|
|
|
GGCAGAGAGAGCCCGGCCACCGCGGCGUACCGACAGGCACACACGUGCCAGCGGGUACGCACGCGAGGAAAGUCCCCCCACCGCCGGGCAGGUGACCGGGGAAACCCCGGGACGGGAGACCGUCGGCGCUGGAACAGCAACGAGACCCCUCCACCCGACCGAUGAGGCGCGGGCGGUGGCAUCGCCACCGUCUCGGCGCGAGCGGCACGGGGUGCAUCGUGCGCCCCGAAGCGAGCGGGCACCGCCCGCGACGCAGCCGCGAGCGUGCGAACCCGACGCAAAACGGCCACUGGUCGGACAAAGCAACGGGGAGCUAACCCGCCGAGGGAUGAGGGUGGAGAACGGAUGGAACGGCGAAUCCUCACCGGUGCAAGUCCACGCCACGCGGAUCGGCCGCACGGUAGCCCGGCAGGGACGUGGACGCUCAGCCGAAUGCCGGGGCGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCAGCCAUGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[[.(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((.........((((.((((((((((...))))))))))..(((((((((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))))))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((..(((((...))))).......]]]]]]..)).)))))))............))))))..........}}}}}}}}.)).)))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((..(((((.....((..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))..(((....)))..((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).....))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......))).(((....((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))(((((((((((((...(((((((((......((((((...))))))........(((((.((((.((((...(((.........((((((((..(((((..(((..((((((((((...))))))))))..((((..(((((.(((((((((...)))))))))..((..((((((...))))))...)).)))))..))))(((.......)))......)))....))))).((......((((.......))))........)).))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))))))).))))))).))....((..(((((............)))))..))...))))))))..)))))...))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........((((...................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((................................................................................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...........(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))....((((((((....((.......(((((((((((...))))))(((((....)))))...((((...))))..........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))((((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).))..((((..((....(((((...)))))......))..)))).........))))..)).....)))))))).....................)))))(((....(((((((....((((.....))))..................))))))).....)))...........)).......))))))))....))))).))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((..........(((.....................................))).....((((((((..................((((((...))))))(((((....)))))........................(((((((..................................................................................................................................................................................))))))).................................(((((((...................................)))))))............................)))))))).)).))))).))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((........(.((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))..)..(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))...((((.........((......((((((((..((.....((((.((((((((((...)))))))))....(((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))).((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..))...).))))..)).....))))))))..)).......))))......)))))))))...(((((((....((((.....)))).......(((....))).)))))))((((............))))........)))))))).)).))))).))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.....((..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).)))).)).((((((((....((((.(((((((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((...)))).......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...)))))))))).)((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...))..........).....)))))(((((..(((((((((..((((.....))))..))...(((....))).)))))))))...)))...))))..)))).......)))))))).)).))))).))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((..........(.(((................................)).).).......(..((((............(((((.(((((...))))).(((((....))))).............................................................................................................................................................................................................................................)))))..................(((......).)).....................................................)))).)...)).))))).))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((..(((((((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))......(((((......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))(((((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).))).((((........(((((...)))))..........)))).........)))).........))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))))))))).(((((............))))).........))))).....))))).))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((..(((((((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).(((...))).(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...))))))))).)).(((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))).((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))...))....))))))))...))......(((.((....)).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).)))..)))).(((((.((.....))..))))).........))))).....))))).))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((.....((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....[[[[[[[[.....(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))...((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))............................)))...))))))))..((((.....))))......)))))))............[[[.........)))).]]]........]]]]]]]].....)))).))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((....((..((((.....((......................))......)))).))..((.(((((...............((.(((((...)))))..((((....))))......................(((((((.................................................................................................................((((..........................((......))...........................))))))))..)))................))..........((((.........................................))))............................)))))))..)))))))))))....) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.....((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...))))))))).))((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))...))....))))))))...))......(((.((....)).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...)))))))).)).))))).))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((.(((((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....[[[[[[[[.[[[[))))))).]]]].((((((...))))))(((((....)))))...((((...)))).......(((((((((((..(((........))).(((((((...)))))))((((((((...(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).))))).(((.......((((........(((((...)))))..........))))..)))....)))))))).....))))))))...........(((((.........((((....(((((((....((((.....)))).(((....))).......))))))).....))))..)))))))).........]]]]]]]]....))))).))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((...................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(........................................................................................................................................)..........................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((...................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(........................................................................................................................................)..........................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((.......((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((................((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...((((..........))))...))))))).......))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.........((((((((((((...(((((....)))))..).))))))).))))....((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........(((((((((((((((...))))))))).))((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).....((((........(((((...)))))..........)))).........)))).........)))))))).......(((.[[[....)))...]]].)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))........(((((............))))).......)))))))).)).))))).))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((..........((((...................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((................................................................................................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((........(..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))..).((((((((...(((((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((................((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...((((..........))))...))))))).......))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).))).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((..(((((((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))......(((((......(((((((.(.((.((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))(((.(((((.(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))...)))))...((((..((....(((((...)))))......))..)))))))....))))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....)))).)).).))))))).))))))))).(((((.((.....))..))))).........))))).....))))).))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((.((.(.(((((..(((..)))..(((..))).((..((((((.(.(......))))))))..((((........)))).((((((...))))))((((((..))))))(((...............)..)).(((((((((.(((...)))...((((((((((...)))))))))).((((...(((.(.(((((((((((((((......)))))).(((((...)))))((....)).(((..)))))))).))))))))....)).)).((((((..))))))...((((((...)))))).(((...)))))))))))).((((.((((((....))))..))))))))..((((((((((.((((((((.((((..)))))))))).).))).))))))))...)))))).)))))))))......((........))..))))).))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...............................) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((......(((...((((((((((((.(.(((((....))))).)).))))))).))))......((((.....(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))...((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))...........(((.(......).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).)).....))))............)))..........................)))).))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((.......((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).))).... |