|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCAACACAGAGCAUCCUACUUCUUAACGGGAAGCUAUCUGCGAAGGUAGAGUAAUGUAGAAGAAAACAACCGCCUUUUUCCUCUUUUGGAACAAGGUAAGGGUGAGAAGGUGGAGUAAGAGCCCACCAGUUGCGUGGUGACACGGUUAAGCUGUACGUCUUAGGAGUUGUAAGGUCGAUGUAUACCGGCAUUAUGAGGGCUGCUCGCCCCACGUCGGAGGGUAGACCGCUAAAGUAAUGUGGCAACACAUUACUCAGAUAAAUGACAAACACCUUAAUUUAUUAUUAAGGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))((((((....))))))((..(((((...........((((((((((((......))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))..))).)).))))))))))))))))...((((.......((((((.......((((.]]]]))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..................(((((((.....)))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((.....((((((....)))))).....)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))..((....))........((((..(((.............((((.((.(...(((((....((.((((.....)))))).))))).).)).)))).....(((((((((....))))))))).........))).....(((((((.....)))))))))))..))))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....((((((((((......((((((.(((((..(((....((..(((((....)))))))..)))))))).........(((((..(((......)))..))))).))))))....(((((.........))))).)))))((((.((((((((...)))))..)))....((((.((......(((((......)))))......)).))))...)))).)))))((((...((.....(((((((((....)))))))))..(((((((.............))))))).....)).....))))..))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....)))))..((((....))))......................(((((((((((........)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))..)))...........)))))))))..............((((((.......................))))))...............((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..........(.(((............))).)((((((....))))))....................((((((((((.(((((............))))).))))))))))...................((((....))))............................((((........(((((.......((((.....))))...)))))......)))).....(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))......))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................((((((....))))))....................(((((.(................).)))..)).......(((((.........)))))(((((((((....))))..)).)))....................(((.........(((((....((.((((.....)))))).))))).......))).....(((((((((....))))))))).................(.(.(........).).)................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))((((((....))))))....................(((((((.((((......)))).)))))..)).......(((((.........)))))(((..((((....)))).....)))........)))))))))...((((........(((((.......((((.....))))...)))))......)))).....(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((..........(.((((..........)))).)((((((....))))))....................((((((((((.(((((............))))).)))))))))).((....))....((((..((((....)))).....))))...................((((........(((((.......((((.....))))...)))))......)))).....(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))......))))))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((...............(((((((((((...))))))..((((........))))....................(((((.((..........)).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...........)))))..............(.....................................)...............((((((((....))))))))..............................................))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...........(((.((((.[[[[[....)))).))).(((((....))))).......]]]]]...(((((.(((((.((((......)))).)))))....((((...(((((.........)))))..))))(((....)))........[[[[[[[[......)))))......]]]]]]]](((((.....(((.....)))[[[....))))).((((..........(((((((((....))))))))).................(((((((.....))))))).....))))]]]... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((.....((((((....)))))).....)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....))))........(((((((.................))))))).(((((....((.((((.....)))))).))))).((.....))......((((((((....))))))))(((......)))......(((((((.....)))))))......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.........((........................(((((....))))).....................(((([[(((({{{...))))..)))).}}}....]].(((((.........))))).....((((....))))....................................................<<<<.))..>>>>.......................(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((((((((.(((((....))))..)((.(......))............).......(((..........((((((((.((..........)).)))))..)).).....((((((.......)))))).(.((((((....))))..)))..)))...................(((.((...((.(((.(.(....(((((...)))))..)))))))..)).))).....(.(((((.((....)).))))))........)))))))).............................)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((.....)))))((((((....))))))......((........))....(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....))))........(((((((.................))))))).(((((....((.((((.....)))))).))))).((.....)).....(((((((((....)))))))))((......)).......(((((((.....)))))))......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..[[[[[[[[[........[[[[[...[[[[[[......((((((....)))))).................[[[[[[[[[[)))))))...............]]]]]]....(((((.........))))).]]]]((((....))))]]]]]]..........]]]]]]]]]...((((........(((((.......((((.....))))...)))))......)))).....(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))......]]]]].... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(.((((....)))).)((..(((((.((........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))..))).)..)))))))))))))))))..((((.(.....((((((......(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(.((((....)))).)((..(((((.((........(((((((((............)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))..))).)..))))))))))))))))(..(((((......((((((......(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((.....((((((....)))))).....)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....))))......((((..(((.............((((........(((((....((.((((.....)))))).)))))......)))).....(((((((((....))))))))).........))).....(((((((.....)))))))))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((.....)))))((((((....)))))).....(((........)))...(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....)))).......((((((((..........[[[....))))))))(((((.]]]((.(((({{{..)))))).)))))...}}}.........(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((..((((((..(((((............(((((....))))).........))))).......(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.........))))).....((((....))))......))))............((((..((((........(((((.......((((.....))))...)))))......)))).....(((((((((....)))))))))..........))))...(((((((.....)))))))......))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....)))))..((((....))))....................................................(((......((...............))..((...((....)).....)).........))).....)))................................................................(((...((....))...)))................)................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((..(..((((((....))))))..)..)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....))))......((((..(((.............((((.((.(...(((((....((.((((.....)))))).))))).).)).)))).....(((((((((....))))))))).........))).....(((((((.....)))))))))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((.(((((......((((((.(((((..(((.....((((((....)))))).....)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))).))..))).((((...))))....)))).((.(((((..((((........(((((....((.((((.....)))))).)))))......)))).....(((((((((....))))))))).......))))).....(((((((.....))))))).......))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((..(..((((((....))))))..)..)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).)))))(((....))).......((((..(((((((...(..(((.((((........)))).)))..)((.((((((.((.......)).)))))).)).))))(((((((((....))))))))).........))).....(((((((.....)))))))))))...))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((........)..((((((((((...((...))..(((((((((........))))))))).....((.((((((((((((......))))))))))..)).))))))))))))((((....(((((........))))..)...))))((((..(.((((((((......(((((((.(....(((((....((.(((((...))))))).)))))...))))))))..((((((((((((..)))))))))))).((((((.............))))))))))))))))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................(.....)......................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((..(..((((((....))))))..)..)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....))))......((((..................((((........(((((....((.((((.....)))))).)))))......)))).....(((((((((....))))))))).................(((((((.....)))))))))))..)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((......((((((.(((((..(((.....((((((....)))))).....)))))))).........(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).))))((((....))))......((((..(((.............((((........(((((....((.((((.....)))))).)))))......)))).....(((((((((....))))))))).........))).....(((((((.....)))))))))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..........((((((.(((((.....)))))...(((((....))))).....................(((((.((((......)))).))))).))))))....(((((.((....))))))).(((.((((....)))).........(((..((....))..))).(((((((((......)))))..(((.....))).(((.........)))..)))).....(((((((((....))))))))).........))).....(((((((.....)))))))......))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....................))))...(((....))).(((..(((((....)))))...(((((((((...[[[[[...)))).(((<<<<<.))).......>>>>>......(((((.((....))))))).....((((....)))).(((((...]]]]])))))..)))))....((((((.(((...{{{.)))..((((}}}..))))..)))))).((((..........(((((((((....))))))))).................(((((((.....))))))).....)))).))).. |
