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GAGGAAAGUCCGGGCUGCACAGAGCGGGAUGACGGCUAACGGCCGUACGCUGAAAGCUGGCAACAGUAUAAGGCGAGGAAUAGGGCCACAGAGACGAGCGUAUUAAGUUACGGUGAAACGCGGUAACCUCCAUCAGCAGCAAUAUCAAAUAGGCUGGCAUUUGUCGCAAGACAUAAGGCGUGGCUCGCGCCUGCCAGCGGGUAGAUAGCUUGAGCGUGUGAGUAAUUGCACGCCUAGAGGAAUGACUGUCAGCUACGCAAGUAGUUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((((((((....)))))))))))).)((...(((((...........(((((....))))).........)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))......................................((............((..........)).((...............))..........((((......((((((..................((((((...))))).))))))).....))))))....((((((((....))))))))................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................((((((((....))))))))................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....................)))).......................(((((....)))))..................))))))))).............((((((..................................))))))...............((((((((....))))))))................)............................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.............((((((((((.....))))).((((....................)))).......................(((((....)))))..................))))).......((((......((((((..................(((((.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))........................................)))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.................((((((...)))))).((((....((((....))))....))))......................(((..................)))................(((..((((......(((((((..((((....))))...((((((...))))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))............((((.((((((....))))))))))..))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............(((((.....))))).((((....((((....))))....)))).(((...(((((...........((((......)))).........)))..)))))....))))...((((......(((((((..((((....))))...(((((.....)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....))))....((((((...)))))).((((....((((....))))....))))...............................(((((.((.....)).)))))((........(((..((((......((((((((.((((....)))).).((((((...))))))))))))).....)))))))((.((((((((....)))))))).).)))......((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....................)))).......................(((..)..))....(((...)))(....)...)))))))))(..((((......((((((..................(((((.....))))).)))))).....)))))...(.((((((((....))))))))).................(((........))).......)))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.((................((((((((((...)))))).((((....................)))).....................((((((..(..))))))).....(.((....)))))))...(((..((((......((((((..((((......))).................).)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).....................((....)).............))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.[[[[[.........))))..]]]]]...((((...((((....((((....))))....)))).[[[....))))...................(((((.(((...))).))))).]]].....................((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))((((......(((..((((((((....))))))))...)))......((((.((((((....)))))))))).))))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............(((((.....))))).((((....((((....))))....))))............................................................)))).....((......((((((...((((....))))..((((((.....)))))))))))).....))........((((((((....))))))))............((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....................)))).........(((.............(......).............))).......)))))))))...(((...(..((((....................((((((...)))))).)..)))..)..))).....(..((((.((....)).)))).).................(((((....))).))............... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....))))....((((((...))))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).(((..(...(((..((((......((((((...((((....))))...((((((...)))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...).)))....((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((....((((.....((((((...)))))).))))....((((((.........(((((.......(((((((.........((((......)))).......(((((((......(((((...............)))))...)))))))............))))))).)))))))))))..)))).........((((((((....))))))))............((((.((((((....))))))))))..))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....))))....((((((...))))))..((((.....))))..........(((..........)))...((.((....)).))..(((((.(((...))).))))).........((((..((((......((((((.................(((((((...))))))))))))).....)))))).)).((((((((....)))))))).........((((((.............)))))).....)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....))))).((((....................))))..((...(((...(.........(((((....)))))..).....).....))))))))))))))..((((..((..((((((..................((((((...)))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))............)..(................(....))..... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....................)))).)((...((((..((........(((((....))))).))....().))..))))))))))))))..((((..((..((((((..................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..............................(.......).)... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....))))).((((....................))))..((...(((...((........(((((....))))).)).....).....))))))))))))))..((((..((..((((((..................((((((...)))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))............)..(................(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....................)))).)((...((((..((........(((((....))))).))....().))..))))))))))))))..((((..((..((((((..................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))..............................(.......).)... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....................)))).)((...((((..((........(((((....))))).))....().))..)))))))))))))(..((((......((((((..................(((((.....))))).)))))).....)))))((.(.((((((((....))))))))).))..............................(.......).)... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....((..((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...................(((((.(((...))).)))))...)))).))...............((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..))))....(((..((((((((....))))))))...)))......((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....))))....((((((...))))))((((((...((((....))))....(((..........))).......).))))).....(((((.(((...))).))))).(((.((..((((..((((......((((((..(((((....)))).)(((((((...))))))))))))).....))))))).)(((((((((....)))))))).).)))))....((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((..((((((((((...))))))..(((((..((((....)))).......((((...................((((................)))).....))))..))))).....))))......((((((...((((....))))..(((((((...))))))))))))).........))))..((((((((....))))))))............((((.((((((....))))))))))..))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....................))))...................................(((...............))).....)))..........................................................................(((...((....))...)))................)............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....................))))...................................(((..............)))))))))))))..((((..((..((((((..................(((((.....))))).))))))..)).))))......((((((((....))))))))................).................(.......)..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....((..((((..((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...................(((((.(((...))).)))))...)))).))...............((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..))))....(((..(((((..(....)..)))))...)))......((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((...............((((.....((...((((....((((....))))....)))).)).....))))...((...(((........(((((.(((...))).))))))))..)).)))))....)).((...((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))((((......(((..((((((((....))))))))...)))......((((.((((((....)))))))))).))))...)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((((...((...(((..(((((.....)))))(((((....((((....))))....(((..........))).........))))).....(((((.(((...))).))))).))).)).)))))............((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))((((......(((..(((((..(....)..)))))...)))......((((.((((((....)))))))))).))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((..(((......)))..(((((.((((((((..(((((.......)))))..)))))).))...)))..)).))...((((.......))))..((((((.(...((...))..).))).)))..(((((.((..(((((((((((((((..))))).))((((((...))))))))))))))..)))))))((..))(((((........))))).((...)).....((((.(((((((..)))))))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................(.(...(.........)......((.......))...).)..((....(((((.....))))).........)).(.(..((...((((((((....))))))))..))....))..((((.................))))........... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................((.......((..........)).........)).........(..((((..(........(...................................).)..)(...(((......((((((..................((((((...)))))).)))))).))).)((..((...((((((((....))))))))..))....))..((((.................))))..)))....). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..................((((.....))))..........((((....)))).......................................(((((.((.....)).))))).........................((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..........(((..(((((..(....)..)))))...)))......((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....))))....((((((...)))))).((((....((((....))))....)))).................................(((...........)))............(((..((((......((((((...((((....))))...((((((...)))))).)))))).....)))))))...((((((((....))))))))............((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....((..((((.((((.....))))((((((....((((....))))....(((..........))).........))))))....(((((.(((...))).)))))...)))).))...............((((((...((((....))))..(((((((...)))))))))))))..))))....(((..(((((..(....)..)))))...)))......((((.((((((....))))))))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..((....))..))))...(((((.....))))).((((....((((....))))....))))........((((..........((((................)))).....((((.......(((............)))(((...((((....))))...(((((.....))))).)))..(((((.....))))).((((((((....))))))))...)))).....((((.((((((....)))))))))).....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..((....))..))))...(((((.....)))))..((((...((((....))))....((((((.......{{{..........((((.....[[[[[......)))).]]]]])))..(((((...............)))))....((((....))))...(((((}}}..))))).)))..(((((.....))))).((((((((....))))))))............((((.((((((....))))))))))....))))... |
