RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00153

RNA: ASE_00153
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((...((((.((..(((((........(((((........))))).........))))).))...[[[.[[[[[.....((((......(((((.....)))))(((((((.....)))))))(((((((...........(((...................................................................................))).......)))))))))))....................))))((((((((.(((...))))))))))).......]]]]]]]]....)))))))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((..(((((((.....)))))))..((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..)))))))))).)
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................................................(((((((.((((.....(((((((......)))))))...)))).((((..........)).)).....))))))).....(((.(((((.((((((.......((((.......(.((.......))...).....................)))).))))))))))))))...................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((....((.((((.(((((...(((..(((((........)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((..(((........(((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).)))))))))))))))).....)))).((((((..((.......))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))).
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................((((.................)))).........................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......((...(((((....((((.........(((((........)))))...........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((...........................................................................................................)))))))))))...................)))))(((((((............)))))))....................)).....)....
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(....................((((((.......(((((........)))))...............(((((.(((((.....(((((((......)))))))...)))))((((((.......))))))......)))))........))))))............................................................................................................................(((((((............)))))))...........................)....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((......................(..(((((........)))))..)(((((.......))))).(((((.....(((((((......)))))))...)))))((((((((...))))))))...................(((((((.((...............(((((...((((((.((((.(((....))).)))).)).))))....)))))..))))))))).......(((((((..........)))))))...........(((((((.(((....))).)))))))...................)))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((.((((...........(((((........(((((........))))).........)))))........((((((...(((((((......))))))).......((((((((.....))))))))...................((((((...............((((.....)((((.((.((((.((......)).))))))))))....)))........)))))).........((((((..........))))))............(((((((.(((.....))))))))))........)))))).....)))))))))....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((......(((((((....(.(............).)..)))))))((((.(...).))))..(((((((.....(((((......))))).....(((..((((((((...))))))))(((((((..........(.((((((..((((((.......((((.......((((.((.(((..(((....))).))).))))))....)))))))).)).)))))))......)))))))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((..(((....))))))))))..)))...))))))).)).)))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((.((....(((....)))))(..(((((........)))))..)(((((.......))))).(((((.....(((((((......)))))))...))))(((((((((...)))))))))...((((((.......)((((((((.((((.............(((((.(.((((((.((((.(((....))).)))).)).))))..).)))))))))))))))))))))).(((((((..(....)..))))))).....((((.((((((((.(((....))).)))))))...).....))).)).)).)))))))))))).
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..(...........................((((........))))............................................................((((((.......))))))....................................................................................................................................................................................................).)))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.(((.............................(((((........)))))..............((((((((((((.......)))))......(((((.....)))))(((((((.....))))))).....))))))).......................................((((..........................))))................................................................(((((((.(.........)))))))).......................))).))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((((...[[[[[[[[[[[)))))..]]].]]]]...]]]]....(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((..((((((((...))))))))((((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((....((((.(((....))).))))..)))))..))))).))))))))))))........)))))))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).....))))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(((((....(((....))))))))((((((.....).)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..........................((((...<<<..))))....(((((.......))))).(((((((...(((((((......)))))))..>>>...((((((((...))))))))...................(((((((.(((..........((((({{...(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..)))))}}..))))))))))........((((((.[[[......)))))).....]]]....(((((((.((((...)))))))))))........)))))))....)))))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...(..(((.........((((.((........(((((........)))))..........)))).)).....(((((((...............(((((.....)))))(((((((.....)))))))..........................................(((.....(((((((..((((.(........).)))))))))))..)))..........................................................(((((((.((.......))))))))).......))))))).....))).)...)).).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((.(........................((((((.....).))))).....................((((((((..(((((((......)))))))........(((((((.....)))))))....................((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.((......)).)))))))))))..))))))).)))))))))).........((((((..........))))))............(((((((.((((...))))))))))).......))))))))....)))))))....))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((..((((....(((....))))))).((((((.....).)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((.((.........))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).)))))))))).........)))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(((((....((((..)))))))))(((((........)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...)))))))))...(((((.........((((((((.((((((.......(((((.....(((((........(((((((...))))))).)))))..))))).))))))))))))))))))).......((((((...............))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))....)))))))))))).
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((.(((((......(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....)))))..((((.(((((......((((((......))))))....))))).)))).)))))))..((..(((((((...........((((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))))).))))))))))......)))))))..)).((((((((.(((...(((.....(((((((.((((...)))))))))))...))).....)))))))....).))).....
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................(((((.......(((((........)))))..............((((((((((((.......)))))......(((((.....)))))(((((((.....))))))).....))))))).......))).))...............(((((......((((..........................))))...)))))..................................................................................................................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......(((..........(((((.........(((((........)))))...........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((..............)))))).)).)...))))))).)))))).....)....
