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GAGGAAAGUCCGGGCUUCCAAGAGCAAGAGGGCAGCUAACGGCUGCUAAAGGAAACUUUAAGGAAAGCGCCACAGAAAAUAGACCGCCAUUUUGGUAAGGGUGAAAAGGUGGUGUAAGAGACCACCAGUUCUUUAGGAAACUAAAGAAGCUAGGUAAACCCCCUCUGGAGCAAGACUAAAUAGGAAAGGUUAAGGGUUGCUCGUCCAGCUUUCAGGGUAAGUUGCUUGAAAUUAUAAGAGAUUAUAAUUCUAGAUAAAUAAUUAACAUAUACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((...))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((......(((((.....((((.]]]]))))..)))))......))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((((...))))............................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((...))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............(((((....................)))))................((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((...))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))....((((......(((((....(((((.....))))).)))))......))))......((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((................(((((((...)))))))((((....))))...........................((.....))............((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))................((((((..((.(((.......))).))..))))))...........................((((((((....))))))))...........................))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((............(((((((...)))))))((((....))))..........................(((.....)))...........((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)................))))....(((................((((.....)))).............))).......((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((((....)))......(((((((...)))))))((((....))))....(((((...............(((((.....)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).((.......))....((((((..((.(((.......))).))..)))))).....)))))((((........)))).((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((((...))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................((((((....((((.....)))).))))))................((((((((....))))))))..................................). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................((((((...))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))))....((.....((((.(.....((((.....))))..).)))).....))...((.(.((((((((....))))))))).))..............................). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....(((.(((((((((((...))))))(((((....))))).((......))...........((((((.....)))...))).....((((((.......))))))((((((((((....))))))).)))..........))))).((((((..((.(((.......))).))..)))))).....)))..((((........)))).((((((((....))))))))........................))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((....((((....(((((((((((...))))))(((((....)))))......(((...............)))...........((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))).((((((.......................))))))...((((((.......)))))))))).((((((((....))))))))...........................))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((...))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).((((..((((......((((.(((..(((.......))))))))))......))))))))..((((((((....))))))))...........((......))......)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((...(((((.....(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))...............(((((.)))))..(((.(....((.(((.......))).))......((((....))))..............))))....)))))..))).................((((.....)))).......................((((((((....))))))))...........................(...).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......((((((...(((((((...))))))).......(((((...((((((..............((((......))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))......((((((.......................)))))).....)))))))))))...))))))..((((((((....))))))))...........................))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................(.....).................................................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((....)))).(((((((((((...))))))(((((....))))).((......))...........(((((((...))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).(((((..(((......(((((.....(((.......)))..)))))......))))))))..((((((((....))))))))............................))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...((((((...((((((.....))))))((((....))))...((((((....((((.........(((.....)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..))))((((((..((.(((.......))).))..)))))).....))))))........))))))..((((((((....))))))))........................))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((....))))))...........((((((.....)))))).(((....))).......(((....((((......((((......))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..)))).(((..((((..........))))..(((.......))).))).(((((........)))))..((((((....)))))).(((.....................))).....))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((....))))))..((((......(((((.....))))).((((....))))..(((........((((.........(((.....)))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....[[[[[))))..)))).(((..((((..........))))..(((]]]]]..))).)))))).((((((.....)))...((((((....)))))).(((.....................))).))).)))). |
