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GAGGAAAGUCCGGGCUUCAACGGGCAAGGUGCCAGGUAACGCCUGGGCGGCGUGAGCCGACGGAAAGUGCAGCAGAGAGUAGACCGCCUUCAAUAUGGUUUCGAGCAAUCGGAAUCGGAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCAUGACUGGUAACAGUUCAUGGCAUGGUAAACCCCACCGGAAGCAAGACCAAAUAGGGAUCCUUUAGGCAUGGCCCAUGCUGGAUCCGGGUAGGUCGCUGGAGCGUAUGAGUGAUUGUACGCCUAGAGGAAUGAUCGUUCGCGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((.....((((((((....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((..(((....(((.(((((.....))))).((((....)))).......................)))..((((....(((((((((....)))))))))))))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)))...((..((((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))).((((.(((((..(....)..)))))))))..............))....)))))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((....((.((((...))))..))...))))))))....(((((((........((((((.((..((.((((..((((....(((((((((....)))))))))..((...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)).))))....(((......((((((....((((((...)))))))))))).))).)))).((((.((((((((....))))))))))))....))..))))).)))........))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))........................((((((((((.....................))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..............)))))))))..((((......((((((...................)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.....(.(((.....))).).....)))))))((((....))))..........................(((((.....(((((((((....))))))))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).))))...................................((((((....((((((...))))))))))))((((..((((((((.((((((((....)))))))))))...((((....)))))))))...))))...... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.................((((((...)))))).((((....))))..........................(((...............................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....................(((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))))).(.((((((((....))))))))).............(.......)....)))))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((...(......(((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((((......((((((((....)))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..))))))))).)))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.....(.(((.....))).).....)))))))((((....))))........................(((((((.....(((((((((....))))))))))))))..))(......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..........)................((.....))(((((....(((((((.))))))))))))(((((..((((((((.((((((((....)))))))))))...(((((()))))))))))...)))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...............................)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))).................((((((......((.......))..))))))...............((((((((....))))))))................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((........((.(((..........))).))...))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))))))(..((((......(((((((.....(((.....))).))))))).....))))).....((((((((....))))))))..............(.(...).)....)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...[[[[[..))))..]]]]]..(((.((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))....((((((.....((((((((....))))))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))..)))........)))......((((((..[[[[[..(((....)))))))))((((..((((((((.((((((((....)))))))))))...((((....)))))))))...)))).]]]]] |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((....(((.((((((...)))))).((((....)))).(((....(((........)))..)))((((.....(((((((((....))))))))).....)))).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))...))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))..........((((......))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((..((.......(((.....)))[[.....))]])).((((....))))...........................((((.....(((((((((....)))))))))))))............((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).....................................((((....((((((...))))))))))((((((..((((((((.((((((((....)))))))))))...((((....)))))))))...)))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((.((..................))..))))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))).))))....))).......))))))))....(((...(..((((((....((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((............(((((((((........((..........))...))))))...))).....((((((.(...).))))))..(((((((....))).)))).)))).......)))))))))))..((.((......(((((((....(((((...)))))))))))).(((...........((((((((....))))))))............(((((...))))).))).)))).. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((....((..((((((...)))))).((((....))))........(((........)))..((((((((.....((((((((....))))))))))))))...))......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..........))...))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))..........((((......))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((........)))))..((((((((((...)))))).((((....)))).(((....................)))(((((.....((((((((....)))))))))))))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))..((((............((((((....((((((...))))))))))))((((..(((((....((((((((....))))))))......(((((..))))))))))...)))).)))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.............((((((((((...)))))).((((....))))..((...((((............(((((((((.....((((((((....))))))))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))))))......)).))))........((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...))).)).)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((.........................))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((.....)))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))........)............(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((.........................))))))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....((((.....)))).))))))..)).))))....(.((((((((....)))))))))........)............(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.(((((.........................)))))...)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....)))))...(.((((((((....))))))))).....................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...[[[[[[.))))...((((...((((((((.....((((..((((....))))..((....(((...............((((((.....((((((((....))))))))))))))...((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))....)))...))...))))...)))...))))).))))...]]]]]]((((((..((((((((.((((((((....))))))))))))..((((....)))).))))...)))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..(((....(((.((((((...)))))).((((....))))........(((........)))....((((((.....((((((((....))))))))))))))...........((((((.(....))))))).((((((((....)))).)))).........)))...))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))..........((((......))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((........)))))..((((((((((...)))))).((((....)))).......((((..............((((((.....(((((((((....)))))))))......))))))....((((((.......))))))))))(((((....))))).................))))..((((..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....))))))))))))..........((((......))))...)))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).................................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....(((...............................................................((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....)))...)))))))))))...((((..((..((((((...................))))))..)).))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((..((.........(((((.....))))).((((....)))).))....(((.(((.((..((.((((..((((....(((((((((....)))))))))..(((..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).))).))))....(((......((((((....((((((...)))))))))))).))).)))).((((.(((((..(....)..)))))))))....))..))))))))....))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((((((((((...((((..(((.(((((.....))))).((((....)))).......................)))))))......(((((((((....)))))))))..(((..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).))).)))))..((((..((..((((((....((((((...))))))))))))..)).)))).))))).(((((((....)))))))))).(((...((...((((......)))).)).))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((...((((..(((.(((((.....)))))(((((....))).((.....))...)).........)))))))......(((((((((....))))))))))))))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....)))).)))).).......))))..)))))...(((.((......((((((....((((((...))))))))))))((((..((((((((.(((((..(....)..))))))))...((((....)))))))))...))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.....((..(((.((.((((((...))))))))(((.((((((..(..)).))))))))..((..(((((((((((((......)).))...(((..)))...))))..)))))..))((((((((..)).))))))..(.(.((((((((((..((((((((((((((.((((.(((((..))..)).).).)))....))))).))))..))))))))))))).)).).)((((((((....)))))))))))..)).((...))..((.((((..)))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................(...................................)....(.............).....((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................(...........).((.(((.(.....).................((((((((....))).)))))..............))).........(((......((((((.....(...(...)....))))))).)))......(.(......((((....))))....).....).....(.......)............)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((.............((((((...)))))).((((....))))....................................(((((((((....)))))))))..(((..((((.....((((((.......))))))(((((((((....)))).)))).).......)))).)))..................((((((....((((((...))))))))))))..........((((.(((((..(....)..)))))))))....................))))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((...........((((((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((((.....((((((((....))))))))))))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....((....)).))))...))...((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.((((((((....)))))))))))).......................)))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((........)))))..(((.(((((.....))))).((((....)))).......................)))..))))....(((((((((....)))))))))..(((..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).)))..((((............((((((....((((((...))))))))))))((((..((((((((.(((((..(....)..)))))))))..((((....)))).))))...)))).)))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((........)))))......(((((.....))))).((((....))))........(((..............(((((......(((((((((....))))))))).......)))))....((((((.......))))))..(((((((....))).)))).))).(((.......))).((((..................)))).(((((.....)))))....((((((..((((((((.((((((((....))))))))))))..((((....)))).))))...)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.[[[[[..)))))..(((.(((((.....))))).((((....)))).......................(((({{{{{....))))(((((....)))))...}}}}}...((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........)))).))).]]]]]..((((....(((.....))).(((((.....)))))....<<<<<<.)))).((((.((((((((....))))))))))))..((((....))))........>>>>>>.... |
