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GAGGAAAGUCCGGGCUCUACAGAGCAAAGUGGUGGAUAACUUCCACCCGGGGCGACCCGCGGGAAUAGUGCAACAGAGAGUAAACCGCCAAAAGAAAUUUUGGUAAGGAGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGCAUUGCAAGUGAUUGCAGUGGCUAUGCAAACCCCACUUUUGAGCAAGAUCAAGAAGUUGCAAGCAAUUGCAAUGGAGUGAAUGUUUGAGAACUGCUCGUUCGAGUUCACAGGUAGAUCGCAUGACAUAUGUAGCAAUGCAUAUGCAAGAUGGAUGAUUGUCCCUCAGCAAUGAGGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))).))))...((((....((((((((....))))))))..((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((....)))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((((....(((((((((.((.....((((.(.((((....)))).)))))...((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).))))..)))))))))...))..((((.....(((((((....)))))))...((((((...((((.....)))).....)))))).....))))...((.((((((((....))))))))))...))))...((((((.(((....)))))))))..))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...((((.((((((.((.....((((...((((....))))..))))...((((............(((((((((....)))))))..))(((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))).))))..)))))))).((((((...(((((..(((((((....)))))))..........)))))....)))))).....)))).......((((((((..((((((((....))))))))....)))..)))))...(((((....)))))..))).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................(((((((....)))))))............................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).)))..................................((((((.....................))))))...............((((((((....)))))))).............................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.............((((((((((.....))))).((((....))))...........................(((((((....)))))))............((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))........((((..........................((((((.......((.......))...)))))).....))))......((((((((....))))))))......................................)))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).....((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..................((((......))))...(((((((....)))))))....((((.......................))))................((((((((....)))))))).............(((.(((((....))))))))....)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((((((((.....))))))((((....))))...........................(((((((....)))))))............((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...........))).....((...(((.....(........................((......((((.....))))..))...).....))).))....((((((((....))))))))..................((((....))))................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)......(((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))..)))))..)))............(((((((....)))))))...((((((......((((.....))))..))))))...............((((((((....)))))))).................(((((....)))))......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....))))..(((((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((((....)))))))..))........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)............)))(((((......)))))..(((((((....)))))))...((((((......((((.....))))..))))))..........(..(.((((((((....))))))))).....).....((((.(((((....)))))))))...)))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.(((((((..(.(.........((.........)).))..............(((.(((((...(...))))....)).(((.(...))))...............((((((.......)))))).((..((.((....)).))))................))).....................(((.(.........................................))))...............((((((((....))))))))..........))))))).......................))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)........(((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))......))))).))))...((((.....(.(((((.......................(..((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....)))))))).....................................))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((...((((....)))).....((((((.....))))))[[[)))...]]].(((.....((((..............(((((((....)))))))....(((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))).))))...))).(((.[[[[[))).(((....(((((((....)))))))....)))........((((.....))))..]]]]]..(((..(((.(((..((((((((....))))))))....))))))..((((((.(((....))))))))).)))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))......((((((.....))))))((((....)))).(((.....((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).))))...)))..((((((......)))))).(((((((....)))))))...((((.((((((.(((((.........))))).))))))..)))).((.((((((((....))))))))))..........((((((.(((....)))))))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............((((((((((.....))))..((((....))))..........((.............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)).....))))))...........((....(((((((....)))))))....)).............................................((((((((....)))))))).............((((.((((....))))))))...)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))...........(((...........(((((((.((....)).))))..))..)......(((((.......)))))...((((.(((....))).))))....))).......))))).))))...(((...(.((((..(..........(..............((((((...)))))).))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........................................).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((.............((((((...))))))..(((....)))...........(((............((((((((......))))))..)).........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..)))............)))))...(((..((.(((.(.(....).............((.....((((((...)))))).))))))..)).)))..((.(.((((((((....))))))))).)).....................................).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))......((((((.....))))))((((....)))).(((.....((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...)))..((((((......)))))).(((((((....)))))))...((((((...((.(.....).)).....)))))).......((.((((.((((((((....))))))))))...))))...(((((.((((....)))))))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((..........((((((.....))))))((((....))))(((......[[[[[[..........)))((((((....)))))).............((((((.......))))))..(((((((....(((((.((((...........))))((((((......)))))).]]]]]].))))))))))))..(((((.............((((..)))))))))..)))))........((((((((....))))))))............((((((...........))))))..))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................(((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((..................))).......................(((.((...((((((......((((.....))))..))))))......)).)))...((((((((....))))))))............(((((.((((....)))))))))..)