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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGAUGCUGGCUAACGGCCAGGCGUCGCGAGGCGACGGAAAGUGGAACAGAGAGCAGAACCGCCGAUGGCCGGCCGGUGCACCCGCAAGGGUAGCCGGUGGCACAGGCAAGGGUGAAAAGGUGGACUCCUUCGGGAGCCGCCGGGGGGAACCCCGGCGCGGUAAGAGCGCACCGCGGACGCAGUGAUGUGGACGGCAGGCUAAACCCCAUCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGUACAUUGGCGUGGCCCGCGCUGUACCCGGGUAGGUUGCUUGAGCUUGUCGGUAACGGCAAGACUAGAGGAAUGGCUGUCCAACGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.............(((((..(((((.(((((..(((((....)))).))))))))).)))))..)).......(((((.((((....)))))((((((((....))))))))((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((((...........(((((.....))))).((((((...))))))....)))))...((.(((...((((((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((....(((((.((((....))))))))).(((....)))((((((((.............((..((((....))))..)).((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).))..))))))))))))).)))..(((.(((.(((((((((....))))))).)).))).))).))).))...........))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((......)))......(((((.....))))).((((....))))........((...............((.........(((................................................................)))..))..........((.(((.......))).)).((..((((....))))..)).))................((((..((((......((((.....((((((...))))))..)))).....))))))))...(((((((....)))))))...................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..(((((.(((((((...........((((((...)))))).((((((...))))))....))))).......))....(((((..(((((.((((((...(((....)))..))))))))).)))))..)).........))))))))))...((((((((((((....))))))((((((........))))))......((....((((((((.((.......)).(((.(((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))).(((((((((....))))))).))...)))...))))))))...))......)))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((((..................................................................))))))))))).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....))))...........................(((((((((..................................................................))))))))).........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).......((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((..((((....)))).))...((((((...)))))).((((((...))))))........................(((...((((.((((((..((((....)))).))))))))).).)))..................(((....)))..((((((((....))))))))((((........)))).....(((....)))......(.................((((..((((......(((((((...((((.....))))))))))).....)))))))).(((((((((....))))))).)).........)(((((....)))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((..(((.............(((((.....))))).((((....)))).........(.................(((.........................................)))..............................................((.(((.......))).)).((..((((....))))..)).)................)))((..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))))..(..(((((((....))))))).)............................)))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..............(((((..(((((.((((((..((((....)))).))))))))).)))))..)).......((((..((((....)))).((((((((....))))))))((.......))))))(((..((((....))))..)).)...))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).......(((((((....))))))).............(((((....)))))..)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).((((((...)))))).((((((...))))))......................(((((..(((((.((((((..((((....)))).))))))))).)))))..)).............((((....)))).((((((((....))))))))((((........)))).(..((((....))))..)..(.................((((..((((......(((((((...(((((().)))))))))))).....)))))))).(((((((((....))))))).)).........)(((((....)))))........... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((...........(((((((((((...)))))).((((....))))...........................(((...........(((...(........)..))).........)))...........((.......................((............((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..............))..............)))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).......................(((((............((...(((....)))..))..........)))..)).......((.......................((............((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))...(..((((......((((((....((((.....)))).)))))).....))))).....((((((((....))))))).)........................))))))..))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....[[[[[.))))......((((((...)))))).((((((...))))))....]]]]]............((((((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))...........(((((.((((....)))))))))((((....)))).[[[[)))....]]]]....((((((((....))))..[[[[[[[[[........))))((((((.(((......(((((((...(((((...)))))))))))).)))...)))))).]]]]]]]]]............(((..[[[.)))(((((....)))))..]]]...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...........((((((...)))))).((((((...))))))....))))).....((((((.((((((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((.....((((.((((....)))).((((((((....))))))))((((........))))((..((((....))))..)).((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).))..))))....))))).)))...)))))).(((((((((....))))))).))..........(((((....)))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((..................(((((.....))))).((((((...))))))........................(((....(((.((((((..((((....)))).)))))))))...)))..............((.((((....))))))(((((((....)))))))(((((........)))))...((((....))))........................((((..(((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))))))....(((((((....))))))).............(((((....)))))...)))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((............((...........)).................(((((..........(((((((((((...)))))))((((....)...........)))..(((...............(((((((....(.......)))))..)).)........(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..((((((.....(((.....)))..))))))..)..))).....(..(((((((....))))))).)........)))......................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................(..(((((((((...)))))))).....)..)....(....(.(((((...............(...)......((((...............))))........................(((..((.(...))).)))...(((((.......(((((.(...).))))).(((((((((....))))))))..)..........))))))))))............((((((....(((((...)))))).)))))...(...((.((((.((((((((....))))))))))))...))...(((((....))))).).....)).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).(((((((((((...)))))).((((((...))))))........................(((....(((.((((((..((((....)))).)))))))))...)))..((((.....(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((.......)))).(((((..((((....))))..)).).))....))))))))).(((((..(((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))).(((((((((....))))))).))..........(((((....)))))...))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((....))))....(((((((...((((((..((((((...))))))....((((..............))))...))))))))))))).((((....))))((((((.....(((((((((((..........))))(((((((.((((((((((....))))))((((((........))))))..((((....))))..)))).............)))))))....(((......(((((((...(((((...)))))))))))).)))...)))))))..(((((((....))))))).............(((((....)))))...)))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((((....((((.(((((...(((....)))..))))))))).................)))))............((.(((((((....))))))))).((....((((((.((....)).))).)))..))..............))))))))).....))......((((((...((((((...))))))))))))(((((((((.(((.