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GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUCGACAUACGGUGCCGGAUAACACCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAACGAACCGCCUUCACUCCGUGAAGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUUUCUAGCAAUAGAGACGGCAUGGCAAACCCCACCGGGAGCAAAACCGAAUAGGGACGGCACAGUGGAAAGUUCGCUCUCGGGCGAUAACUCCGCGGGGCGAUGUCAGGCCCGCUGUCCGGGUAGGUUGCUUGAGGCGCAAGGUAACUUGCGUCCCAGAGGAAUGGCCGUCACGUCUGCGUGGUGCGAACCAUUCAGGCCCUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...(((((..(((((....)))))......))))).(((((.]]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((((((((....))))))))))).))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.((....(((...(((.(((((.......))))).(((....)))..(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).)))..((((..(((..((..(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))))))))))..)).)))))))((.((((((((....)))))))).))...........)))..(((((.(((((....))))).)))))......)).))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.......)))))((((....))))........................(((((((((.....)))))))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((....(((..((((((((((.......)))))..((((((((((.(((....(((((...........((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...)))..(((........))).....(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))))))))).))..))))))))..((((((((....))))))))...........)))))...))).(((((((....)))))....))......)).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............(((((.......)))))((((....))))..................................................................................................................)))))................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((......................................................))))))...............((((((((....))))))))............................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((...))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((.....................................(((((......))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))............................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((.((.((((.....))))(((((.......)))))((((....))))........(((((...........((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...........................(((((((...(((((....(((((....)))))....)))))(((...........))))))))))............((.((((((((....)))))))).))................(((((.(((((....))))).)))))......)).))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(..............(((((.(...).)))))((((....)))).(((....((((............((((((((.......))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...))).....)((((..(((......(((((((...((((.....((((......)))).....)))).((((........))))))))))).....))))))).(.((((((((....)))))))).).................(((((.(.(((....))).).))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........(((((((((.......))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))).............(((((((........(...(((((((((((.......)))).)))))))..)....((((.....))))............((((((((....))))))))...........)))))).)(((((.(((((....))))).))))).........)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((((((.....)))))........(.(((((.((((....)))).(((....(((((...........((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).))))).)(...(((......(((((((...(((((....(((((....)))))....)))))(((.(.......).)))))))))).....))).)((((.((((((((....)))))))).)).)).............(((((.(((((....))))).)))))......)).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((((.......))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((.........(......................).......................)))))...............((((((((....))))))))............................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((............(((.........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.((.(...).)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))((..((((......(((((((.....................................(((........))).))))))).....))))))....((((((((....)))))))).......................................................)).).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[[[..)))..............]]]]]]....(((((.((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).)))))...............(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))))))))))..(((((...(((..((((((((....))))))))...)))....[[[[[....(((((.(((((....))))).))))))))))......]]]]].. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((((.....)))))((((.......)))).((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...)))..(((........))).....(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))))))))).(((..(((.(((..((((((((....)))))).))..))).))).)))((...(((((.(((((....))))).)))))...)).)).)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................(((((.......)))))((((....)))).(((....(((((...........((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).......((............(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))))))))))..<<<<<..))....((((((((....))))))))......(((((..((.(((({{{.))))[[.)).]])))))}}}.>>>>>....)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((.......))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..(((((((.......(.(....(...(.............(............)..)))))))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).............................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((....((.(((((((((.........(((((((((((...))))))).(((....)))..(((....((((............((((((((((...))))))))..))......(((((((.(...).)))))))((((((((....))))))))....))))...))))))))))))...(((((.(..(((((((...(((.(....((..........))).....))).(((((.....).)))))))))))..)))))).....(.((((((((....)))))))).)............(((((......)))).....).....)).))))..........)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((((.....)))))((((.......)))).((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...)))..(((........))).....(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))))))))).(((..(((.(((..((((((((....))))))))...))).))).))).....(((((.(((((....))))).)))))......)).)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.........(((((((((.......))))).((((...(((..)))....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))..)))))))))))).............(((((((...(((((....((((((..))))))....))))).((((........)))))))))))..(((((..((((..((((((((....))))))))......((((((.((((((((..))))))))....)))))))))))))))....))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((..........)).(((((.......)))))((((....)))).(((....((((............((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))..)))