|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCGCACAUCCUGCGAUGGAUGUAGUGUUCGUGCCCGUUCGUAAUGGCGGGGCAGUCAGCUUUUUAGCAGAUUGACGGCGGGGAAAGCAUCCUACAGCCAACUUGGCCAUGGUGCAAGUACCCUGAAAGUGGAUAGAGACGAGUCGUCGGGGAAACUCGACGAGUGGAACGACUAAACCCCACGAGCGAGCAACUCAGUGUGUAGAGGCACCUGGCUGAGAGAAAUGAAUCAAUGCCGGGACGAUCGACAUAUGAUCGUAGAAAAAUGAUUGCCCCUUCUGUGGGAGGCUGGGAAGCCUAGAACCACAUUGGAACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((......))))))((((((((((....))))))))).)((.(((....((((......((((...))))....)))).....))).....((((...........((((((((....)))))))).........))..))))))))))))))...(((........)))...(((((((................)))))))(((((((.....)))))))................(((((((((((((((....))))..)).))))))))).......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.((((..((..((((((......))))))..(((((..(((..........)))..((((((((..(((((.(((((((...(((((((......))))...)))..((..((((.(((((...((((((((...((............((((((((....))))))))((((............)))).......))..)))).).)))...)))))))))..)).......))))..)))....(((((((.....))))))).))))).)))))))).....(((((.(((((....)))))....)))))...)))))))..)))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((.(((((((((......)))))).))).....))))((((........((((((((((...((((.(((..((((.(((((((......))))...)))..((((((((.(((((...(((.((((...((............((((((((....))))))))((((............)))).......))..))))...)))...))))))))))))).........)))))))....(((((((.....))))))).))))..))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...)))).......))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.((.((((((......))))))......)).)))))...........(((((((((((((....)))........(((.((((.....))))...)))..((((((((.(((((.......(.....((((...........((((((((....))))))))................))))(((.......))).).........)))))))))))))....................((((((.......)))))).......))))))))))...(((((.(((((....)))))....))))).................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((......)))))).))........(..............).............................................................................................((((((((....))))))))..................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((......))))))((((((.(((....))).))))).)((.(((....((((......(((.....)))....)))).....)))....................((((((((....))))))))...............))))))))))))...(((........)))...((((((...((........))...))))))..................................((...(((((..((((....)))).....)))))..)).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(..(((((.(((((((((......))))))...)..)).)))))..).....((.((((((((((..((((..(((...((..((((((((.....)))).).)))..((((((((.(((((...(((.((....((((...........((((((((....))))))))................))))(((.......))))).))).....)))))))))))))(........))).)))....(((((((.....))))))).))))..)))))))))).))(((((.(((((....)))))....)))))..((........))...... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((......((((.(((((((((......)))))).))).....))))((((........((((((((((........(((((((...(((.((((.....))))...)))..((((((((.(((((...(((.((((.................((((((((....))))))))((((............))))...........))))...)))...))))))))))))).......))))..)))....(((((((.....))))))).......))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...))))....)))...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((.(((((((((......)))))).))).....)))))...........(((((((((.((((((..(((.(((.((..(((((...(((.((....((((...))))...))))).....)))))...)).)))..........(((((((....))))))).((((............))))(((.......)))..)))..)))))).((((((...((........))...))))))(((((((.....)))))))........)))))))))...(((((.(((((....)))))....))))).((((......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((((..((((((((......)))))).))......)))))...........((((((((((..((((............(((.((((.....))))...)))..((((((((.(((((...(((.((((.................((((((((....))))))))((((............))))...........))))...)))...))))))))))))).............((.....[[[[[[..))...]]]]]].))))..))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))................)).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((((((......)))))).))).....)))))...........(((((((((.((((((..(((.(((((...(((((...(((.((....((((...))))...))))).....)))))....).............((((((((....))))))))((((............))))............)))).))))))))).((((((...((........))...))))))((((((.......))))))........)))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))..(((......))).)))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((((((((......))))))..[[[[[..(((..........)))[[[[[[[[[[(((((((................)))))))