|
|
|
CGCAUUAGAAGAUGGUCGCUAUUUUAGAAUAGAGGAAAGUCCGGGCUACAUUAGACAAAAUUCCAUCUAACGGAUGGCUAGCGCAAGCUAAGGGAAAGUGCCACAGAAAGCAAACCGCCUUUUUAAGGUAAGGGUGAAAGGGUGGGGUAAGAGCCCACCAAAGCUAAAGCGAUUUAGCUUGUUUGGGCAAACCCAAUUUGUAGCAAGAAGCGCAUGGUAAGUCUAAAUUAAUACGCGCUUCGCUUGAGGAAUAUUGCAAAAUAUUUCCCAGAUAAAUGGCCAUCCAUUGACAGAACCCGGCUUAUUCUAAUGCUCAAUAACUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((....)))))....{{{.{{{{{((((..[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((...)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))...((((.......(((..]]]]]))).......))))......((((((((....))))))))..........)))))))...........}}}}}}}}.)))))))))).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....))...((((((.(((.(((((........((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................)))))).......)))))))))............)))))..)))))))).........)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((...((((....(((((((..(((............))).....))).))))..((((((((((((((((....(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))..)))..))))).))..(((((((.....................)))))))..(((.((((((((....)))))))).))).....)))))))))......))))..)))))..))))))))).......... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((....))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((...)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))......((((((...............))))))...........((((((((....))))))))..........)))))))....................))))))))))......... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...((((.(((((....)))))..........(((......((((..........))))..(((((((((((....)))..((.....................((((((((((...........))))))))))(((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..)))........(((..(((((((.((.(((.......))).)).))))))))))...((((((((....))))))))))........))))))))..........)))))))..))))))))).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........((((......))))......(.(((((.................(((((.....)))))(((((....)))).(((....((((..............((((.....))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).....))))..)))........((..(((((((.....................)))))))))....((((((((....))))))))...........)................))))))...))))))))).......... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........(((((....)))))....(((.((((((((((............(((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((...)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))....)))))...(((((((....(((.......)))....)))))))......((((((((....)))))))).......(((((....))))).......)))))))).))))))))).......... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.(.((((.((((((())))))).).......((((......((((..........))))(.(((((((((((....)))..((.....(((........)))...((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..)))).......(((..(((((((.((.(((.......))).)).))))))))))...((((((((....))))))))))........)))))))).)........)))))))).))))))))).......... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.((..........)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((...)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))).........(..((((((.((.((..)))).))))))..)........((((((((....))))))))..........)))))))....................)))))))))..)....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........(((((....)))))........(((((.....(((((..........))))).(((((((((...........((((((.(((.(((((........(((((((.......)))))))........((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((....(((.......)))....)))))))..(((..........)))....)))))).......)))))))))..........)))))....))))))))).......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...((((((((((....))))).(((...)))..((((((............((((((...)))))).((((....)))).(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))..)))....))))))..(((((((.((.(((.......))).)).)))))))..(((.((((((((....)))))))).)))...(((((....))))).........)))))..))))))))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........(((((....))))).....((.(((((.....(((((..........))))).(((((((((((....)))...((.....................(((((<<<<.......))).>>>>.{{))((((....(((((}}.((((((((....))))))))...)))))..)))).......(((..(((((((....(((.......)))....))))))))))[[..(((((((....)))))))))]].......))))))))..........)))))))..))))))))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((((((((((((....))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((((...)))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))).)....))).......))))))))....(((.((((((..(........).)))))).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))).......... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....((.(((((....))))).))..((.(((((((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))..))).....)))))..(((((((.(..(((.......)))..).)))))))...((.((((((((....)))))))).)).......((....))...........))))))..))))))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........((((((..))))))........(((((.....(((((..........))))).(((((((((...(((((...(((....((((........((((((((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))))))))..)))............(((((((.....................)))))))))))).((((((((....)))))))).........)))))))))..........)))))....))))))))).......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((....)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((...)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))))))))))))..(((((((((......((.....))))))))..))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).....((.(....).)..).))))))))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((.(((((....)))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((...)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))(..(((((((((......((.....))))))))..))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).....((.(....).)..).))))))))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.....((.(((((....))))).)).(((.(((((.....(((((..........))))).(((((((((((....)))..((((((.(((.(((((..((...(((((((((((.........))))))))))).))....(((((...((((((((....))))))))...)))))........))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................))))))........))))))))..........)))))))).))))))))).......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........(((((....)))))....(((.((((((((((............(((((.....))))).((((....)))).(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.(....))))))).((((((((....)))))))).))))))))..)))....)))))...(((((((....(((.(....))))....)))))))..(((.((((((((....)))))))).)))...(((........))).......)))))))).))))))))).......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((...........((((((((.......................)))).))))..(((((((((......((((........((((............(((((((((((.........)))))))))))))))...(((((...((((((((....))))))))...)))))............))))..(((((((.....................)))))))......((((((((....)))))))).........)))))))))............)))))..))))))))).......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((....(((((((................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).........................................(((......((...............)).((....((....))....))............))).....)))............................................(((...((....))...)))..........)))))))..............((......))))))))......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....))...((((((.(((.(((((..((...(((((((((((.........))))))))))).))....(((((...((((((((....))))))))...)))))........))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................)))))).......)))))))))............)))))..))))))))).......... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.((..((.(((((....))))).))...)).((((.....(((((..........))))).(((((((((((....))...((((((.(((.(((((..((...(((((((((((.........))))))))))).))....(((((...((((((((....))))))))...)))))........))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................)))))).......)))))))))..........)))).....))))))))).((.....)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....))...((((((.(((.(((((........((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))((............))......)))))).......)))))))))............)))))..))))))))).......... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((.......((((((....))))))...(((.((((((.......((((((.(.((((((...)))))).(((((..))))).(((..(..(((.((((((..))))(((((((.......)))))))((((((((((((..)).)))))))((((((((....))))))))))))))))..))))).))))))((((.((((((...((((.......))))...))))))...))))((((((........))))))(((......))).((.....))....).)))))))).))))))))).......... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................................................................................................(....(.......)......(.......)......(......).......)...................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((............((((((..(((............))).....))).)))...(((((((((((....)))..(((((...((.((((..............................................((((....((((((((....))))))))....)))).........)))).))..(((((((.(..(((.......)))..).))))))).......................)))))........))))))))............)))))..))))))))).......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....)))..((((((.(((.(((((........((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((....(((.......)))....)))))))......................))))))........))))))))............)))))..))))))))).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....))))....(((((....)))))............((((((............(((((.....))))).((((....))))........((((..(((((((.....)).)))))..)))).((((.....((((((.......))))))...((((((....)))))).(((....))).))))....))))))..(((((((.....................)))))))...(((((((((((....)))).))))......(((((....)))))...((((.........)))).....)))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((....))))....(((((....))))).(((([[[...[[[[...[[[[[.....)))).]]]]].....]]]](((....)))..(((((..(((((............(((((((.......)))))))....((((((.......))))))...(((.((((......))))..(((((....))))).....)))..{{{{{{{.)))))...............}}}}}}}..........((((....)))).))))).....(((((....)))))....(((....]]]..)))................ |