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GAGGAAAGUCCGGGCUACAUAGGGCAGCGUGCCAGCUAACGGCUGGGCAGGGUAACUUGACGACCAGUGCAGCAGAGAGUAGACCGCCUUUGGCUUAUAUGAGUAUCGCAAGAUAUUCAUGUCAUCGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUGGCUGGCAACAGUUCACGGCAUGGUAAACUCCACGCGUAGCAAGACCAAAUAGGCAUCGGCAUGGCGCGGCCCGCGUUCGAUGCGGGUAGGUUGCUUGAGCGUACGAGCGAUUGUGCGCCUAGAGGAAUGAUUGUCCACGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((...(((..(((((((((((....))))))))))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..((....(((............((((((.......................((((....))))...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))........)).)))))))))............((((((.....((((.....)))).))))))....................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((...(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))...(((.((((..............(((((((.(((..((((((((((....)))))))))).....))))))))))....((((((.......)))))).((((((((....))))).))))))))))......))))))))))..)))....(((((........(((((.((((((((...)))))))).(((((((((......)))))))))..)))))....(((....(((((...)))))..))).))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................((((((.......))))))............................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..........................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((..........................)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........(((................((((.((.((............)).)).))))............((((((.....(((((((((((....))))))))))).......)))))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...(((......)))....................................(((((((.....)))))))...........((((((((....))))))))..............)))...........)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..........(......((((((...)))))).((((....))))........................(((((......................................)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....................(((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))..............)............)))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..((((....(((((((((....)))))))))))))..)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.......(((((.((((((((((...)((((.((.((............)).)).))))...........((((((((.((.(((((((((((....)))))))))))....))))))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))((.(((......))).)).........(.......).....)).)))))))(((((((.....)))))))......(((..((((((((....))))))))...))).......))))).........))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....(.....(.(..............).).).....)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))..................((((.....................))))................((((((((....))))))))...............................)))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((.........(((((..............))))).....)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))))))(..((((......((((((......((.......))..)))))).....))))).....((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((......[[[)))..]]].(((....(((((.((((....))))....)))))..)))...((((..((((((((((....(((((((((((....)))))))))))......))))))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))..))))..(((((............[[[[[[........)))))((((((((...))))))))....]]]]]].((((((((....)))))))).....(((....[[[)))....]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....(((((.((((((((((....((((.((..(((.........))).)).))))............(((((((((((.((((((((((....))))))))))(((((......)))))...((((((.......)))))).((((((((....))).)))))((.(((......))).)).....))).))))..))))...))).)))))))((((((((...))))))))..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))...))))).....))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....(((((.......(((.....)))((.((((....))))....))...........(((...((.(((((......(((((((((((....)))))))))))........))))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...{{))...)))}}....................................(((((((.....))))))).((((((((..[[[[[[))))))))]]]]]].............))))).....))..)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((............((((((((.(.....................((((..))))))))))...)))......(((((.(...).)))))...(((((((....)))).))).)))).......)))))))))))......(.......((((.(...((((((...)))))))))))..(((...........((((((((....))))))))............(((((...))))).))).)..... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....(((((.((((((((((....((((.((..(((.........))).)).))))............(((((((((((.((((((((((....))))))))))(((((......)))))...((((((.......)))))).((((((((....)))).))))((.(((......))).)).....))).))))..))))...))).)))))))((((((((...))))))))..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))...))))).....))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((((((((((((...)))))).((((....))))....((((.................((((((((....(((((((((((....)))))))))))......)))))))).....(((((.......)))))[[[[[[[))))........))))...((((.....]]]]]]].......))))...............((((((((((((((...)))))))).(((((((((......))))))))).))))))...........)))))).........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....((((((((..((((((...)))))).((((....))))..........................(((((......(((((((((((....)))))))))))........))))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).................((.(((..((((......(((((((....(((((...)))))))))))).....))))))))).((((((((....)))))))).........)).)))))).....))..)