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GGGGAGGAAAGUCCGGGCUUCCGAAAGACCAAACUUGCUGGGUAACGCCCAGUGCGAGCGAUCGCGAGGAUAGUGCCACAGAAAAAUACCGCCUUCUUUCAGUGAACAGUGAACAGUUAUCAGUGAACAGUAAAUAACUGAUAACUGAUAACUGAUAACUGAUAACUGAAAAAGGGUAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGGGCGCACCAGCAACACCGAGAGGUGUUGGCUCGGUAAACCCCGGUUGGAAGCAAGGCGAAUGGAACUAUGGUUGGUCUUUUACCAGUUCCACAUAUAAGAGCCGCUAGAGGCGUCUGGUAACAGCCGUCCCAGAUAGAUAACCGCCCUCUUAAUUUAAGAGAACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((....................................................................................................................................................................((((((.......))))))..(((((((....)))))))................)))))))).............................................................................................................................. |
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CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((((((..............(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..................))))))...((...(((((((..(((.........)))))))))).........{{.........(([[[[[.......))..]]]]].........)).(((((.....)))))........)))}}.... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((((.............((((((...)))))).((((....))))..((......)).........(((((((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).(((......))).))))))))..((((..(((((((..(((.........)))))))))).........(((......))).(((((..((....)).)))))........))))((((((...))))))........))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....[[[[[)))))((((((((((.....((((((...))))))(((((....)))))...(((((.(((...........((((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).................((((((.......))))))..(((((((....)))))))(((........]]]]].....)))))))))..))).)))))..)))))))))).................((((((.....(((((((((...........)))))........))))((((((...)))))).........)))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((..........(((..((((((.....))))))((((....))))..((....((((...........(((((..((((.....................................................................))))..)))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....)).))).))))...(((....(((((...................)))))..........)))......((((((((....)))))))).......................................)))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((......(((((((((((............((((((.....))))))((((....))))..((....((((.........(((((((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))....))..))))))))..(((...(((((((..(((.........))))))))))..(((.((((((......))).))).)))...)))...............)))))))).((...))..................... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((.....)).(((.(((..............((((((.....))))))((((....))))..)))....))).........(((((((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))))))))..))))((((((......((((..((((((..((((.........)))))))))).........(((......)))((((((..((....)).)))))).......))))((((((...))))))........))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................(...)..(............)........(........)........................................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................(((((((.............((((((.....))))))((((....)))).........................(((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).................)))))))........((((((...(((.........))).)))))).........(((......)))..................................((((((...))))))................. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((...)))..((((((((.............((((((...)))))).((((....))))..((......)).........(((((((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))))))..(((...(((((((..(((.........)))))))))).........)))......((((.(((....))).)))).................((((((...)))))).......)))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((....((((......((((((.....))))))((((....))))..((....((((.........(((((((((.(((((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))))).)))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))...)).))))))))))..((((..(((((((..(((.........)))))))))).........(((......))).(((((..((....)).)))))........))))((((((...))))))........))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((....))))))..............((((((.....))))))((((....))))..(((.((.((..............))))))).(((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))).....(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......))))..........((((..........((((.(((.....))).((((.........)))).)))).....((((((...........)))))).......)))).((((.......)))).....)))).)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((.(((....))))))......(((.....((((((.....))))))((((....)))).........(((..((((......<<<<)))).(((((...((((...(((((((((((...((((.....))))...)))))))))))...))))...))))).....)))...>>>>....((((((.......))))))..(((((((....)))))))..((((......)))).)))....(((((....{{{{{...{{{..)))))..}}}.}}}}}.....[[[[[[.(((.....)))..((((....))))))))...............]]]]]]...((((..............)))). |
