RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00126

RNA: ASE_00126
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((.....)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))...((((.....((((((...((((.]]]])))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.(((...((((.(((.(((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........(((((((.....)))))..))..(((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))).))))...))).))).((((..((((..((.(((((((...((((...)))))))))))..)).))))))))..)))).(((....)))..((((.........))))...........))))))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((.....(.............(((((.........)))...))......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).).........))))))))))))..((((......(..(....(((.......)))...).).....))))......((((((((....)))))))).....................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((((((((...((((((..(((((((...)))))))..((((((((((.((.....(((..........((((((........)))))).((((((...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))...)))...)).....(((((((...((....))...))))))).))..))))))))...))))))...((.....((((.........))))..))..))).))..)))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((((((((((.....))))).((((....)))).......................((((((((...))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))).......((((.....((((((................)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..(((......))).))).(((((((...)))))))((((....)))).....................(...(((((.....))))))....((((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)))).........((((..((((..((((...(.(((((((...((....))...))))))).)...))))))))..((((((((....)))))))).......))))(((.(((.......)))...)))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((((........)......(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((.....)))))..((((((...((.(((.......))).)).((((((((....)))))))).............)))))).((((..((((.....((((((...((((.....)))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............................)))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((.....)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....)))..)))))))))))))...((((.....(((((((..............))))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).))))(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((.....)))))..))(((((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)))))........((((..((((..((((...(.(((((((...((....))...))))))).)...))))))))..((((((((....)))))))).......))))(((((((.......))))..)))...
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((((............(((((((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((.....)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))).((((..((((.....((((((...((((.....)))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............................)))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...[[[[...))))...]]]].(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((.....))))).....((((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))...))))))).((((..((((.....(((((((...((((...))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..........((((((((.......))))..))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((........((((((((..(...((((((.((((....)))).((....................))(((((.....)))))..((((((...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))).((((..((((.....(((((((...((((...))))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))))))))))..))).))))).......))))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((([[((........)).))))(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((.....)))))......((...((((((.......)))))).((((((((....))))))))..))................((((..((((.....(((((((...((....))...))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..........((((((((.......))))]]))))..
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((.(((........(((((((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........((((((((..).)))))..))........(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).)....))))...))))))))))....((((.(.(.(((((((...((((...)))))))))))..)).))))......((((((((....))))))))............(((.(....).)))..)))))))..
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((......))).(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((.....)))))..))..(((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))).))))...))).))).((((..((((.....(((((((...((((...))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...............(((.......))).))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........(((....((((((((...)))))))).((((((((..........(((..........((((((........)))))).((((((...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))...)))..(((.....((((((...(((((...))))))))))).))).))))))))..((((((((....))))))))...........)))..............)))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).(((....((((...........(((((.((((......)))))))))...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....))))..)))))))))))))..((((.....((((((...(((((...))))))))))).....))))..(((.((((((((....)))))))).)))......((((((((.......))))..))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((...))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))))))))..)..)))..))))))))))))))..((((.(...((((((...((((.....))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)............((.(....).)..).
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PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((........((((((((...))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))))))..)..)))..))))))))))))))..((((..((.((((((...((((.....))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).............(.......).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........((.(((((...)))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))).).......)))))))))))))(..((((.....((((((...((((.....)))))))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))...................(.......).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.....[[[[[))))....(((.(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((.....)))))..))..(((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))).))))...))).))).((((..((((..((.((((((...(((((...)))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))...........)))..............]]]]]....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((((....)))).(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((.....))))).....((((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))..))).)))).((((..((((.....(((((((...((((...))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...............(((.......))).))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((........((((...))))........((((..((((....)))).........................(((((.....)))))..((((((...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............(((((..((((..((((.....((((((...(((((...))))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).......))))))))))).....)))).)))))....
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)))))))))))))...((((.....((((((................)))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...((((.(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((.....)))))..))..(((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))).))))...))).))).((((..((((..((.(((((((...((((...)))))))))))..)).))))))))..))))((((....)))).((((.........))))...........))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((..((((....)))).))))(((((((...)))))))..((((((((((.((.....(((..............(((((.....)))))..((((((...((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))...)))...)).....(((((((...((((...))))))))))).))..))))))))...(((((((....)))))))))).(((...((..(((...))).))..))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.((((((.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((............(((((((.....)))))..))(((((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))...)))))))...))..((((..((.((((((...(((((...)))))))))))..)).)))).)))).((((((((....)))))))).......)).))))((((.......)))).)))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((.(.((...((((((((........(((((.......)..))))(((.......(((..((..((((((........))))))..))((((((((((((((...))))))))).((((((((..)))))))).))))))))........)))...((((.((((((..((((((((((((....))))))))))))..))))))...))))(((((((......)))))))(((..))).))).)))))....)))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................((.......))..
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................(.(.....).).....(.....).........................(...(..........(..................).......).........)...(((((...)))))................((...((((((((....))))))))..))....................((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((............(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.............(((((.....))))).....((((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))...))).))).((((..((((.....(((((((...(((.....)))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............................)))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((((((((....)))).(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.........(((((((((.....)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....))))...))).))).((((..((((.....((((((...(((((...))))))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).............................)))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...((((.(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((.....)))))..))..(((..((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))).))))...))).))).((((..((((..((.(((((((...((((...)))))))))))..)).))))))))..))))((((....)))).((((.........))))...........))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..(((......))).))).((((((.....))))))((((....)))).(((.................(((((((((.....)))))...))))....((((((.......)))))).))).((((....)))).(((((........)))))...........((((.....(((((((...((....))...))))))).....)))).....((((.((((....)))).((((.........)))).(((.......)))...))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((..(((......))).))).((((((.....))))))((((....)))).(((...................(((((.((((......)))))))))...((((((.......)))))).))).((((....)))).(((((........)))))...........((((.....((((((....(((.....))).)))))).....))))....(((((.((((....)))).((((.........)))).(((.......)))...))))).

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