......((((..((((......(((((((......((....((((((((((.........))).)))))))..))......))))))).....))))))))..((((((((....)))))))).....................(((.(((((....))))).)))...........)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.....................................(((((......))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......................................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....................................(((((......))))).))))))..)).)))).)..(.((((((((....)))))))))................................................(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....................................(((((......))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......................................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....................................(((((......))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).......................................(.......)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((.....................................((((........)))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))................................................(.......)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((....((((((.......(((((.((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).))))).......((.....))..)))))).(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))..))))...(((((..(((((.((((((((....)))))))).))...((((((.(((((((....))))..)))..)))))).)))))))).)).)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...(((((.....)))))((((.......)))).((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.(....)))))))(((((((((....)))))))).).)))))...)))..(((........))).....(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))))))))))..(((((((.((((.((((((((....)))))))).).))).))).........(((((.(((((....))))).))))).))))....)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((....(((((.....)))))))))))..(((((...((((....))))..........................((((((((...))))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...............(((((................((((((...(((((....(((((....)))))....))))).(((((((.....(((((.....)))))..)))))))..((((((((....))))))))...........))))))..(((((.(((((....))))).))))).........))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))...............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..............................................................................................(((...((....))...)))............................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.............((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((...........................((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......)))))((.((..((((..((..((((((......................................................))))))..)).))))))....((((((((....))))))))...............)).....................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((....((((((.......(((((.((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).))))).......((.....))..)))))).(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))..))))...(((((..(((((.((((((((....)))))))).))...((((((.(((((((....))))..)))..)))))).)))))))).)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((((....(((((.....)))))))))))..(((((...((((....))))..((......))..............((((((((...))))))))..))))).........(((.....((((((((((.((((....))))((((..(((((..((((...(((........))).....(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))))))))))))))..(((.(((..((((((((....))))))))...))).))).)))))..)))).)))))))))).))).)).(((((...........))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....(((...(((((((((.......)))))((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).).)))))...))))))).(((((..(((..((..(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))).(((....)))...))))))..(((((.(((((....))))).)))))......)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((......((((...((((((..))..))))((..(((((((((((..))).)))).))))..))((((((((((((((((...))))))))..)))......((((((((..)).)))))))))))((((....)))).(((((((((((..((((.(..((((((...(((....((((((((((...))))))))).)...)))....)).))))).))))...))))))))).))))))((.(((((..(((((((((((((((..)))))))))(((......))).((.(......)))(((......))).)))))))))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................((......(((...)))..........(....).....(........((.(..........))).).......(...).......(.(..(...........(..((....))))..).)...............))..(..)................. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................(((............(.(....).).....(......)...(..(..........................................((.....)).........)........)..................................(...).................((...((((((((....))))))))..)).......)).).....(.....................).................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((............((((((.......(((((.((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).))))).......((.....))..)))))).(((((....(((((....)))))....)))))..........................(((((..((..(.((((((((....)))))))).)....((((((....((((....)))).......))))))..))))))).)).)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.........(((((((((.......)))))((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))..))).)))))))))..((((......(((((((...(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...))).............(((((.(((((....))))).))))).................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....((((....((((((.......(((((.((((....)))).(((....(((((..........(((((((((((...))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))...))).))))).......((.....))..)))))).(((((....(((((....)))))....))))).((((........))))..))))...(((((..(((((.((((((((....)))))))).))...((((((.(((((((....))))..)))..)))))).)))))))).)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((.....)))).((((.......)))).((((....)))).......(((((..............(((((((.....)))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..........................))))).(((((....(((((....)))))....))))).((((........)))).((((.(((((.....))))).((((((((....))))))))..........((((...(((....)))(((....))).....))))..))))..))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.(((.....))).(((((.......)))))((((....))))........(((((.............(((((((.....)))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))...)))))..........))))).........(((((.((((.(((((((....(((((....)))))....))))).(((({{{.....))))...}}}.((((.....))))..((((((((....)))))))).........))))))..(((.[[[)))(((....)))...]]].)))))......)))).... |
