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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00154



RNA: ASE_00154
Rfam family: RNaseP_arch

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((........(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((((((...(((((((......((((((...))))))..(((....)))..((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))..).))))......))....)))))).).....((.(((((.....)))))))......))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......))).(((....((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))(((((((((((((...(((((((((......((((((...))))))........(((((.((((.((((...(((......(((((((((((...(((..((..(((((.....((..(((....)))..))..))).))...))...)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))))))).))))))).))..(((...((.............))..))).......))))))))..)))))...)))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........((((..................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((...............................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((................................)))))))))............................)))))))).)).)))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((...........(((((((((((.(((((.....)))....)).))))))).))))....((((((((.............(((((((((((...))))))(((((....)))))...((((...)))).......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))................)))))(((....(((((((((..(((((....)))))..))...(((....))).))))))).....)))....................))))))))....))))).)))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..........(((....................................))).....((((((((..................((((((...))))))(((((....)))))........................(((((((.......................((..(((....)))..))........................)))))))..........................((.....(((((((.(................................).)))))))......))....................)))))))).)).))))).)))....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((........(.((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))..)..(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))...((((.........((......((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)).......))))......)))))))))...((((.......(((((....))))).(((((...((((.(((.........))).))))..)))))))))........)))))))).)).))))).)))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....((..(((((((((((.((.(((....())))..)).))))))).)))).)).((((((((......((.(((.(((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((...)))).......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))..........).....)))))(((....(((((((((..(((((....)))))..))...(((....))).))))))).....)))....)))))...........)))))))).)).))))).)))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.........((((.(..........................).......))))......(..((((............(((((.(((((...))))).(((((....)))))..........................((((............................................................)....))..)........................)))))...............(..(((..........)......).......)).....................................)))).)...)).))))).)))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((..((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((..........(((....)))............))))....)))....))))))))..)))......(((..........))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))............))))))...........(((.....)))))))).)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....((..(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).)).((((((((.((((........)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).(((((...((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((...((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..))).......................)))...))))))))..(((((....)))))......)))))))........))))............)))))).......................)))).)))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((.(((...((..((((.....((.....................))......)))).)).(((.(((((..............(((.(((((...))))).(((((....))))).....((((............(((((((.((..((.(.....................(((....))).........))))................).))))..)))........))))....))..).......((((.....(((((.................))))...).......))))...............((..)).......)))))))).)))))))))))....)
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.....((..(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).)).((((((((.((((........)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).(((((...((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).)))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((.(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))....[[[[[[[[.[[[[))))))).(((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((..............(((((((((((...((((....(((((...........)))))................))))...........))))))))..)))......))))).....)))))]]]]...(((((((....(((((....))))).(((....))).......)))))))......(((.....)))...........]]]]]]]]....))))).)))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((..................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((.....)))........................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((...(((((..................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((.....)))........................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).)))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))......))....)))))).........(((((.....)))))))).)))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((.........(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))....((((((((.((((....[[[.)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((.(.(((......(((((((((((...(((......((((..........(((....)))............))))....)))....))))))))..)))......(((..........))).)))..)))))))))..(((((....))))).(((((]]]((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).)))....
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......(((((......(((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((...............(((((((((((.........)))))((((........))))......))))))....................(((((....................))))).))))))).......))))..(((((....)))))......))))))).)))))..................)))))).........((((((.....)))))).........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((((((..........((((..................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((...............................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((................................)))))))))............................)))))))).)).))))).)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((...(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((((((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((..(...((((.((...((..(((....)))..))..))....)))).)..)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))..).))))......))....)))))).).......(((((.....)))))))).)))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((......(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((......))......)))))))......((((((...))))))..(((....)))(((((((((...))))...(((.(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).)))......(((((((((..(((((....))))).(((....)))....)).))))))).))).))))).))).((.......(((.((((.....)))))))...))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((..(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((.(.((.((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).)).).))))))).)))....))))......))....)))))).)........((((.....)))))))).)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((((((.((.(.((((.((..(((.(((((..((((((...((((.(.(.(......)))))))...((((........))))(((((((...))))))((((((..))))))((((.(((..((..(..(((..(.((((((((.((((((.(...((((((((..(((((((...).)))))).)))..).))))...)).)))))))))))).(((......)))....))..)))..)..)).....)))))))..(((((...).)))).((..))..)))))))..))))..))))))))))).)))))))))......((........))..))))).)))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......)))))))........))))............))))))........................))).)))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))......))....)))))).........(((((.....)))))))).)))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))........(((..((((........)))).(((((.....)))))(((((....))))).(((..................))).(((.((((.........)))).((((........)))).)))..))).((((.((...............(((((....................)))))...((((........))))..(((((....)))))..)))))).((((.................))))...)))))).........(((((.....)))))...........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.......<<<<<.........<<<<))).(((((>>>>.)))))...>>>>>........(((.....(((((((((([[[[....)))).(((((.....))))).((((....))))]]]](((.....))).........(((((((((((.........))))).(((........))).......))))))....................))))))............((((........(((((((...{{{{{))))..(((((....)))))..)))....((((.......}}}}}.....))))...))))............((((.....)))).)))........