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CGAAGAGCACGGUGGUGGGUAACGCCCACCCGGGGUGACCCGCGGGACAGUGCCACAGAAAGCAGACCGCCCACCCGCCUCGGCGGCGUGGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGCAAGAGACCACCAGCACCCCCGGUGACGGGGGUGGCUAGGCAAACCCCACCGGGAGCAAGACCAAGAAGGCGCCCUCCUGCAGAGGAGGACGCCGCGGGAGCGUUCGAGGGCUGCUCGCCCGAGCUCCCGGGUAGGUCGCACCAGGCCGCUGGCAACAGCGGUCGCAGAUGGAUGAUCGCCCCCUCCGCUCCGGCGGGGGG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((.....))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....(((((((((((....)))))))))))..((((((....((((((.]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((..(((((((((.....)))..(((((....)))).).....(((((((......((..((((((((((((....)))).))))))..)).)).....))))))).....))))))..((((((((....)))))))).....))...((((.((((.(((...........((((.((((((....)))))).))))..(((.(((.(((.((((.(((..((((......))))..))).)).)).((((((((....)))))))).........))).))).)))...))))))).)))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...)))))))((((....)))).(((.....(((............((((((((.............))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))....))).......((....((......(.(....................................(((.......))).....).).....))..))....((((((((....))))))))..................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((((.......)))).((((((((...(((....((((......(((....(((((((((((.........))))))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))).))))...))).((((((((...........(((..((((((....))))))..))).((((((((((....))).)))..)))).))))))))...)))))).))..)))))))))....(((((((........))))))).((((((((....)))))))) |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((.(((....)))..))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))............................................((((((.......((.......))...))))))...............((((((((....))))))))................................).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..............((((((.(((....)))..))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......))))............................................((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))................................).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))).............((((((((((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..................((..((((.....((((.((((((....)))))).)))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))....((((((((....)))))))).................((((((((....)))))))) |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((............((((((((..((....))...))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))).......)))).......((((.....((((.(..............).)))).(((((((...(..((((.....))))).)))))))....))))......((((((((....))))))))..................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((.((((....))))..)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))......((((.....((((.((((((....)))))).)))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....)))))))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(.(((((((...)))))))((((....)))).....).))))(............(((((((((((((..))))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)..............(.((..((((.....((((.((((((....)))))).)))).(((((((..((..((((.....)))))))))))))....)))))).)((((((((((....)))))))).....))..........((((((((....)))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((...................)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................((.(....(.(.............................((.......))....)))))...............((((((((....)))))))).........).)))...............)))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(.(((((((((((...))))))(((((....)))).).......(((............(((((((((.(......).).))))))..)).......((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))......))))).).((..((((......(((((.(...............(((........)))..................)))))).....))))))....((((((((....)))))))).....................((((.))))..).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((((...)))))))((((....)))).......))))........(((.(((((((((((((....)))).))))))...))).....[[[[[)))......]]]]]..((((((((....))))))))..........(((....)))...........(((((((.((((((....)))))).)))).[[[[[[[.)))..((((.....))))..]]]]]]](((.[[[[[.))).((((((((....)))))))).........]]]]]...((((((((....)))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((....)))).))))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).))))..))).))))...))...........((((.((((((....)))))).)))).(((((((......((((.....))))..)))))))(((.(((((..(((((((((((....)))))))).....))).))))))))((((((((....)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.....))))))((((....)))).......(([[.............((((((((((((....)))).))))))..)).......[[[[[[)).....]]]]]]..((((((((....)))))))).....]]........((((((((..{{{{.....((((.((((((....)))))).))))..............((((.....))))..))))))))...}}}}......((((((((....)))))))).................((((((((....)))))))) |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....(((.((((((((...))))))).((......))..........(((...........(((((((((..((....))...))))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.((((....)))).)))....))).......)...........(((..((..((((((.................(((................((...))).).)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........))..................)))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....((((.((((((...)))))).((((....))))..((....((((...........(((((((((((((....)))).))))))..)).)......(((((.(...).))))).((((((((((....)))))))).)).))))...)).))))........(((((.(.((.......((((...........................(((((...)))))..))))))..)))))).....(.((((((((....)))))))))............................)))).... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.(((((((...))))))).((.(.((((...(((....((((...........(((((((((((((....)))).))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...))).((((((((...........((((.((((((....)))))).)))).((((....)))).((((.....))))..))))))))...)))).).)).((((((((....))))))))...(((.....))).))((((((((....)))))))) |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((...)))))))...((((((((((((....[[[[...........[[[[(((((((((((..))))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..[[[[[[[[...........[[[[[((((((....))))))...))))))).]]]]]...((((.....))))..]]]]]]]]...]]]]]]]]..((((((((....))))))))............)))))(((((((((..))))))))) |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.((((...)))).((((.((....)).)))).....(((...........(((((((((((((....)))).))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).....))))))...))...........(..(((..((((....((((..((..((((((((........))).))))).))..))))))))..))))......((((((((....))))))))