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GAAGCAGAACAGAUGGCCGCCCUUCGCGUGCGGGGGGAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAUGGUGCUGGAUAACGUCCAGCGGGGGCGACCCCAGGGAUAGUGCCACAGAGAGAAGUCCGCCCGCUCAGGCGGGUAAGGGUGAAAGGGUGAGGUAAGAGCUCACCGGGUUCGGCGGUGACGUCGGAUGCCAGGUAAACCCCACCAGGAGCAAGGCCGAAUAGGGAAGCGUCAAGGAUGGCCCGUCCGUGCUUCCGGGUUGGCUGCUUGAGGCCGUCGGUAACGGCGGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCGCCCGCCAAGGGGUAACCCGCGGCGGGAACAGAACCCGGCUUAUGGGCUGCUUCGACCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((....))))))).......................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))...............................................)))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.(((((((.((((((((())))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((....................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............................................)))))))))..... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.(((((((.((((((((())))))))).............((((........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((......((((((.....((((.....))))..)))))).....))).......((((((((....))))))))..........))))))).............................................)))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((....(((.(((((((....))))))).))..................(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))))...........(((((((((....))))))..)))......((((((.......))))))((((((..(((((((...........(((.......)))...(((..((((((....((((((((...(((((...)))))))))))))...)))))))))((.((((((((....)))))))).))........)))))))((((((..(((....)))..))))))....))))))..)...))..)))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((.((((....)))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..........)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).................((((((.......(.......)....))))))...............((((((((....))))))))..........))))))......................................(.....)))))))))))..... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((((....)))).))...............((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((............(((((((......)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......))))))(((..((((......(((((((....((((.....)))).))))))).....)))))))...((((((((....)))))))).........))))))))...((((..(((....)))..))))...................))))))))))..... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((((((((((....))))))).(((..[[[[....)))...]]]].(((((((((((...)))))))((((....))))..[[[[...)))).........]]]]((((((....))))))...((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))..(((((..(((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))))))..((((((((....)))))))).........)))))))).((((((..(((....)))..)))))).......((((.....)))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((...((((((((((((....))))))).(((...)))..(((((....(((((.(((((((((...)))))))((((....))))....)).)))))...((......)).((((((....))))))...((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).((....)).)))).)))))..((((((....((((((.....(((((...)))))..))))))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))....((((....((((((..(((....)))..))))))....).))))))))..))..)))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(.((((.((((((((((((((......)))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((....))))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((..((..((((((....((((((...))))).)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).((((((...((....))...)))))).................)).)))..))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((..((.(((((((....))))))).))...)))..((.(((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............(((((((((..)))))))..))......(((((((.(...).)))))))..(((((((....))))))).....))))...))))))))))....((((((.(..(((((......(((((...)))))...)))))..)))))))....(.((((((((....)))))))).)...............((((((...(((....)))...))))))......))........))))))))))..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((((((..)))))))).........((((((......(((((..((((((((...))))))))((((...)))).......))))).........))))))((((((..))))))....((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))...........)))))))))..(((((..(((((....((((((((...(((((...)))))))))))))...))))))))))..((((((((....)))))))).........)))))))).((((((...(((...)))..)))))).......((((.....)))))))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((...((((((((((((....))))))).(((...)))..((((....)))).....(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))).....((((..(((.......(((((((....(((((...))))).)))))))......)))))))..((((((((....))))))))(((......)))......((((((..(((....)))..)))))).........)))))..))..)))))))..... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.(((((((((((((.(((((..))))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((....))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....))))).))))))....))))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).............................(.......).....).)))))))))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((.(((((..))))).)).(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((.(((((....)))))...)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((.....(((.......)))..)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)......))))))).............................(.......).....).)))))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((.(((..((....))..))).......(((..(((((....(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))))..............((((((....))))))...((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........)))).)))))..((((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))..(((.((((((((....)))))))).))).)))..))))))).((((((..(((....)))..)))))).......((((.....)))))))))))..... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((([[[[[(((((((....))))))).(((...)))..(((((....