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CGAGUUGGUUAGACAAUCGCUGGUUUAUUGAAGCCCUUAACCGUAUUUAUACGACCUAGUGGGACAAGUAAACGAGAGGAAAGUCCGAGCUACACAGGGCAGAGUGCCGGAUAACGUCCGGGCGGCGUGAGCCGACGACCAGUGCAACAGAGAGCAGACCGCCGUGUAAACGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGUGCCGUUGGUAACAACGUGCAGCAGGGUAAACUCCACUCGUAGCAAGACCAAAUAGGAACUCAAUGGGUGGCCCGUCCAGAGUUCGGGUAGGUUGCUUGAGCGGCAGAGUAAUUUGUCGCCUAGAGGAAUGAUUGUCCACGACAGAACUCGGCUUAUCGACCAACUCAAAAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.........((((((((((.....................................))))))))))............(((((.......................................................................................................................................................)))))..................................................................................................................)))))))))..... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((.......................................))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))))))).............((((((.................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((.........................................))))).))............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((..............((((((.(((((..(((((((....(((.((((.................))))..)))...............((((((...)))))).((((....))))............................)))))))))))))))))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))....................(((..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))..........)))))).....................))))))))))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((................................(........).............................((.(((((.......((((......((((((...)))))).((((....))))........(((........)))..(((((((....)))))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))...)))....................((((..(((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))..............)))).........)))))))....)))))))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((((((((..(((((((....((((((.(((((..(((((((.(.((((.((((.................))))..)))).((.((........((((((...)))))).((((....))))....)).))((........)).....).)))))))))))))))))).....((((((.......))))))(((((((((....))))).))).)...)))))))...(((..(((..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....))))))).).((((((((....))))))))....))...)))))))...(((......)))......))))))))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((..((((.........................................))))..)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................((..........))...........((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))).................(((((...................)))))...............((((((((....))))))))..........))))))..............(.....).)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((.....((........(.......(........)........)........)).................(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)......................(((((........)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))).))).............))))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).......(.......).....)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........(((.(((((((....(((.....((((....)))).......)))...))))))).........[[[[.)))......]]]].(((((((((((...)))))).((((....))))...(((..(((............((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))))).)))......))))).........(((.....[[[[[[..))).(((.....)))]]]]]].((((((((((((..((((((((....))))))))...)))......(((((...)))))....))))))))))))))))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((.((.(((((((....((((((..((((....))))...))).)))...))))))).))......((((..........))))......((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))...(((.....))).((((.((((..(((......((((((.(((((...)))))...)))))).....)))))))))))(((((((....)))))))((....))...)))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((..............((((((..((((..(((((((.....................................................((((((...)))))).((((....)))).........((........)).......))))))))))).)))))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))...................................((((((...((.........)).))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))..... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((................(................).....)..))))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((........)))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))).))))....))).......))))))))....(((...(..((((((...(((((...))))).))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(((((...........((.......(....)...................)))))))..))..))))..(((((.............((((((...)))))).((((....)))).......................(((((((......))))...))).....((((((.(...).)))))).((((((((....)))).))))..................))))).....(.......(((((..((((((...)))))))))))..(((.......(((.((((((((....))))))))))).........(((((...))))).))).).......)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((.((.(((((((....((((....((((....)))).....).)))...))))))).)).((.....))............(.......((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))...(((.....))).)(((.(((..((((......((((((.(((((...)))))...)))))).....))))))))))((((((((....))))))))..........)))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((((((((((((((.......(((((....(((((..))))).....(((((((.................))))......))))))))......((((((...)))))).((((....))))..)))))))(((((............(((((....)))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))))....)))((((..)))))))))........(((......((((((..((((((...)))))))))))).)))..)))))....((((((((....))))))))..........)))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.........((.(((((((....(((........................)))...))))))).))....(((.(((((.................((((.......))))..(((....)))........................((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))...(((.....)))...((.(((..((((......((((((.(((((...)))))...)))))).....))))))))).((((((((....))))))))...........................))))))))...)))))))))..... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((...............................................)).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((....)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))).))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((..(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))))).......(..(...)).....)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((((((((...(((((((....((((((..((((.[[[))))...))).)))...)))))))....(((...)))....................((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((((.]]])))))...))).....((((((.(....))))))).((((((((....))))).)))...(((.....)))......(((..((((......((((((.(((((...)))))...)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).........))))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((..((((((......(((((....((((....))))...((((.((((.......(....)....))))..))))...))))).(((((((((((...)))))).((((....))))...(((..(((............((((((((....)))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))).)).))).)))......)))))......))))))........(((...(((..(((..(((.......)))..)))..)))..((((((((....))))))))...)))....)))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((..((.((.(((((((....((((((..((((....))))...))).)))...))))))).))..))..)))...(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))...(((..(((............((((((((....)))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))).)).))).)))..))))..))))))))..))))).......)))).(((((...)))))...(((((.((...(((.((....((((((((....))))))))...(((...((.(((....)))))...))).))..)))..)))))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((((((((((((((((..).((((((.((((..((((((((..((((((((((((.....((..))..))))))).))))(((........))).(((((...)))))(((......).)).)(((((..(((........)))))))).)))))))))))))))))).....((((((((..)).))))))((((((((((..)))))).))).)....))))..)))(((.(((..(((((.((..(((((((..((((((...)))))))))))))..)))))))((..))((((((......)))))).)))))).).))))))))..((..))(((..)))......)))))))).)... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...........................................................................................................................................................................................................................................................................(((.........................((...................)).........................................).))..)))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((....................................................................................................................................................................................(.(...).).....(((((...)))).)....(((...............................................))).............((....((........(.........).......)...).)).................................)))))))))..... |
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Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((..............((((((..(((..............(((.((((.......(....)....))))..)))...............((((((...)))))).((((....))))....................................))).)))))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))..............................................(...((..(((.......)))..))...)....((((((((....))))))))..........)))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((.((.(((((((....(((.....(((......))).......)))...))))))).)).(((...)))..(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....))))........(((........))).((((((((....)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).))).........))))..))))))))..((((......((((((..((((.......)))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))....)))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(((((((.((.(((((((....((((((..((((....))))...))).)))...))))))).)).......((((((((.....((((......((((((...)))))).((((....))))...(((..(((.((.(((.((..((((((((....)))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))).)).)).(((.....))).))))).)))...((.....)).........))).))))......))))))))...(((.(((..((((((((....))))))))...))).))))))))))..(((......))).......)))))))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((......)))).(((((((.......(((((....((((....))))...((((.((((.................))))..))))...)))))......(((((.....))))).((((....))))..))))..((((..............(((((....)))))...........((((((.......)))))).....((((....)))).))))...((((.......))))..)))............((((((.((((.....))))...))))))......(((((....))))).((((.((((.((.....)).))))..((((.....))))...((((....))))...))))..... |
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Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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