RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00139

RNA: ASE_00139
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((((....)))))).)((...(((((............((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))))))))..)))))))))))))...((((......((((((((....((((((.]]]]))))))((((((....)))))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))).)......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.((((.((((((...((......(((((.....))))).((((((....))))))...))...((((..........((((((((..((...))..))))...))))....((((((.......))))))(((.(.((((....)))).).)))))))........))))))...((((..((..((((((((....((((((.....)))))).(((((....))))).))))))))..)).))))..((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((....((((((...((......((((((...)))))).((((((....))))))...))...(((((.....(((((.((((((((((...))))))))..)).......((((((.......)))))))))))...))))).((.((...........)).)).))))))...)))....(((((((((((....((((((.....)))))).(((((....))))).))))))..((((..(((..((((.(((((((....)))))))))))....)))........(((((....))))).......)))).)))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........((((((((((.....))))).((((........))))........................((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........))))))))).............((((((.........................................))))))...............((((((((....)))))))).................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((....))................((((((...)))))).((((((....))))))...........................(((((((((....))))))))).......((((((.......))))))......((((....)))).............................((.....))(((((((....((((((.....))))))..((((....))))..))))))).............((.((((((((....))))))))))................(((((....))))).................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.((((..................(((((.....))))).(((((......)))))..........................((((((.......))))))...........((((((.......))))))....(.((((....)))).)..........................(((................................................................))).......((((((((....)))))))).........................................))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((........((((((((((.....))))).(((((......)))))...(...(((((............((((((((((...))))))))..)).......((((((.......))))))(((.(.((((....)))).).))))))..))).)))))))))...((((......((((((((....((((((.....))))))..((((....))))..)))))))).....))))..(...((((((((....))))))))....).............(((((....))))).........))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((())))(((((...........((((((...)))))).((((((....)))))).......................(((((((((((((....))))))))).).....((((((.......))))))(((...((((....))))...)))))).........)))))....((((.....)((((((((.(..((((((.....))))))..((((....))))).))))))))......)))..(((.((((((((....)))))))))))...............(((((....))))).................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.....((((................(((((((((((...)))))).((((........))))..........................(((.............)))...........((((((.......)))))).((((.((((....)))))).))..........))))).................((.(((.........................................))).))...............((((((((....)))))))).............................(.....).......))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((((.(((.......((((((...)))))).[[[[[)))...]]]]]......................(((..((((..(((....)))..)))).......[[[[[[)))....]]]]]](((...((((.[[[))))...)))........]]].)))))).............((((((((....((((((.....))))))((((((....))))))))))))))((((..(((..((((.(((((((....)))))))))))....)))........(((((....))))).......))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((...(((...))).((((((...)))))).((((((....))))))..(((...((((.((.......((((((((((((...))))))))...))))......)).))))...))).((.(((...((((....))))...))).))...((((((((.(((...((((.....)))).))).))))).)))((((((((....((((((....))))))......)))))))))))).((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((((...........(((((.....))))).((((((....))))))...........................(((((((((....))))))))).......((((((.......))))))(((...((((....))))...)))......[[....))))))............]]((((((.....((((((.....))))))((((((....)))))).)))))).............((.((((((((....))))))))))................(((((....))))).........))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..............(...(((((....)))))..(.(((....)))..............).........(((...........(((((.((((.....)))).))..)).)......(((((.......)))))...((..((((....))))))....)))...................(((......(((((..(.........(.(.....................).).))..)))).....))).....(.((((((((....))))))))....................).........)............))....
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((........(((...))).((((((...)))))).((((((....))))))........((((..........((((((((((((...))))))))...))))....((((((.......))))))(((...((((....))))...)))))))..((((((((.(((...((((.....)))).))).))))).)))(.((..((....((((((....))))))......))..)).).....((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((.((((((.(((...))).((((((...)))))).(((((((..)))))))....(((([[[[[.........((((((((((((((....))))))))).......((((((.......))))))......((((....)))).....)))))...)))).))))))....(((......((((((((....((((((.....))))))(((((((..))))))))))))))).)))..((((((((...))))))))..]]]]].....................(((((....))))).........))))....