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((............................))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))).)..(.((((((((....))))))))).....................(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..............................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((............................))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))).)..(.((((((((....)))))))))...........(.................)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((((((((((............................))))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))....(.((((((((....))))))))).....................(.......)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...(((.(((((((.((((.((((...(((((.((((....))))....)))))...((...((((..(((((((((.(((.(((((((((((....)))))))))))....))))))))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....)))..))))...)).))))............(((((((....(((((...)))))))))))).)))).)))))))..((((((((....))))))))........))).(((((...)))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.......(((((.((((((((((....((((.....(((.........)))....))))............(((((((((((.((((((((((....))))))))))(((((......)))))...((((((.(....))))))).((((((((....)))).))))...(((......)))........))).))))..))))...))).)))))))((((((((...))))))))..(((.(((.(((((((((....)))))))).).))).)))...))))).........)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((..(((((((((...(((((.((((....))))....)))))................((((((((....(((((((((((....)))))))))))......))))))))....((((((.......))))))...)))))))))...((((......((((...................))))...............((((((((((((((...)))))))).(((((((((......))))))))).)))))).....))))..)))))).........))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))........................................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))(((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((....................................................((((((.......)))))).((((.(((....)))..))))....)))......))))))))))..((((..((..((((((...................))))))..)).))))......((((((((....)))))))))).......)............(.......)..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..(.....((((((.(((((.((((...(((((.((((....))))....)))))...((...((((..((((((((((.(..(((((((((((....)))))))))))....).))))))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))..))))...)).))))..(.((.....)))...)))))(((((.((((((((...)))))))).(((((((((......)))))))))..)))))...........)))))).......)..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(..(....(((((((((...(((((.((((....))))....)))))...((...........((((((((.(..(((((((((((....)))))))))))....).))))))))....((((((.......)))))))).)))))))))...)..)...((.(((......))).)))))))....((......((....))..((((((((((((((...)))))))).(((((((((......))))))))).))))))....)).....(((((...)))))...))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((..))(((((((.((((((((...)))))).))....((((((.((........)))).)))).....(((((((.(((((.((((((((((..)))))))))).).)..)))))))))).((.((((((((..)).))))))((((((((((..))))).)))).)..))....((....(((.(((((((((.((..(((((((((..............)).)))))))..)))))).((..))....(..)...))))))).)...)).....))))))).((..))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................((..))............................((....))..........................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................((.((........(...(....(.)..........(.(..((......(.........).......))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))).)..........)...))).))..((((....(.((((((....((((((...))))))))))))...).)))).(.......(.((......)).)......)...................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((........(((((........(((....((((.((..................)).))))...((((..((((((((((.(..(((((((((((....)))))))))))....).))))))).....((((((.......)))))).((((.(((....)))..))))....)))..)))).......)))....((.....))...............((((((((...))))))))..(((((((........)))))))....................)))))..........))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((......))).(((((((((((...)))))).((((....))))...((((.(((............((((((..((((....(((((((((....)))))))))))))..)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))))))))......)))))..((((..(((......(((((((....(((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).............((((...))))....))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((.....((((((((((((((((.((..(((.(((.(((.........)))..)))..)))...)).....(((((((((((.((((((((((....))))))))))(((((......)))))...((((((.......)))))).((((((((....))).)))))((.(((......))).)).....))).))))..))))...))).)))))))((((((((...))))))))..(((.(((..((((((((....))))))))...))).)))..)))))).....))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).(((..(((((.....))))).((((....))))........)))..(((((..........)))))......((((((((......)))))))).(((((......)))))...((((((.......)))))).((((((((....))).)))))........((((....((((.((..((((.....))..)).))...)))).(((((((.....))))))).))))......((((((((....))))))))............((((.....))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.{{{......)))).(((..(((((.....))))).((((....))))........)))..(((((.((.....)))))))}}}.....(((((((....))))))).(((...........((((...((((((.......))))))[[[[[((((....))))))))....((((......]]]]]........)))).....))).(((...(((((.(((((((.....))))))).(((((((((......)))))))))..)))))...........((((.....))))...)))..... |