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......((..((((..(((.(((((.....)..(((((........)))))............(((.(....((((...)))).(((((......)))))...).))).(((((((.......)))))))......(((........))))))).((......).).)))(((((.....((...........(..(.......).....)......................)))))..............))........)))).....((.....(((((((............)))))))..))...................))..)....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......(((..........(((((.........(((((........)))))...........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.......))))))(((((((.(((.........(((................................................................................))).)))....)))))))))))..........((............((((((..............)))))).)).)...)))))))..))))).....)....
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......((..((((......(((((.....)).(((((........)))))...........)))(.(....((((...))))((((((......))))))..).)((((((((((.......)))))))(((((.(((........))).((((((......).)..))))(((.....((.........(............)............................)))))......)))))..)))........)))).....((.....(((((((............)))))))..))...................))..)....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..(((((........)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.((((((((.....))))))))...(((((.........((((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))))))))).......((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((....((([[[[))))))))(((((((...)).)))))...(((((.]]]]..))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...)))))))))((((((............(((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).))))))))))).......))))))((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..))))))))..).)))))))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.(((((..............)))))(((((........)))))...(((((.......))))).((((((((..(((((((......))))))).......(((((((((...)))))))))(((((((((((((...((((((((((....((((......((((.....))))...))))..(((((((...)))))))...))))).))))))))))..)))))))).....(((((((..........)))))))...........(((((((.((((...))))))))))).......))))))))....)))))))))))).
RNASampler(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((........(((((........))))).........)))))..(((...((((.....(((((((......)))))))...))))(((((((((...)))))))))...((((.....))))..((((........))))........................((((............))))...................................(((((((..........)))))))...(((.....(((((((............)))))))...)))..........))).............
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RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(......(((.(((.......((((((.......(((((........)))))...........((....))..((((.........))))......)))))).....((((((((((.......))))))((((((.(((........)))....................(((.......))).............................................................))))))))))))).....................(((((((............)))))))...................))).....)....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.((((((((.....))))))))...(((((.........((((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))))))))).......((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((.((((((((..(((((......(((((((((..((..(((((.......))))).))..)))...(((((((......))))))).)))))).(((((((.....)))))))...)))))((.......))))))))))..)).((.(((..(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..)))))..)))))..))))))((....(((((((..........)))))))...(((((((((((((((.((((...))))))))))).......))))).))).)))))))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((((((.....(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))).))))..((((((((..(((((((......)))))))...(((..(((((((.....)))))))((((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))........)))))))(((((..(((.....)))..)))))...(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((..))))).))))))))....(((.(..(((.((((...(((((..)))))(((((((.(((((((((......)))))))..))....((((((((...))))))))..((((.(((.......)))))))(.(...)).))))))).(((.((((...((((((.(((((((((..))))))))).)).))))....))))...)))))))...)))))))(((((((........)))))))...((((((((..((((((.((((...))))))))))((....)).)))).))).)))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................(.......................................................................)
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................(....(((....((..(.(.........(..(................(.......(..((....(.(.(........(.(.....(((((.....)))))...............).)........).....).)..)).......))...............)..).)..)..))...)))..................................................)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((....((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....)))))))))...((((((((..(((((((......)))))))...(((..((((((((...))))))))..((((.............(((((((.((((.........(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..)))))...)))))))))))........))))..(((((..(((.....)))..)))))...(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((.........((..(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))).))....((((((((..(((((((......)))))))...(((.(((((((((...))))))))).((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))))).))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).....))))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..((.((.((((.(((((...(((..((((((.....).)))))..)))....))))))))))).((((((((..(((((((......)))))))...(((.((((((((.....)))))))).((((((((.......)))((((((.((((((.......(((((.....(((((.((.((((.(((....))).)))))))))))..))))).))))))))))))........))))).((((((..(((.....)))..))))))..(((((((.((((...)))))))))))..)))..)))))))).))..))))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((..((((..............)))).(((((........)))))...(((((.......))))).(((((((...(((((((......))))))).(((((....))))).((((.....)))).....(((.......))).((((((...............)).)))).(((((.((.((((.((.....))..))))))))))).....((((......))))..(((......(((((..........))))).(((.....))).(((((((............)))))))...)))..)))))))....)))))))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.(((((......ddddd...)))))..(((.DDDDD..))).....(((((....[[[))))).(((.<<<.)))((((((..>>>.))))))..(((((....)))))....]]].((((.bbb((((.....))))bbbb))))....(((((.......((((.....)))).....{{{{{)))).}}}}}...aaaaaaaaaaa.)BBBB.AAAAAAAA.AAA(((....(((((((ccccc.....)))))))...CCCCC...(((((((.(((.....))))))))))...)))..BBB........)))))))))))..

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