(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))))..............((((((....))))))...((((....((((((.(....)))))))...(((((((....)))))))..............)))).)))))..((((((.(..((((((((...(((((...)))))))))))))..))))))).((((.((((((((....)))))))).).)))........))).((((((..(((....)))..)))))).........]]]]]......)))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.......((((((((((((....))))))).........((((((......(((((..((((((((...))))))))((((...)))).......))))).........))))))((((((...((((((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).((((.((((..((((((....((((((((...(((((...)))))))))))))...))))))))))..((((((((....)))))))).........))))....((((......)))).)))))))))))).........)))))......)))))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((....................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))............................................................(((...((....))...)))..........))))))).....................................(.........)))))))..... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((.((.(((((((.((.(((((()))))).)).((.....))((((((.........((((((((((.....))))))((((....))))..((.....(((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..(((((.((....)).)))))....))).....)))))).................((((((....................))))))))))...........((((((((....))))))))))........))))))).....................................(.....).)))))))))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((.(((((((....))))))).......(((..(((((....(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))))..............((((((....))))))...((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........)))).)))))..((((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))..(((.((((((((....)))))))).))).)))..))))))).((((((..(((....)))..)))))).......((((.....)))))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.((.....((.(((((((....))))))).))....(((..(((((....(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))))..............((((((....))))))...((((....((((((.......)))))).(((((((((....))))))..)))..........)))).)))))..((((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))..(((.((((((((....)))))))).))).))).)).)).((.((((((..(((....)))..))))))....)).....)))).(((..........))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((...(((((((((((.((((((((.(((((.....))...(((.....(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......))))).....)))...))).)))))....))).).)))))).....((((((.......))))))((((((((((....)))).(((((((((......)).((..((((..((((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))))))(.((((((((....)))))))).)...))..))).)))).((((((..(((....)))..))))))....))))))))))..))..)))))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.(.............)))..((((((((((..(((((.((((((((((...)))))..(((((((((((..)).))))).))))((..)).(.((.(((((((((..(((..)))..))))))))))).)...(.((((((((..(...))))))).)).).)))))...)..).)))..).)))))))))((........).)..(((((((.((((((...((...)))))))).))..)))))(((((((((..)))))))))(..)))).)))))))))..((.((..))))(((.(((.(((........).))))).))))))))))))))..... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.......................................................................................................................................................................................................................................((.(.............((.........(.......).......................)).........................................................))).))....... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(.(((((((((...(....................................................................................................................)..).....................((......))((....))...(...((.......((.............))..).....)....)....................................((...(.((((((....)))))))...)).....)))))))).((..(...............)..))...................).)))))))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..((........(((..((....))..)))..........((.........(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......))))).......................(((((((..((((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))............((((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))....(.((((((((....)))))))).)...............)))))))..(((....)))................))......))..)))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((..(.(((((((.(((((((....))))))).(((...)))..(((((.........((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))).)).)))))..((((((....((((((.....(((((...)))))..))))))...)))))).(((..((((((((....))))))))...)))....))))))).((((((..(((....)))..)))))).................)..)))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....(((((((.(((..((....))..))).......(((..(((((....(((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))))..............((((((....))))))...((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........)))).)))))..((((((....(((((((....(((((...))))).)))))))...))))))..(((.((((((((....)))))))).))).)))..))))))).((((((..(((....)))..)))))).......((((.....)))))))))))..... |
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Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((..(((((((....)))))))......((((..((((....)))).....((((((.....))))))((((....))))..))))...)))).............((((((....))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).....(((((..(((((.....(((((((....((((.....)))).))))))).(((.....)))...((((((((....)))))))).........)))))...((((......))))..........(((.......))).(((....))).)))))..... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((......aaa))))((((......((((..ccccc...)))).((((((((((.....))))))((((....))))..[[[[...)))).........]]]]((((((....))))))...(((.....((((((.......))))))<<<(((((((....))))))).))).......))))....>>>CC..((((((....(((((({((((bbbb..)))BBBB.}))))))...))))))..)CCC((((((((....))))))))..........((((...((((......))))..(((AAA..))).........(((((....)))))....)))). |
