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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00151



RNA: ASE_00151
Rfam family: RNaseP_bact_a

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CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((....))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((...)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))))......((((((...............))))))...........((((((((....))))))))..........)))))))....................)))))))))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...((((.(((((....)))))..........(((......((((..........))))..(((((((((((....)))..((.....................((((((((((...........))))))))))(((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..)))........(((..(((((((.((.(((.......))).)).))))))))))...((((((((....))))))))))........))))))))..........)))))))..)))))))))..........
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((........(((((....)))))....(((.((((((((((............(((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((...)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...)))..))))....)))))...(((((((....(((.......)))....)))))))......((((((((....)))))))).......(((((....))))).......)))))))).)))))))))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.(.((((.((((((())))))).).......((((......((((..........))))(.(((((((((((....)))..((.....(((........)))...((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..)))).......(((..(((((((.((.(((.......))).)).))))))))))...((((((((....))))))))))........)))))))).)........)))))))).)))))))))..........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.((..........)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((((...)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............))))).........(..((((((.((.((..)))).))))))..)........((((((((....))))))))..........)))))))....................)))))))))..).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((........(((((....)))))........(((((.....(((((..........))))).(((((((((...........((((((.(((.(((((........(((((((.......)))))))........((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((....(((.......)))....)))))))..(((..........)))....)))))).......)))))))))..........)))))....)))))))))..........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...((((((((((....))))).(((...)))..((((((............((((((...)))))).((((....)))).(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))..)))....))))))..(((((((.((.(((.......))).)).)))))))..(((.((((((((....)))))))).)))...(((((....))))).........)))))..)))))))))..........
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Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((.(((((....))))).))..((.(((((((((.............((((((...)))))).((((....)))).(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).))))))))..))).....)))))..(((((((.(..(((.......)))..).)))))))...((.((((((((....)))))))).)).......((....))...........))))))..)))))))))..........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((........((((((..))))))........(((((.....(((((..........))))).(((((((((...(((((...(((....((((........((((((((((((.......)))))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))))))))))..)))............(((((((.....................)))))))))))).((((((((....)))))))).........)))))))))..........)))))....)))))))))..........
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PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((((....)))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((...)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...)))..)))))))))))))(..(((((((((......((.....))))))))..))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).....((.(....).)..).)))))))))).........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.....((.(((((....))))).)).(((.(((((.....(((((..........))))).(((((((((((....)))..((((((.(((.(((((..((...(((((((((((.........))))))))))).))....(((((...((((((((....))))))))...)))))........))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................))))))........))))))))..........)))))))).)))))))))..........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((........(((((....)))))....(((.((((((((((............(((((.....))))).((((....)))).(((....((((.((((........(((((((.......)))))))....((((((.(....))))))).((((((((....)))))))).))))))))..)))....)))))...(((((((....(((.(....))))....)))))))..(((.((((((((....)))))))).)))...(((........))).......)))))))).)))))))))..........
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...(((((...........((((((((.......................)))).))))..(((((((((......((((........((((............(((((((((((.........)))))))))))))))...(((((...((((((((....))))))))...)))))............))))..(((((((.....................)))))))......((((((((....)))))))).........)))))))))............)))))..)))))))))..........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((....(((((((................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).........................................(((......((...............)).((....((....))....))............))).....)))............................................(((...((....))...)))..........)))))))..............((......)))))))).........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....))...((((((.(((.(((((..((...(((((((((((.........))))))))))).))....(((((...((((((((....))))))))...)))))........))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................)))))).......)))))))))............)))))..)))))))))..........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.((..((.(((((....))))).))...)).((((.....(((((..........))))).(((((((((((....))...((((((.(((.(((((..((...(((((((((((.........))))))))))).))....(((((...((((((((....))))))))...)))))........))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))......................)))))).......)))))))))..........)))).....))))))))).((.....))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....))...((((((.(((.(((((........((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((.((.(((.......))).)).)))))))((............))......)))))).......)))))))))............)))))..)))))))))..........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((.......((((((....))))))...(((.((((((.......((((((.(.((((((...)))))).(((((..))))).(((..(..(((.((((((..))))(((((((.......)))))))((((((((((((..)).)))))))((((((((....))))))))))))))))..))))).))))))((((.((((((...((((.......))))...))))))...))))((((((........))))))(((......))).((.....))....).)))))))).)))))))))..........
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................(....(.......)......(.......)......(......).......)......................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...(((((............((((((..(((............))).....))).)))...(((((((((((....)))..(((((...((.((((..............................................((((....((((((((....))))))))....)))).........)))).))..(((((((.(..(((.......)))..).))))))).......................)))))........))))))))............)))))..)))))))))..........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...(((((...........((((((((.(((..(......)..)))....)))).))))..(((((((((((....)))..((((((.(((.(((((........((((((((((.........))))))))))((((....(((((...((((((((....))))))))...)))))..))))..))))).))).(((((((....(((.......)))....)))))))......................))))))........))))))))............)))))..)))))))))..........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....))))....(((((....)))))............((((((............(((((.....))))).((((....))))........((((..(((((((.....)).)))))..)))).((((.....((((((.......))))))...((((((....)))))).(((....))).))))....))))))..(((((((.....................)))))))...(((((((((((....)))).))))......(((((....)))))...((((.........)))).....))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((....))))....(((((....))))).(((([[[...[[[[...[[[[[.....)))).]]]]].....]]]](((....)))..(((((..(((((............(((((((.......)))))))....((((((.......))))))...(((.((((......))))..(((((....))))).....)))..{{{{{{{.)))))...............}}}}}}}..........((((....)))).))))).....(((((....)))))....(((....]]]..)))................