(((((((((....))))))).)).))).)))..))))))................... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((.......))))..................(((.(((((.....(((.....(((((..))))).((((...............)))).)))...........................................((((......((.(((.......))).)).(((..(((....)))..))).............)))).)))))......................((((.....))))........(((......((....(((((((....)))))))...)).......)))...................))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((...........((((((((((....................................................................)))))))))))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................(.(...)..).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((..........(((((((((......................................................................))))))))).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)............((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((...........((((((((((....................................................................)))))))))))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................(.(...)..).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((((...........((.(((((((....................................................................))))))).)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..))...))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................(.(...)..).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...........(((((.....))))).((((((...))))))....)))))...((.(((...((((((....(((.((((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((....(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((((.............((..((((....))))..)).((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).))..))))))..))))).)))..(((.(((.(((((((((....))))))).)).))).))).))).))...........)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((([[[.)))).(((((((((((...)))))).((((((...))))))....]]].................(((..(((((.((((((..((((....)))).))))))))).)))))..((((.....(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((.......)))).(((((..((((....))))..)).).))....))))))))).(((((..(((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))).(((((((((....))))))).))..........(((((....)))))...))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).))))(((((....((((((..((((((...))))))....((((..............))))...))))))((((((..((((....)))).))))))....((((((((((((..........((((....)))).((((((((....)))))))).......(((((.((((...((((....))))........((((((((((....................)))))...)))))))))...))))).))))).......)))))))..(((((((....))))))).............(((((....)))))...)))))... |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.................(((((.....))))).....................((((...............((((.....))))......((((....)))).................................((((....)))).........................................((((....))))...................))))......((((......((((((..................)))))).....))))..(((..(((((((....)))))))..)))........(((((....)))))..))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))...............................................................................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))................(((.(((((..................................................................))))).)))(((((....((.(((.......))).)).(((((.((....)).))))).............))))))))))............((((((...(((((.....))))))))))))))............((((((((....)))))))).......................(.......)..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...........(((((.....))))).((((((...))))))....)))))...((.(((...((((((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((....(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((((.............((..((((....))))..)).((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).))..))))))..))))).)))..(((.(((.(((((((((....))))))).)).))).))).))).))...........)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......(((((.(((((...........((((((...)))))).((((((...))))))....))))).(((...((......(((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))..((((.....((((..((((....)))).((((((((....))))))))...........)))).((..((((....))))..)).((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).)))))))).)))..)))))....(((.(((.(((((((((....))))))).)).))).)))..)).((........)).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...........(((((.....))))).((((((...))))))....))))).((..((((((.((((((....(((.((((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((....(((((.((((....)))))))))((((....))))(((((((.....(((...)))(..((((....))))..)(.((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).)).)))))))).))))).)))...)))))).(((((((((....))))))).)).......)).(((((....)))))..)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((...((...)).(((((...)))))....(((((.((((((..)))))).((((........))))(((((((.((.((((((...((((..))))..))))))))))))))).(..((..))..).((.(((((..))))))).(((((((..)))))))(((......).))..(.((..))).))))))))))).(((((.(((((((((....))(((((.....((..((((((((((((......))..))))))))))..))..)))))..((((((((((..))))))))))...).)))))))))))...((..))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.......)...........................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................(.......)...(.......((.((((..).)))...((....))...((.....((.............(....(.........)......)..........((.(((.......))).)).((..(.((....)).)..)))).........))...))...)...(((.....(.((((.....((((((...))))))..))))...)..))).((....(((((((....)))))))...))....................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..(((((...........((((((...)))))).((((((...))))))....)))))...............(((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((....(((((.((((....)))))))))((((....))))(((((((............(((..((((....))))..)).).......((((((...((.......))...).))))).............))))))).)))))..........((..(((((((((....))))))).))..)).......................))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))...))).....(((((.((((....))))))))).(((....)))(((.(((.......))).)))((..((((....))))..)).............))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).(((.(((((((((....))))))).)).)))......(((((....)))))...))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...........(((((.....))))).((((((...))))))....)))))...((.(((...((((((....((((.(((((..((((....)))).)))))))))...)))..(((((....(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((((.............((..((((....))))..)).((.((((((((((((..((.......))..)).)))))...))))).))..))))))..))))).)))..(((.((..(((((((((....))))))).))..)).))).))).))...........)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))...................(((((((.....))).))))..((((....)))).((((((((..................(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((.......)))).))))...((((....))))..)))).((((..(((((((..((.......))..)).))))).(((.(((((.....))))).....(((((.....)))))..(((((((....))))))).........))).(((((....))))).....)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..((((....)))).)))).(((((.....))))).((((....)))).((((...................(((((((..[[[))).))))..((((....)))).((((((((..................(((((.((((....)))))))))((((....)))).((((.......)))).))))...((((....))))..))))..]]]..(((((((..((.......))..)).))))).(((.((((..{{{{{)))).....}}}}}..(((.....))).(((((....)))))...........))).(((((....)))))..))))..... |