...[[[[[((((...))))...(((((..)))))[[[[.................((((((((....))))))))((((............))))..))))))...]]]]..]]]]].....((((((..................))))))(((((((.....))))))).......]]]]]]]]]]...(((((.(((((....)))))....)))))...]]]]]....)))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....(((((.(((((((((......)))))).))).....))))))))........((((((((((...........((((...(((.((((.....))))...)))..((..((((.(((((...(((.((((...((............((((((((....))))))))((((............)))).......))..)))).))).....)))))))))..)).......))))...[[[[[[(((((((.....))))))).......))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...........]]]]]]... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((.(((((((((......)))))).))).....)))))...........((((((((((((((((..(((.........(((((...(((.((.(..((((...))))..)))))).....)))))..................((((((((....))))))))((((............)))).................))))))))).((((((..................))))))(((((((.....))))))).......))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))..(((......))).)))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.....((((((......))))))..(((((....(((((...))))).((((((((((..(((((.....(((((....((((.....((((....((((...))))...((((....))))........)))).........((((((((....))))))))..............))))............((((((((((....))))...)))))).........)))))......(((((((.....))))))).))))).))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...)))))...))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(..(((((.(((((((((......)))))).))).....)))))..)....((..((((((((((..(((((.(((((((...(((.((((.....))))...)))..((..((((.(((((...((((((((..((((.(((...(.(.((((((((....)))))))).).).....)))....))))..(....)...)))).).)))...)))))))))..)).......))))..)))....(((((((.....))))))).))))).))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))......))...)))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.......(((((.(((((((((......)))))).))).....)))))...........((((((((((..(((((.(((((((...(((.((((.....))))...)))..((..((((.(((((...(((.((((...((............((((((((....))))))))((((............)))).......))..)))).))).....)))))))))..)).......))))..)))....(((((((.....))))))))))))..))))))))))....((((.(((((....)))))....)))).)).((......))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((((((......))))))..(((((..(((..........)))((((((((((((((((..(((.(((((..((((((.....((((.((.(((.....)))((.((((....)))).))...)))))).....(.(.((((((((....)))))))).).)..........)))).(....).))...))))).))))))))).((((((...((........))...))))))(((((((.....))))))).......))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...)))))))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((((((......)))))).)))(((((((((((........))))).))(((((..(........))))))(.(((...))))...((.((((((((((((((..))).)))))...((......))......(((((((((.((((.((((((((......)))))..))))))))))).))))..((((........))))...))))))))))))).((((((((((.(..........)(((.(..........).)))(....(((......)))...)(((.((......))))))))))))))).).)))))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((((((......))))))...((((..................((((((((((........(((.......(((.................)))..((..((((.(((((...((((((((..((((.......(.(.((((((((....)))))))).).)............))))..(....)...)))).).)))...)))))))))..)).............)))....(((((((.....))))))).......))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...)))).))..))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((..((((((......))))))..(((((....(((((...))))).((((((((((..(((((.(((((((...(((((((......))))...)))..((..((((.(((((...(((.((((...((............((((((((....))))))))((((............)))).......))..)))).))).....)))))))))..)).......))))..)))....(((((((.....))))))).))))).))))))))))...(((((.(((((....)))))....)))))...)))))))..))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.((((...((((((......))))))......(((.(((((........)))))...(((((((.......)).))))).))).(((.....)))...)))).(((((((....)).)))))...........))))......(((((((((((....))))))).((((............)))).........))))...((((....))))(((((...((........))...))))).((((((.......)))))).(((.............))).((((.(((((....)))))....))))..((((......))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..<<<<....<<<....)))).>>>.>>>>.....(((((.[[[....)).)))]]]..(((..((((((((((.((.........))..))))))).(((....(((.....)))...((((....))))........))).......(((((((((((....))))))).((((............)))).........))))....(((....)))aaaaaa)))........(((((..AAAAAA((((((.......)))))).{{{...))))).....}}}.((((.(((((....)))))....))))...(((......))).))).. |