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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00145



RNA: ASE_00145
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((.(.(((((((..((((((((....)))))).))...((((((((.((((((.(((....((.((((((....))))))..(((....)))....((((((.............(((.((((..........)))).)))...(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))..))))))..))...))).)))))).)))).).)))....((((..(((......)))....(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....))))...)))))))).....((.(((((.....)))))))..)))..)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...((((((...))).)))..)))....(((.(((((..((((((((.....((((((.....(((((((((....))))).((((((....(((((((...((........((...((((.(((((.(((((....((((...(((((..(((....)))..))..)))....)))).....((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...))......))..)))))))...(((((((((....((((.......))))(((....)))..))))))))).))).)))....))))..))))))....)))))...)))..))))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((.....................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((............((((((....))))))((..((((((((....(.((((((.....(((((((((....))))))((((((.....((((....................(.(((((((((.........((((..........(((....))).............))))..((.((((((((((.....))))))))))..))((((.....))))....))))))))).)........)))).....))))))(((((..(((((((((.((.((((.......))))(((....))))))))))))))))...))).....)))..)))))).)..)))))))).)).))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...........(((((....))))).....((((((((......((.(..........((((((....))))))(((((....)))))........................(((((((..........((((......((..(((....)))..)).........))))....................................................)))))))..........................(((....(((((((((.....((....)).......((....))...))))))))).....)))............).))....)))))))).)).))))).)))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((........(.((((((....)))))).)..(((.(((((.....((((((.(..((((((((((....))))))(((((....)))))((...(((.............(((((((((((..((.....((((.((...((..(((....)))..))..)).....))))..)).((((((((((.....))))))))))....((((.....))))....)))))))))..)).........))).)).))))((((....(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....)))).......).))))))....)))))))).)).))))).)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((........((((((((....)))))).)).((((((((....(.((((((.(...(((((((((....))))))((((((.(...((((.....(.......)......(.(((((((((.........((((...(((((..(((....)))..))..)))....))))..((.((((((((((.....))))))))))..))((((.....))))....))))))))).)........))))...).))))))(((((..(((((((((.((.((((.......))))(((....))))))))))))))))...))).....)))).)))))).)..)))))))).)).))))).)))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...........((((......)))).......(..((((..............(((((..((((....))))..(((((....)))))..................................................................................................................................................................))))).....................(((....)...))..................................................)))).)...)).))))).))....)
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...........[[[[)))((((((....)))))).....]]]]..(((..[[[[..)))...]]]]((((((....))))))(((((....))))).....(((.............[[[.[[[[))).......]]]].]]].(((....(((....))).[[[[.))).....]]]]....((((((((...[[[[[[))))))))..]]]]]].(((...[[[[..)))..]]]].(((......[[[[.......)))((((....(((((((((....((((.......))))(((....)))..))))))))).....))))...]]]].(((.......[[[[)))......]]]].........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((........((...((((.(((((...(((.((.((....(((..((((((....))).((((.........)))).((.((((((((((.....))))))))))..)).))).)))....)))).)))...))))).))))...))...........)))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))....))))))....)))))....)).))))).)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((.(((........((((((((....)))))).))......(((((....((((((........((((((....))))))(((((....)))))........................((((((((..........(((..........(((....))).[[..........)))]]....((((((((((.....)))))))))).....................)))))))).................................(((((((((.((.((((.......))))(((....))))))))))))))..................))))))....)))))....)))..))).)))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....((...((((((....)))))).))..((.(((((.................((.(((((....)))))..((((....))))......................(((..((((((.......................((......))....................................................................)))..)))..)))................))..........((((.........................................))))............................)))))))..)))))))))))....)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............(((((((((((..((.....))........((..(((....)))..(((.........)))..)).((((((((((.....))))))))))....((((.....))))....))))))))..))).......((.......)).)))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..))))....)))))....)))))....))).)))).)))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((..)))..)))))..((((....))))(((((.((((((((......((((((((...[[[[(((((....))))).(((((....))))).(((((((...............((((((((((((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).............)))))))))..........(((.......))))))))))..[[[[[[[[[.........))))))))..(((....)))..]]]]]]]]]......(((.....)))]]]].......)))))))).....))))).......
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((....................).............))....................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((....(((((......)))))((((...)))..(((((..........((((((((((......)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((..........(((....................).............))....................................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.[[[[[.)))......((((((((....)))))).)).((((((((......(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..))))....)))))....))))))))....]]]]]........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((............((((((((((((................(((....(((....))).[[[[.))).....]]]]....((((((((((.....))))))))))....((((.....))))....))))))))..))).)....(((.......))))))))))..(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....))))..))))....)))))....)))))....))).))))........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((............((((((....))))))....((((((((......((((((......(((((........((((((((((....)))))....)))))..............((((((((((((((.............................((((.........))))....((((((((((.....))))))))))...))))).............)))))))))..........)))))....((((.((((....(((((((((.........((((..............))))))))))))).....)))).....))))))))))....))))))))....)))))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...........((((......)))).....(((.(((((((((..........((((((((((......)))))(((((....))))).....................(((((.(((((.....................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((..(.(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((...(((.((.((.(.((((.((..(((....)))..)).........(((((.(..((((((((((.....))))))))))..)))))).))).).))))).)))...))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))....)))))).)..)))))....)).))))).)))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...((((((...))..((((((((....)))))).))....))))(((....(((((((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))....))))))....))).)).(((............)))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((...((((.((((((((....)))))).))..))))(((((..(.((((((.(..((((((((((....))))))(((((....)))))(((.(((...)))...((...((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...))))).....))))((((....(((((((((.((.((((.......))))(((....)))))))))))))).....)))).......).)))))).)..)))))....))))).)).)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((..)))).)))))(((((..(((((..((((.((((((((((..(((((((((.(..(((.((..).((((((((((..((((..))))))))...((((((..(..((.((.(((((((((((((((...))).......(((.(((((..)))).(((........)))...)))).(((((((((.....)))))))))(((((........).))))).)))))))))..(((.(((...((((..........))).)....))))))..)).))..))..)))))))((((..))))...))))))))))...))))))...)))).((...))).)))))))))))))))))))))))..
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((.(((..(.........((((((((....)))))).))......(((((....(((((.(((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((....................((..(((....)))..)).........(((((.(..((((((((((.....))))))))))..))))))...................))))).))))................)))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..))).....)))))....))))).....)...))).)).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((..........((((((((....)))))).)).((((((((.....((..(.((((..(((((((((....))))).(((((....))))).(((((((.............((((.(((((.(((((.............(((..(((....))).((((.........)))).)))((((((((((.....))))))))))...))))).......(((....)))..))))).))))...(((.......))))))))))..(((((((((.((..(((.......))).(((....)))))))))))))).....))))..)))).)..)).......))))))))....))))).)))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((.(((.((((((....))))))......((((............))))..))).((((((....))))))(((((....)))))....))))......((((...((((...........))))..(((((((...((((..........((((.........))))....((((((((((.....))))))))))....)))).(((...((((.......))))..))).(((.((((........)))).......))).)))))))......((((..............))))..))))...((((.((.....)).))))........(((((.......)))))..))))...
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.{{{{(((...)))))((((((....)))))).......}}}}......bbb...)))..BBB.((((((....))))))(((((....)))))...............((((...((((..(((...............................))).((((.........)))).))))((((((((..aaaa.)))))))).....AAAA.(((...((((...<<<.))))..)))..............>>>(((((((...[[[[[[[[.))).)))).((((..............)))).]]]]]]]](((..((.....))..)))........((((((.....))))))....)))).