((((.....))))).((((....))))......................................................................))..................................................................(((...((....))...)))................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.........((.((((((((((.....)))))(((((....)))).).......(((...........(((.(((((((........)))))))...))).......)))......)))))...))..((((.................(((.....))).....(...)...))))......((((((((....)))))))).......................................................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.((((.((.....(((((.(((((((((.....((...((((....)))).)).....)))).........(.((((.((((((((....)))))))).)))).)..))))).....((((......((((..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))...)))).....))))).(((((((((..((....))..)))))))))....)).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.......((((((((...(((....(((((((((.....((...((((....)))).)).....))))...........((((.((((((((....)))))))).))))....)))))......((((....))))....)))......((((((.....((((...))))..))))))......)))))))).((((((((....))))))))............)).((.(((((((((..((....))..)))))))))....))..........
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.((((.(((.(((..(((((((((((((.....((...((((....)))).)).....)))).........(.((((.((((((((....)))))))).)))).)..)))))((......)).))))((((..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))))))..((((((((....)))))))))))..)))....((((..(((((((((..((....))..))))))))).))))..)))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.(((((.((........))(((((((((...)))))).)))(((((((((...........))).(((((..)))))..(((((((((((((((......)))))))))).)).....(((((..)))))..(((((.((..(((((((.(...............))))))))..)))))))((..))((((((((..)))))))).((...)).))))))))).((((((((((((((..)))))))))))))).....).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................(....(....(...................................)....).......................................).......................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................(.....)....(...........(..........)...)................(...((((((((....))))))))..)...............((((((..................))))))................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((........................((((.....((...((((....)))).)).....))))...........((((.((((((((....)))))))).))))..............................((((......((((((.....(((.....)))..)))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((((..((....))..)))))))))...........)))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((........((...(((((...)))))..((((....))))..........((...........((((.((((((((....)))))))).)))).........)).........))))))))..((((......((((((.....((((...))))..)))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))............(((((((((..((....))..)))))))))................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((.((((.((.....(((((.(((((((((.....((...((((....)))).)).....))))...........((((.((((((((....)))))))).))))....))))).....((((......((((..((((..((..((((((.....((((...))))..))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))...)))).....))))).(((((((((..((....))..)))))))))....)).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((....((((....)))).((((..((((.....))))..((((....)))).......((((...........)))).(((.(((((....))))).((((..(((...........)))(((....)))....)))).....))).((((...((((.((((((.......)))))).....))))..((((((((....)))))))).............)))).(((((((((............)))))))))......)))).)))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..((((....))))...))).((((.....))))..((((....))))........((((...((((....)))).((((((((....))))))))...(((......(((((...((((....))))((((........{{{{{{{)))).(((..[[[)))...((((.]]]))))..}}}...((((((((....)))))))).............}}}}.<<<<<<<<<.)))))......>>>>>>>>>.......)))))))..

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