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((.((.........(((((((((....)))))))..))..))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(........................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).....................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((.((.........(((((((((....)))))))..))..))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((..........................((((((......((((.....))))..)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)...........................((........)..). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((.((.........(((((((((....)))))))..))..))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.........................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((.((.........(((((((((....)))))))..))..))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((..........................((((((......((((.....))))..)))))).....)))).)(.(.((((((((....))))))))).)............................((........)..). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....((.((.((.........((.((((((....))))))...))..))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))...))))))))).))))(..((((..........................((((((......((((.....))))..)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...........................((........)..). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((....(((((((((.((.....((((...((((....))))..))))...((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..)))))))))...))..((((.....(((((((....)))))))...((((((...((((.....)))).....)))))).....))))...((.((((((((....))))))))))...))))...((((.(((((....)))))))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((([[[.)))......((((((.....))))))((((....)))).(((.....((((..............(((((((....)))))))............((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))...)))..((((((......)))))).(((((((....)))))))...((((((...((((.....)))).....))))))..]]].(((.((((.((((((((....))))))))))...)))))..(((((.((((....)))))))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((....)))).....((((((.....))))))((((....))))((((....((((...............(((((((....))))))).(((((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))......((((.....(((((((....)))))))...((((((...((((.....)))).....)))))).....))))))))..((((((((....)))))))).................(((((....)))))......))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))................(((((((((.....))))).((((....))))..............................................................................((....((....))....)).............)))).......................................................................................(((...((....))...))).............................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.....((.((((((((((.....))))).((((....))))..((.....((((..............(((((((....)))))))............((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))))....))............................................((((.....))))........)))............((((((((....)))))))).....................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((....(((((((((.((.....((((.(.((((....)))).)))))...((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..)))))))))...))..((((.....(((((((....)))))))...((((((...((((.....)))).....)))))).....))))...((.((((((((....))))))))))...))))...((((((.(((....)))))))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((........((((....)))).....((((((.....)))))).(((....)))..(((.....((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..)))).(((..((((.....(((((((....)))))))...((((((...((((.....)))).....)))))).....))))...((.((((((((....))))))))))....((....((((((.(((....)))))))))...)).))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((.((((.((((((((((.....))))))((((....)))).(((.....((((............(((((((((....)))))))..))(((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))).))))...)))))))((((((....(((....(((((((....)))))))....)))......(((.....)))))))))))))....)))))((((.((.((((((((....)))))))))).).)))....((((.(((((....)))))))))..)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((....((((((((((........))))).(......)(((..)))...)))))...).)))..((..(((((((((..)))))))))..))(((((((((((((((...)))))))).(((((((((....)))))))).)...((((((((((((.(((..(((..((..))..))))))(((..))).....)))))).))))))(((((...))))).)))))))(.((.((((.(.((.((((((((....))))))))))))))))).)..((((.((((....)))))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................(.................................).............(..............)........((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((...(.((..(.......)..)).)....(...)..........(...(.........(..(.(.(.........).)..).....)..)....(.(.......).)..(......)......)....((((.....))))..................(....((((((((....))))))))...)......)..)................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......((((..(((((.((......(((...((((....))))..)))....((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))))))).(..(((....(((....(((((((....)))))))....)))..)))..).....))))........................((.((((((((....))))))))))..........(((((.((((....)))))))))..)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....)))).....((((((.....))))))((((....)))).(((.....((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...)))........((..((((.....(((((((....)))))))...((((((......((((.....))))..)))))).....)))))).((.((((((((....))))))))))...........((((.((((....))))))))....)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(..(((....(((((....((((((.....))))))((((....)))).(((.....((((............(((((((((....)))))))..))........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..(((..((((...(((....(((((((....)))))))....))).))))..)))..)))))....)))..)...(((..(((.((((.((((((((....))))))))))...)))))..((((((.(((....))))))))).))).))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....)))).....((((((.....)))))).(((....))).))))....((((...............(((((((....)))))))............((((((.......)))))).)))).((((....)))).((((...........)))).(((((......)))))..(((((((....))))))).(((......)))..((((.....))))..((((...........((((.((....))....))))....((((.........)))).(((((....)))))...))))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....))))..(((<<<.....)))(((>>>((((....))))..)))...((((...............(((((((....)))))))............((((((.......)))))).)))).((((....)))).((((.{{{{{.....))))((((((......)))))).(((((((....)))))))...((((((...((((..[[[)))).....))))))...]]]...}}}}}.((((((((....))))))))............((((((.(((....)))))))))...)))).... |
