|
|
|
GGCAGAGAGAGCCCGGCCACCGCGGCGUGCCAGCAGCACGCAGCUGCCAGCGGGCACGCACGCGAGGAAAGUCCCCCCACCGCCGGGCAGGUGACCGGGGAAACCCCGGGACGGGAGACCGUCGGCGCUGGAACAGCAACGAGACCGCUCCCCCGCGAGUGGAUGACGUGGCGCGAACCGACCCGCGAGGGAAGGGAGCUAACCCACAGAACGCAGACCGGGGGAGAACGGAUGGAACGGCGAACCCUCACCGGUGCAAGUCCACGCCACGCGGCGCGAGCCGCACGGUAGCCCGGCAGGGACGUGGACGCUCAGCCGAAUGCCGGGACGAACAGAAGGGGGCUUACUCCUCUCAGCCACUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((((((((....(((......))).....))))))).))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{.(((((((((((...))))))(((((....)))))((...((((............(((((((((((............((((.((...((..(((....)))..))..))....))))...........))))))))..)))........))))..)))))))))))...(((((((((..(((((....)))))......}}}}}}...)).)))))))............))))))..........]]]]]]]].)).)))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((........(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((((((...(((((((......((((((...))))))..(((....)))..((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))..).))))......))....)))))).).....((.(((((.....)))))))......)) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......))).(((....((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))(((((((((((((...(((((((((......((((((...))))))........(((((.((((.((((...(((......(((((((((((...(((..((..(((((.....((..(((....)))..))..))).))...))...)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))))))).))))))).))..(((...((.............))..))).......))))))))..)))))...))).... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........((((..................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....((((............(((((((((((...............................................................))))))))..)))........))))....)))))))))...(((((((((................................)))))))))............................)))))))).)).))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...........(((((((((((.(((((.....)))....)).))))))).))))....((((((((.............(((((((((((...))))))(((((....)))))...((((...)))).......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))................)))))(((....(((((((((..(((((....)))))..))...(((....))).))))))).....)))....................))))))))....))))).))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((..........(((....................................))).....((((((((..................((((((...))))))(((((....)))))........................(((((((.......................((..(((....)))..))........................)))))))..........................((.....(((((((.(................................).)))))))......))....................)))))))).)).))))).))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((........(.((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))..)..(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))...((((.........((......((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)).......))))......)))))))))...((((.......(((((....))))).(((((...((((.(((.........))).))))..)))))))))........)))))))).)).))))).))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.....((..(((((((((((.((.(((....())))..)).))))))).)))).)).((((((((......((.(((.(((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((...)))).......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))..........).....)))))(((....(((((((((..(((((....)))))..))...(((....))).))))))).....)))....)))))...........)))))))).)).))))).))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.........((((.(..........................).......))))......(..((((............(((((.(((((...))))).(((((....)))))..........................((((............................................................)....))..)........................)))))...............(..(((..........)......).......)).....................................)))).)...)).))))).))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((..((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((..........(((....)))............))))....)))....))))))))..)))......(((..........))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))............))))))...........(((.....)))))))).))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.....((..(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).)).((((((((.((((........)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).(((((...((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((...((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..))).......................)))...))))))))..(((((....)))))......)))))))........))))............)))))).......................)))).))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((...((..((((.....((.....................))......)))).)).(((.(((((..............(((.(((((...))))).(((((....))))).....((((............(((((((.((..((.(.....................(((....))).........))))................).))))..)))........))))....))..).......((((.....(((((.................))))...).......))))...............((..)).......)))))))).)))))))))))....) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.....((..(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).)).((((((((.((((........)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).(((((...((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((.(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))....[[[[[[[[.[[[[))))))).(((((((((((...))))))(((((....)))))..(((((..............(((((((((((...((((....(((((...........)))))................))))...........))))))))..)))......))))).....)))))]]]]...(((((((....(((((....))))).(((....))).......)))))))......(((.....)))...........]]]]]]]]....))))).))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((..................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((.....)))........................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((...(((((..................................)))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))))((...((((.......((...(((((((((((............(((.....)))........................................))))))))..))).(...)))))))..)))))))))))(..(((((((((................................))))))))))(...)..)..)))))))....((........)..).)).))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))......))....)))))).........(((((.....)))))))).))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((.........(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))....((((((((.((((....[[[.)))).((((((...))))))(((((....)))))((((.((((.(.(((......(((((((((((...(((......((((..........(((....)))............))))....)))....))))))))..)))......(((..........))).)))..)))))))))..(((((....))))).(((((]]]((((.(((.((....))))).))))..)))))............)))))))).)).))))).))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......(((((......(((((((.((((.((((((...))))))(((((....))))).(((((((...............(((((((((((.........)))))((((........))))......))))))....................(((((....................))))).))))))).......))))..(((((....)))))......))))))).)))))..................)))))).........((((((.....))))))......... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((((..........((((..................................)))).....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....))))).....................(((((.(((((...............................................................))))).))..)))................)))))))))...(((((((((................................)))))))))............................)))))))).)).))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((...(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((((((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((..(...((((.((...((..(((....)))..))..))....)))).)..)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))..).))))......))....)))))).).......(((((.....)))))))).))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((......(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((......))......)))))))......((((((...))))))..(((....)))(((((((((...))))...(((.(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).)))......(((((((((..(((((....))))).(((....)))....)).))))))).))).))))).))).((.......(((.((((.....)))))))...)).... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((..(((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((.(.((.((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....))))).)).).))))))).)))....))))......))....)))))).)........((((.....)))))))).))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((.((.(.((((.((..(((.(((((..((((((...((((.(.(.(......)))))))...((((........))))(((((((...))))))((((((..))))))((((.(((..((..(..(((..(.((((((((.((((((.(...((((((((..(((((((...).)))))).)))..).))))...)).)))))))))))).(((......)))....))..)))..)..)).....)))))))..(((((...).)))).((..))..)))))))..))))..))))))))))).)))))))))......((........))..))))).))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))......((((.......(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......)))))))........))))............))))))........................))).))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((....((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).)))).((...((((.(((...(((((((......((((((...))))))(((((....)))))((((.((((...(((......(((((((((((...(((......((((.((...((..(((....)))..))..))....))))....)))....))))))))..)))......(((.((....)).))).)))...))))))))..(((((....)))))......))))))).)))....))))......))....)))))).........(((((.....)))))))).))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((...(((((((((((.(((((.....))))).....))))))).))))........(((..((((........)))).(((((.....)))))(((((....))))).(((..................))).(((.((((.........)))).((((........)))).)))..))).((((.((...............(((((....................)))))...((((........))))..(((((....)))))..)))))).((((.................))))...)))))).........(((((.....)))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......<<<<<.........<<<<))).(((((>>>>.)))))...>>>>>........(((.....(((((((((([[[[....)))).(((((.....))))).((((....))))]]]](((.....))).........(((((((((((.........))))).(((........))).......))))))....................))))))............((((........(((((((...{{{{{))))..(((((....)))))..)))....((((.......}}}}}.....))))...))))............((((.....)))).)))........ |