CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00148



RNA: ASE_00148
Rfam family: RNaseP_arch

GGCAGAGAGAGCCCGGCCACCGCGGCGUACCGACAGGCACACACGUGCCAGCGGGUACGCACGCGAGGAAAGUCCCCCCACCGCCGGGCAGGUGACCGGGGAAACCCCGGGACGGGAGACCGUCGGCGCUGGAACAGCAACGAGACCCCUCCACCCGACCGAUGAGGCGCGGGCGGUGGCAUCGCCACCGUCUCGGCGCGAGCGGCACGGGGUGCAUCGUGCGCCCCGAAGCGAGCGGGCACCGCCCGCGACGCAGCCGCGAGCGUGCGAACCCGACGCAAAACGGCCACUGGUCGGACAAAGCAACGGGGAGCUAACCCGCCGAGGGAUGAGGGUGGAGAACGGAUGGAACGGCGAAUCCUCACCGGUGCAAGUCCACGCCACGCGGAUCGGCCGCACGGUAGCCCGGCAGGGACGUGGACGCUCAGCCGAAUGCCGGGGCGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCAGCCAUGU
Reference structure (ext) [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[[.(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((.........((((.((((((((((...))))))))))..(((((((((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))))))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((..(((((...))))).......]]]]]]..)).)))))))............))))))..........}}}}}}}}.)).)))))))))....
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((..(((((.....((..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))..(((....)))..((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).....)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......))).(((....((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))(((((((((((((...(((((((((......((((((...))))))........(((((.((((.((((...(((.........((((((((..(((((..(((..((((((((((...))))))))))..((((..(((((.(((((((((...)))))))))..((..((((((...))))))...)).)))))..))))(((.......)))......)))....))))).((......((((.......))))........)).))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))))))).))))))).))....((..(((((............)))))..))...))))))))..)))))...)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........((((...................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((................................................................................................................................................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((...........(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))....((((((((....((.......(((((((((((...))))))(((((....)))))...((((...))))..........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))((((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).))..((((..((....(((((...)))))......))..)))).........))))..)).....)))))))).....................)))))(((....(((((((....((((.....))))..................))))))).....)))...........)).......))))))))....))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..........(((.....................................))).....((((((((..................((((((...))))))(((((....)))))........................(((((((..................................................................................................................................................................................))))))).................................(((((((...................................)))))))............................)))))))).)).))))).)))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((........(.((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))..)..(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))...((((.........((......((((((((..((.....((((.((((((((((...)))))))))....(((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))).((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..))...).))))..)).....))))))))..)).......))))......)))))))))...(((((((....((((.....)))).......(((....))).)))))))((((............))))........)))))))).)).))))).)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....((..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).)))).)).((((((((....((((.(((((((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((...)))).......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...)))))))))).)((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...))..........).....)))))(((((..(((((((((..((((.....))))..))...(((....))).)))))))))...)))...))))..)))).......)))))))).)).))))).)))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..........(.(((................................)).).).......(..((((............(((((.(((((...))))).(((((....))))).............................................................................................................................................................................................................................................)))))..................(((......).)).....................................................)))).)...)).))))).)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..(((((((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))......(((((......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))(((((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).))).((((........(((((...)))))..........)))).........)))).........))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))))))))).(((((............))))).........))))).....))))).)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..(((((((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).(((...))).(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...))))))))).)).(((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))).((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))...))....))))))))...))......(((.((....)).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).)))..)))).(((((.((.....))..))))).........))))).....))))).)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.....((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....[[[[[[[[.....(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))...((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))............................)))...))))))))..((((.....))))......)))))))............[[[.........)))).]]]........]]]]]]]].....)))).)))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((....((..((((.....((......................))......)))).))..((.(((((...............((.(((((...)))))..((((....))))......................(((((((.................................................................................................................((((..........................((......))...........................))))))))..)))................))..........((((.........................................))))............................)))))))..)))))))))))....)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......((.((((((((..((.....(((((((((((((((...))))))))).))((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))...))....))))))))...))......(((.((....)).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...)))))))).)).))))).)))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.(((((((...(((((((((((....(((((....)))))....))))))).))))....[[[[[[[[.[[[[))))))).]]]].((((((...))))))(((((....)))))...((((...)))).......(((((((((((..(((........))).(((((((...)))))))((((((((...(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).))))).(((.......((((........(((((...)))))..........))))..)))....)))))))).....))))))))...........(((((.........((((....(((((((....((((.....)))).(((....))).......))))))).....))))..)))))))).........]]]]]]]]....))))).)))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((...................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(........................................................................................................................................)..........................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((...................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(........................................................................................................................................)..........................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((...............................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.......((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((................((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...((((..........))))...))))))).......))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).)))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.........((((((((((((...(((((....)))))..).))))))).))))....((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........(((((((((((((((...))))))))).))((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..)))).....((((........(((((...)))))..........)))).........)))).........)))))))).......(((.[[[....)))...]]].)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))........(((((............))))).......)))))))).)).))))).)))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..........((((...................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((................................................................................................................................................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((...............................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((........(..(((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))..).((((((((...(((((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((................((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))...((((..........))))...))))))).......))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).)))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((..(((((((((((((((..(.(((((....))))).)..))))))).))))......(((((......(((((((.(.((.((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))(((.(((((.(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))...)))))...((((..((....(((((...)))))......))..)))))))....))))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....)))).)).).))))))).))))))))).(((((.((.....))..))))).........))))).....))))).)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((((.((.(.(((((..(((..)))..(((..))).((..((((((.(.(......))))))))..((((........)))).((((((...))))))((((((..))))))(((...............)..)).(((((((((.(((...)))...((((((((((...)))))))))).((((...(((.(.(((((((((((((((......)))))).(((((...)))))((....)).(((..)))))))).))))))))....)).)).((((((..))))))...((((((...)))))).(((...)))))))))))).((((.((((((....))))..))))))))..((((((((((.((((((((.((((..)))))))))).).))).))))))))...)))))).)))))))))......((........))..))))).)))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...............................)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((......(((...((((((((((((.(.(((((....))))).)).))))))).))))......((((.....(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((.........((((..(((((((((...)))))))))...((((..(((((.(((((((((...)))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....)))).........))))))))...........(((.(......).))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).)).....))))............)))..........................)))).)))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.......((..(((((((((((....(((((....)))))....))))))).)))).)).((((((((...(((((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((.........((((((((..((.....((((.((((((((((...))))))))))..((((..(((((.((((((((.....))))))))..(((.((((((...))))))..))).)))))..))))((...((((..((....(((((...)))))......))..))))..)).....))))..)).....))))))))..(((..(((........)))...))).)))...))))))))..((((.....))))......))))))).))....((..(((((.((.....))..)))))..))...))))))))....))))).)))....