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((........)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((...........................(..((.....))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((........)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....)))))))..)).))....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...........................(..((.....))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................((.(....).)..).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((((...((......(((((.....))))).((((((....))))))...))...((((..........((((((((..((...))..))))...))))....((((((.......))))))......((((....))))......))))........))))))...((((..((..((((((((....((((((.....)))))).(((((....))))).))))))))..)).))))..((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((........(((...))).((((((...)))))).((((((....))))))........((((..........((((((((((((...))))))))...))))....((((((.......))))))(((...((((....))))...)))))))......((((.(((...((((.....)))).))).))))(((..[[[[[[[..)))((((((....)))))).......]]]]]]].....((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((....((((((...........((((((...)))))).((((((....))))))....((((((((..........((((((((((((...))))))))...))))....((((((.......))))))......((((....))))......))))...)))).))))))............((((.......((((...((((((((....((((((....))))))......)))))))).))))....((((((((....))))))))..................(((((....)))))......)))).))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((........))))...............................................(((......((...............))..((....((....))....)).........))).....))).................................................................................(((...((....))...))).................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((((...((......(((((.....))))).((((((....))))))...))...((((..........((((((((..((...))..))))...))))....((((((.......))))))(((.(.((((....)))).).)))))))........))))))...((((..((..((((((((....((((((.....)))))).(((((....))))).))))))))..)).))))..((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.((....))......((((......(((((.....))))).((((((....)))))).........(((..........(((((((((..(((....)))..)))).......((((((.......))))))......((((....)))).....)))))....((((((.(((...((((.....)))).))).)))))).))).))))...))))).(((....)))..........(((((...(((.((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....)))))...))).))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))...((((((...((......(((((.....))))).((((((....))))))...))...((((..........((((((((..((...))..))))...))))....((((((.......))))))(((.(.((((....)))).).)))))))........)))))).(((.((......((((((((....((((((.....))))))((((((....))))))))))))))((((...(((.((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....)))))...))).))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((..)(((((((((((((((((((((((...)))))((((((((....)))))).))(((((.((.(.(........).)))))))).....))))))((........))((((((((..)).))))))((((((((........))))))))...).).)))).))))))...((((.((..(((((((((.(...(((..(........))))(((((..))))).))))))))))..)))))).....(((((((((....)))))))))(((.......))).(((((..))))).((((.......).))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................................................................................................................................................................................................((...................((.)).......)).......(.................).................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((.((((((...........(((((.....))))).((((((....))))))..........................((((..((...))..))))...........((((((.......))))))(((.(.((((....)))).).)))............)))))).............((((((((....((((((.....))))))((((((....))))))))))))))...........((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((...........((((..(((.(((((((((.....)))))).))).((((((((((...(((..........(((((((((..(((....)))..)))).......((((((.......))))))......((((....)))).....)))))....((((((.(((...((((.....)))).))).)))))).))))))).)))))).(((((....)))))..........)))..)))).((((.(((((((....)))))))))))...............(((((....))))).........))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((((...........(((((.....))))).((((((....))))))...(((((.((...............)))))))(((....)))...(((((.....((((((.......))))))......((((....))))...........)))))..))))))...((((.....)))).((((....((((((.....)))))).(((((....))))).))))....((((.............((((((....)))))).((((.........))))..(((((....))))).......))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..[[[.....[[[[[[.((((...{{{(((((.....))))).{{{.)))).((((}}}........))))............((((((((((((....))))))))).}}}...((((((.......))))))......((((....)))).....)))....))))..]]]]]]...((((.....)))).((((....((((((.....)))))).(((((....))))).))))....((((.............((((((....)))))).((((.........))))..(((((....))))).......)))).]]]..

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