...(((.....)))...((((((((....)))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((.(........)..))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..((((.(...............................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......................).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((.............))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..((((.................................((((((.....(((((.....))))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))...............................).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(......((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((.(........)..))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..(((((................................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......................).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((.............))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..((((.................................((((((.....(((((.....))))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))...............................).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((.............)))))...)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))....(..((((.................................((((((.....(((.........))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)............................).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((((((((.....))).((((((....)))).))....(((((((......((..((((((((((((....)))).))))))..)).)).....))))))).....))))))..((((((((....)))))))).....))...((((.((.(((((...........((((.((((((....)))))).))))..(((.(((.(((.((((.(((..((((......))))..))).)).)).((((((((....)))))))).........))).))).)))...))))))).)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((...)))))))(((([[[[)))).(((....((((...........(((((((((((((....)))).))))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))...))).((((((((...........((((.((((((....)))))).)))).((((....)))).((((.....))))..)))))))).....]]]]....((((((((....))))))))...(((.....))))))((((((((....)))))))) |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).......((((...........((((((((((((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..((((((((...........((((.((((((....)))))).))))..............((((.....))))..))))))))...))))))))..((((((((....))))))))...........))))..((((((((....)))))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........((..(((((.....))))).((((....)))).....................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).)).............................................................................................(((...((....))...)))................................).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...)))))).((((....)))).....................................................((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))))...((..((((.............................................((((.....)))).....(...)...))))))....((((((((....))))))))................................).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(...(((..(((((((((.....))).((((((....)))).))....(..((((......((..((((((((((((....)))).))))))..)).)).....))))..).....))))))..((((((((....)))))))))))...)...((((.((((.(((...........((((.((((((....)))))).))))..(((.(((.(((.((((.(((..((((......))))..))).)).)).((((((((....)))))))).........))).))).)))...))))))).)))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((((((.((......(((...((((....)))).)))....((((...........(((((((((((((....)))).))))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))..))))))))((.((..((((.....((((.((((((....)))))).)))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))).(((((((((((((....)))))))).....))).))...)).)).)).((....))...... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((((((((.....))).((((((....)))).))....(..((((......((..((((((((((((....)))).))))))..)).)).....))))..).....))))))..((((((((....))))))))))).(((........((((((((........(((((((.((((((....)))))).))))((....)).)))..((((.....))))..))))))))...(((((..(((((((((((....)))))))).....))).))))))))((((((((....)))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...))((((((((.(((..(((.(..(((((((...))).))))).)))((((((((((.((.((((((((((((((..))))).)))))).))).))))))))))))((..))..((.(.(((((((((((..))))))))).)))))...)))))))))).).(........)..((((((((((((..)))))))(((((.(((((((((((..)))).)((((..))))))))))))).))((.((.(((((((((((..))))))))))..).))))..).))))(((((((((..))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................(....)...................(((...........))).............. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....................................................................................(.((..(............).....)).)......(..(....................(.(.((.....)).))().......................((.(...)..)).......(.(......).)......(((................((..)).)))...................(.(((....))).)...............)..)...).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((...)))).((((((....)))).))....(..((((......((..((((((((((((....)))).))))))..)).)).....))))..).....)))))).(((((((((....)))))))).)..................(((...........((((.((((((....)))))).))))..................................................((((((((....)))))))).......................)))........... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((((((....)))).))))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))...))).)))...((..((((.....((((.((((((....)))))).)))).(((((((......((((.....))))..)))))))....))))))....((((((((....)))))))).................((((((((....)))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..(((((((((.....))).((((((....)))).))....(..((((......((..((((((((((((....)))).))))))..)).)).....))))..).....))))))..((((((((....))))))))))).(((.....(((...((.((..((((.....((((.((((((....)))))).)))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))))).)).((((((((....)))))))).....)))......)))((((((((....)))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...((((((.....)))))).(((....)))........))))...........((((((((((((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((......))))))).........))))..((((((((...........((((((.((((....)))))).)))).((((....)))).((((.....))))..))))))))...))))......((((((((....))))))))...............((((..((.....)).)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((({{{((((((.....)))))).(((....)))........))))...............((((((((((....)))).))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..((((((((...........((((((.((((....)))))).)))).....((((.....[[[[)))).]]]]..))))))))...((((..}}}.))))((((....)))).((((........))))....((((((((....)))))))) |
